14 сентября 1943 года Совнарком СССР принимает постановление «Об организации Совета по делам Русской православной церкви» и 7 октября 1943 года – «Об утверждении Положения о Совете по делам Русской православной церкви».
Совет становился частью системы центральных государственных учреждений и был отнесен к непосредственному ведению правительства СССР. Все центральные учреждения и ведомства обязывались предварительно согласовывать с Советом проводимые ими мероприятия, связанные с вопросами, относящимися к его ведению, и предоставлять запрашиваемые материалы и сведения.
Возглавил Совет Г. Г. Карпов. Со стороны правительства курирование деятельности Совета было возложено на В. М. Молотова – заместителя председателя СНК СССР и одновременно наркома иностранных дел. Он рассматривал представляемые Карповым доклады, записки, отчеты, письма. Как правило, решения принимались при личных встречах Молотова и Карпова, носивших достаточно регулярный характер.
В состав членов Совета по делам Русской православной церкви, кроме его председателя Г. Г. Карпова, входили четыре человека: заместитель председателя, два члена и ответственный секретарь. Кандидатуры на эти посты утверждались непосредственно Совнаркомом по представлению Карпова. Отметим, что посты председателя и заместителя председателя Совета относились к номенклатурным должностям, и их утверждение проходило на заседании Секретариата ЦК ВКП(б).
По мнению Карпова, в Белоруссии и на Украине, где действовало значительное число церквей и была чрезвычайно сложной религиозная ситуация, следовало непосредственно при Совнаркомах образовать Советы по делам Русской православной церкви, а в остальных регионах учреждать должности уполномоченных союзного Совета при обл(край)исполкомах. Предложение о союзных Советах принято не было, и повсюду вводились должности уполномоченных Совета при исполнительных органах власти. В первоочередном порядке уполномоченные назначались в области, освобождаемые от временной немецко-фашистской оккупации, и приоритет при выборе кандидатур отдавался сотрудникам чекистских органов.
Согласно положению о Совете, его уполномоченные наблюдали за правильным и своевременным проведением в жизнь постановлений правительства и других указаний, касающихся деятельности церкви; представляли заключения в СНК СССР по вопросам компетенции Совета; вели общий учет молитвенных зданий. На них возлагалось установление связей с епархиальными архиереями и благочинными; регистрация духовенства, церковнослужителей и другого обслуживающего персонала; рассмотрение заявлений верующих об открытии (закрытии) культовых зданий и регистрации религиозных обществ и подготовка необходимой документации в центральный аппарат Совета; учет и регистрация всех действующих и недействующих православных церквей и молитвенных домов; информирование Совета о деятельности религиозных объединений и местных органов власти по соблюдению законодательства о религиозных культах; реализация и контроль за исполнением принимаемых Советом решений.
Необходимо добавить, что уполномоченные Совета испытывали жесткую зависимость от партийных органов и сотрудников наркомата госбезопасности на местах. К примеру, уполномоченный по Красноярскому краю в одном из своих докладов в Совет по делам Русской православной церкви приоткрывает завесу взаимоотношений с органами НКГБ, сообщая, что «работники местных органов госбезопасности занимали противоположную линию в церковной политике, в частности, ими на местах осуществлялась практика на разложение групп верующих, ходатайствующих об открытии церквей, применялись известные меры и принуждения, и воздействия на верующих». Уполномоченных уверяли, что они «только половиной ноги находятся в исполкоме краевого Совета», а полностью подотчетны и обязаны соблюдать все указания крайкома партии и ГБ.
После краткой характеристики возможностей Совета по делам Русской православной церкви при СНК (СМ) СССР и его уполномоченных во взаимоотношениях с церковным миром становится понятным, насколько важным было найти и установить приемлемый диалог между правящим архиереем и местным уполномоченным. Архиепископ Лука, в силу скорого отъезда из Красноярска, практически не столкнулся с назначенным в крае уполномоченным. Зато в последующем – в Тамбове и Симферополе – эта сторона архиерейского управления была одной из болевых точек, доставлявших ему огорчения.