По возвращении из Москвы в Красноярск Лука окунулся в свою прежнюю жизнь с ее заботами и в госпитале, и в церковном сообществе. К тому же он стремился завершить новую книгу о поздних операциях ранений коленных и бедренных суставов, крайне, как он считал, необходимую для хирургов военных госпиталей, а также второе издание «Очерков гнойной хирургии», переработанное и значительно дополненное.
В первое же после возвращения из Москвы посещение храма Лука подробно рассказал собравшимся о работе Архиерейского собора, принятых им документах и об избрании патриарха Сергия (Страгородского), имя которого отныне возглашалось за каждым богослужением.
Теперь, когда между Красноярской епархией и Московской патриархией установилась устойчивая связь, архиепископ Лука получал полную информацию о событиях общецерковного значения и доводил ее до своей паствы. В частности, речь шла о постановлениях СНК СССР об открытии православного богословского института и богословско-пастырских курсов (28 ноября 1943 года), о порядке открытия церквей (28 ноября 1943 года), о награждениях православного духовенства государственными наградами за патриотические деяния. Это давало возможность надеяться, что и в Красноярской епархии могут произойти серьезные изменения в церковной жизни.
Намеревался ли Лука свою дальнейшую архиерейскую судьбу продолжить в Красноярской епархии? Хотел ли он по-прежнему оставаться в этом северном крае, с которым связаны были столь тяжелые для него годы отшельничества, невзгод, потерь и, прямо скажем, научной бесперспективности? Наверное, нет. Ему желалось не только благоустроенного, пусть и относительно, епархиального дела, но близости к научным центрам и общения с коллегами. Это и объясняет его дальнейшие ходатайства перед патриархом о перемещении на новую кафедру.
15 октября 1943 года Лука направил в Синод заявление с просьбой перенести его участие в заседаниях Синода. Обосновывал он свою просьбу следующим: «При большой дальности пути от Красноярска до Москвы ежемесячный приезд для участия в заседаниях Синода должен занимать у меня почти 3 недели. Ввиду большой трудности проезда и невозможности оставлять на столь продолжительное время лечение раненых, прошу перенести мое участие в Синоде на возможно дальнюю и притом летнюю очередь». Патриарх счел возможным согласиться, и 28 октября Синод в своем заседании определил: «Согласно предложению Святейшего Патриарха, освободить Преосвященного архиепископа Красноярского Луку от присутствия в Священном Синоде».
Одновременно Лука просил патриарха назначить его на другую, более близкую к Москве кафедру. Предположительно, назывались Пенза и Владимир, на что во время встречи патриарха Сергия с председателем Совета по делам Русской православной церкви при СНК СССР Г. Г. Карповым согласие было получено. 15 декабря 1943 года патриарх в заседании Синода внес предложение учредить новую Владимирскую кафедру и «ввиду непосильных для старца внешних условий служения в Красноярске, перевести его с Красноярской на Владимирскую кафедру». Синод определил: «Преосвященному архиепископу Красноярскому Луке (Войно-Ясенецкому) быть архиепископом Владимирским». О таковом решении Карпов проинформировал заместителя председателя Совнаркома Союза ССР В. М. Молотова.
Однако в силу это решение не вступило, поскольку должностные лица Красноярска, и гражданские, и военные, не захотели отпускать Луку. Начались согласовывания между патриархией и наркомздравом. Последний был заинтересован в том, чтобы место церковного служения Луки – выдающегося хирурга, было как можно ближе к сосредоточению военных госпиталей, постепенно перебазирующихся на Запад, где для него было бы широкое поле врачебной деятельности. Наконец, нарком здравоохранения А. Ф. Третьяков телеграфировал архиепископу Луке: «Намерены перевести Вас в Тамбов, широкое поле деятельности в госпиталях и крупной больнице». Сообщил нарком и в Тамбовский областной здравотдел: «К вам приедет из Красноярска хирург, профессор, примите, создайте условия. Одновременно он будет служить в церкви архиереем».
28 января 1944 года В. Ф. Войно-Ясенецкий уволился из эвакогоспиталя города Красноярска и стал готовиться к переезду в Тамбов. 7 февраля 1944 года он получает решение Синода о назначении на Тамбовскую кафедру. По всей видимости, он сразу же выехал в Москву, чтобы после встречи в Синоде, направиться на новую кафедру.
Совет по делам Русской православной церкви при СНК СССР: формирование и основные направления деятельности
Параллельно с церковными событиями, ставшими возможными после встречи митрополитов Русской церкви с главой правительства СССР И. В. Сталиным, проходили организация и становление нового государственного органа – Совета по делам Русской православной церкви при Совнаркоме СССР, о создании которого Сталин заявил на встрече с иерархами.