В начале полета ракета поднималась вверх вертикально. После нескольких секунд полета вступал в действие механизм управления внутренними рулями (7). Эти рули расположены в хвостовой части ракеты на пути газовой струи и изготовлены из прессованного графита, выдерживающего действие высокой температуры газов. Механизм управления воздействовал на внутренние рули, и ракета постепенно переходила с вертикального полета в полет под углом в направлении цели. После этого в заранее заданный момент подача топлива и окислителя прекращалась с помощью приборов, установленных на ракете, или по радиокоманде с земли. Момент прекращения подачи горючего и окислителя собственно и определял дальность полета ракеты, так как чем меньше израсходовано топлива, тем меньше дальность полета баллистической ракеты. В дальнейшем ракета летела по инерции, как артиллерийский снаряд. Полет баллистической ракеты с работающим двигателем продолжался только одну пятую часть общего времени полета, прочем ракета пролетала 0,1 часть своего пути. Далее по выключении двигателя ракета 0,5 часть своего пути летела с набором высоты и остальные 0,4 пути - по нисходящей ветви траектории. В полете ракета достигала высоты около 80-100 км. Максимальная скорость полета баллистической ракеты ФАУ-2 достигалась к моменту выключения подачи топлива и составляла 1500 м/сек. К моменту удара о землю скорость ракеты снижалась до 400 м/сек. Таким образом скорость Фау-2 превышала скорость звука. Во время полета в результате трения о воздух корпус ракеты сильно нагревался.
Для управления ракетой в полете использовались внутренние (газовые) и внешние (воздушные) рули. Газовые рули (37) приводились в действие электромоторами (29), на которые воздействовал специальный механизм управления этими рулями. Воздушные рули расположены на плоскостях стабилизаторов (24). Управление ими осуществлялось автоматическими приборами, находящимися в отсеке (35). Эти рули приводились в действие электромоторами (2) через цепные приводы (1). Управление ракетой осуществлялось газовыми рулями. По мере приобретения ракетой скорости, пока она находилась в плотных слоях атмосферы, работали и воздушные рули, помогая первым. При подъеме на большие высоты, где плотность воздуха мала, эффективность воздушных рулей уменьшалась. Продолжительность полета ракеты от момента старта до падения на землю (объект удара) - около 5 мин. Дальность полета - примерно 320 км.
Американский бомбардировщик В-17 во время рейда на ракетный центр в Пенемюнде