Фирма «Авиа», недолго думая, приобрела лицензию на «Фоккер» F.IX, а её главный конструктор Франтишек Новотны (Frantisek Novotny) занялся адаптацией самолета для военных целей. Переделкам подвергся лишь фюзеляж: его носовая часть была удлинена, а в хвостовой снизу появился уступ, необходимый для размещения оборонительной стрелковой установки. Внутри фюзеляжа оборудовали бомбоотсек. С составом и расположением оборонительного вооружения экспериментировали достаточно долго. Первоначально предполагалось вооружить самолет тремя пулеметами: синхронным фюзеляжным, в верхней установке на уровне передней кромки крыла и в нижней выдвижной башне «Шкода». От синхронного пулемета отказались практически сразу — бесполезность его установки на тяжелой неманевренной машине была очевидной. Нижнюю башню опробовали на втором экземпляре самолета, но признали непрактичной. Вместо неё установили пулемет в уступе нижней части фюзеляжа. Не заладилось и с верхней установкой — она оказывала вредное влияние на обтекание хвостового оперения. Эту огневую точку пришлось сместить дальше в хвост, за крыло.
В 1930 г. Министерство национальной обороны заказало 12 бомбардировщиков «Авиа» F.IX, получивших вполне логичные серийные номера с 1 по 12. Первый из них был готов к началу 1932 г. Впервые в воздух его поднял шеф- пилот фирмы Владимир Черны (Vladimir Cerhy) 17 февраля 1932 г. После цикла заводских испытаний 26 апреля была намечена передача аэроплана приемной комиссии заказчика, но из-за аварии маслосистемы её пришлось перенести на два дня. К концу 1932 г. года были облетаны ещё восемь самолетов, последние же три «Авиа» F.IX (составившие вторую серию) поднялись в воздух лишь в 1934 г. (в феврале, марте и июне).
На серийных машинах продолжалась отработка вооружения. Согласно заводским документам, 8-й и 9-й экземпляры были выпущены с подфюзеляжными стрелковыми башенками (правда, неясно, какой конструкции). Но, судя по фотоматериалам, впоследствии эти башенки были демонтированы. На 8-й машине ,также испытывали 20- мм пушку «Эрликон». Достаточно долго подбирали тип и расположение бомбодержателей. Три самолета (6, 10 и 11-й экземпляры) получили остекленную гондолу для бомбардира под носовой частью фюзеляжа.
В некоторых публикациях встречается утверждение, что 9-я машина «Авиа» F.IX была выполнена в невооруженном варианте с салоном для перевозки высокопоставленных лиц. Однако на имеющихся фотоматериалах она фигурирует с вооружением. Возможно, это утверждение уходит корнями в 1937 г., когда указанный самолет использовался в качестве машины сопровождения чехословацкой делегации, участвовавшей в международных авиационных состязаниях в Цюрихе. Для упрощения процедур, связанных с пересечением границ, самолет временно внесли в реестр гражданских воздушных судов, присвоив регистрацию OK-AMR. При этом опознавательные знаки ВВС не закрашивались, и аэроплан выглядел весьма экстравагантно.
В 1934 г. фирма «Авиа» изготовила также два гражданских самолета F.IXD (буква D в данном случае означает Dopravni — «транспортный»), поставленных авиакомпании CSA. Самолеты были рассчитаны на перевозку 17 пассажиров и трех членов экипажа. На них стояли 550-сильные моторы «Пегасус» II, в то время как бомбардировщики оборудовались двигателями «Юпитер» VI мощностью 450 л.с. (оба типа моторов производились по лицензии в Чехословакии фирмой «Вальтер»). Благодаря более мощной силовой установке пассажирские самолеты оказались быстрее бомбардировщиков — они развивали максимальную скорость 255 км/ч против 210 км/ч.
Гражданским самолетам (серийные номера 15 и 16) присвоили регистрацию OK-AFF и OK-AFG. Карьера первого из них оказалась короткой — в 1935 г. при взлете с аэродрома Братислава он скапотировал, получил серьезные повреждения и впоследствии не восстанавливался. Вторая же машина эксплуатировалась вплоть до момента оккупации Чехии, летая, главным образом, на трассе Прага—Ужгород. 21 октября 1938 г. компания CSA получила ещё один самолет «Авиа» F.IX, переданный из состава ВВС. Эта машина (12-й серийный экземпляр) получила регистрацию OK-AFH.