Формирование тяжелобомбардировочной авиации в Чехословакии происходило во время тяжелейшего экономического кризиса, когда расходы на армию были сокращены до минимума. Несмотря на это, командование уделяло большое внимание повышению выучки авиаторов. Для экономии средств значительная часть полетов днем выполнялась на одномоторных аэропланах. Ночью же, поскольку основным способом боевого применения тяжелой бомбардировочной авиации считались налеты в темное время суток, тренировались исключительно на трехмоторниках,. Представляет интерес организация таких тренировочных полетов. Штатный экипаж «Авиа» F.IX состоял из трех человек: пилота, сидящего в левом кресле, наблюдателя, занимавшего место справа, и стрелка-бомбардира — его место находилось сзади, у панели сброса бомб и бомбового прицела. Объемистый фюзеляж самолета, выдававший его пассажирскую «родословную», позволял без проблем разместить дополнительный персонал. Поэтому во время ночных полетов на борту трехмоторника, как правило, находилось три экипажа. Сменяясь, каждый из них пилотировал машину во время трети полета. Сами полеты планировались достаточно продолжительными, по несколько часов и, желательно, со многими поворотными точками — для тренировки в навигации. Приведем некоторые из них: Прага—Яромер—Либерец—Дечлин—Карловы Вары— Домажпице—Прага; Прага—Брон—Братислава—Оломоуц- Прага; Прага—Нове Замки—Братислава (промежуточная посадка) — Острава—Прага. Время от времени отрабатывали ночное бомбометание на полигоне Малацки. В таких полетах на борту «Авиа» F.IX находилось два пилота, а также восемь наблюдателей и стрелков. За время четырехчасового полета каждый из них выполнял три упражнения, сбрасывая по одной бомбе с высоты 1000, 1500 и 2000 м. Привлекались «девятки» и для обеспечения учений ПВО — они имитировали противника, а также совершали вылеты для контроля затемнения городов. Ну и, естественно, без участия трехмоторных бомбардировщиков не обходились различные авиационные праздники. Порой для публики разыгрывались целые представления: «девятки» совершали налет на аэродром, имитируя бомбардировку, на его окраине поджигали различный хлам. На перехват поднимались истребители, завязывался «воздушный бой». «Подбитый» бомбардировщик начинал дымить (зажигались дымовые шашки под фюзеляжем или крылом), из него выпрыгивали парашютисты, изображая спасение экипажа...
Говоря о роли самолетов «Авиа» F.IX для развития чехословацкой авиации, стоит упомянуть и их участие в различных испытательных и исследовательских программах. Например, на 6-й машине в марте-мае 1936 г. испытывался мотор «Вальтер» «Пегасус» — первый экземпляр, собранный по лицензии в Чехословакии и установленный на самолет вместо фюзеляжного «Юпитера». Наконец, на военных трехмоторниках выросло целое поколение летчиков гражданской авиации, во второй половине 30-х годов работавших во всех чехословацких авиакомпаниях.
Интенсивная эксплуатация бомбардировщиков неминуемо сопровождалась авариями и происшествиями. В частности, 26 июля 1934 г. около 16:00 при посадке на заводской аэродром фирмы «Авиа» в Маковицах самолет 82-й летки (6-й серийный «Авиа» F.IX) сильным порывом бокового ветра был снесен с ВПП. У аэроплана подломились обе основные стойки шасси, была снесена подфюзеляжная гондола, повреждены левая консоль крыла и левый двигатель. Однако после ремонта машина вернулась в строй.
22 сентября 1936 г. самолет с бортовым номером N10 (82-я летка) при ночной посадке в Ужгороде подломил правую стойку шасси. Гораздо более неприятные последствия имела вынужденная посадка борта R8 на аэродроме Малацки 12 января 1937 г. На самолете заглох центральный двигатель, а пилот при посадке на двух моторах так сильно приложил машину о ВПП, что пять человек (из семи, находившихся на борту) получили ранения.
Первый самолет «Авиа» F.IX (1-й серийный экземпляр) был потерян 4 февраля 1937 г. Машина, принадлежащая 81-й летке, в 17:45 вылетела из Брно. Стоял туман, практически сразу после взлета пилот потерял пространственную ориентацию, и в двух километрах от аэродрома машина врезалась в землю. Два члена экипажа погибли, третий получил тяжелые травмы, а вот четвёртый, видимо, родился в рубашке, выйдя из этой переделки лишь с царапинами. Ещё одна машина (3-й экземпляр) была потеряна 22 ноября 1938 г., разбившись в Высоких Татрах, у Ломницкей Пробы. Пилот погиб, остальные четыре человека, находившиеся на борту, отделались травмами.