К середине 30-х гг. было очевидно, что «Авиа» F.IX уже не отвечает требованиям времени как бомбардировщик — все-таки он был всего лишь импровизацией, пусть даже и довольно удачной. Весной 1937 г. началось поступление настоящих бомбардировщиков — двухмоторных МВ.200, выпускавшихся фирмой «Аэро» по французской лицензии. К осени ими перевооружили 81-ю, 82-ю и 83-ю летки, причем по новым, увеличенным штатам (6 строевых самолетов и 3 резервных в каждой). Остававшиеся в 5-м полку восемь самолетов «Авиа» F.IX сосредоточили в 84-й летке, но и там они задержались недолго — к началу 1938 г. их передали в учебную летку. К осени 1938 г. в строю ВВС оставалось 10 аэропланов «Авиа» F.IX, распределенных следующим образом: по четыре имелись в 5-м и 6-м бомбардировочных полках, используясь как транспортные, один, формально числившийся за учебной леткой 6- го полка, но находился в распоряжении Министерства национальной обороны, а ещё один использовался Военным летно-исследовательским институтом.
На 15 марта 1939 г. — момент оккупации Чехии Германией — в составе ВВС имелось восемь самолетов «Авиа» F.IX, причем все они числились как устаревшие и предназначенные для продажи за границу. Три самолета находились в то время на заводе «Авиа» в Куновицах: 7-й серийный экземпляр по завершении ремонта был принят военными, но оставался на заводе, 5-й планировалось переоборудовать в пассажирский самолет, а на 9-м ремонтировалось крыло (была обнаружена трещина в лонжероне).
Люфтваффе особого интереса к устаревшим «девяткам» не проявили. Известно, что один самолет с бортовым номером TF+BO в 1940 г. эксплуатировался в авиашколе BFS 2 в Нойберге. Имеются также снимки «Авиа» F.IX с необычной регистрацией WL+APZP.
В начале 30-х гг., собираясь создать собственную тяжелую бомбардировочную авиацию, Королевские ВВС Югославии пристально изучали зарубежный опыт. В 1932 г. для опытной эксплуатации были закуплены трехмоторные бомбардировщики «Юнкерс» G.24, «Дорнье» Do Y и «Авиа» F.39 — «каждой твари по паре».
Самолеты свели в организованную в следующем году 261-ю авиагруппу, более известную как «Трехмоторная авиагруппа». Как уже отмечалось, была приобретена и лицензия для выпуска машин «Авиа» F.39. Однако экономическое положение страны вынудило военных авиаторов умерить свои амбициозные планы, отказавшись от полномасштабных закупок. Когда же в 1937 г. правительство вновь вернулось к вопросу приобретения тяжелых бомбардировщиков, на повестке дня стояли уже машины нового поколения. Выбор сделали в пользу итальянских SM.79. «Авиа» F.39 использовались в качестве тренировочных вплоть до апреля 1941 г. — нападения нацистской Германии.
Один из югославских «Авиа» F.39 попал в состав ВВС Хорватии. Машина получила бортовой номер 1801 и прозвище «Baba года» (примерно соответствующее Бабе-яге в русском фольклоре). В январе 1942 г. этот самолет вошел в состав 9-го ято (эскадрильи) 3-й летецкей скупины (авиационной группы), дислоцировавшейся на аэродроме Райльовац (под Сараево). Машину привлекали для различных транспортных перевозок, а также для тренировок сформированной в Загребе парашютной роты.
Весной 1942 г. «Баба рога» участвовала в крупномасштабном наступлении против партизан. Самолет использовался в качестве транспортного, доставляя боеприпасы и другие грузы хорватским частям. 23 марта, во время очередного полета к частям, окруженным партизанами у аэродрома Рогатица, «Баба рога» была обстреляна противником. Пули повредили один из двигателей, но на двух других самолет благополучно вернулся в Райльовац. Участие машины в обеспечении противопартизанских операций продолжалось и в последующем, пока она 20 августа 1943 г. не была, наконец, сбита.
Хорватские источники упоминают о закупке в 1942 г., вместе с шестью машинами «Авиа-Фоккер» F.VIIb/Зт, ещё двух «Авиа» F.IX, получивших номера 1951 и 1952. Это не «стыкуется» с чешскими данными — согласно им, Хорватии было продано только два F.VIIb/3m (D-AAFB и D- AABV), а также один F.IXD (D-AAFG, бывший OK-AFG). Переговоры, начавшиеся в мае 1942 г., завершились подписанием контракта 3 января 1943 г. Вскоре после этого «Авиа» F.IXD был перегнан из Праги в Аграм. Последнее упоминание о хорватских «девятках» относится к 12 апреля 1944 г., когда одна из этих машин была уничтожена на аэродроме в Загребе во время налета американской авиации.
Весной 1941 г. переговоры о приобретении пары самолетов «Авиа» F.IX вела и Румыния, но соответствующее соглашение так и не было достигнуто.