Как бы ни был высок накал истерии в японском руководстве, ошибиться в выработке контрмер было трудно — необходимость расширения внешнего периметра обороны стала очевидной всем. Только теперь приоритет был отдан не южному, а центральному направлению Тихоокеанского театра как наиболее опасному для столицы. Атолл Мидуэй являлся бесспорным лидером в списке перспективных передовых баз. «Убедить» противника отдать его должно было прославленное «Кидо Бутай». В вооруженных силах всех стран всегда в цене оптимисты, и их 8 то время было полно в Императорском флоте. Так, предполагалось, что ВМС США будут всеми силами отстаивать Мидуэй, но «Кидо Бутай» решили послать в бой без 5-й дивизии, хотя возможность включить, по крайней мере, «Дзуйкаку» со «сборной» авиагруппой на борту имелась. Более того, два легких авианосца — «Дзуйхо» (однотипный с «Сехо») и «Рюдзе» (14290 т, 36 самолетов), — три тяжелых и три легких крейсера, а также 13 эсминцев были выделены для операции по захвату баз на Алеутских островах. Угроза с Севера считалась минимальной и операцию вполне можно было отложить, но такой удар должен был отвлечь противника — вполне разумно при условии, что противник будет действовать именно так, как от него ждут. Атмосферу радостного предвкушения победы передает фраза, многократно повторявшаяся в кают-компаниях «Кидо Бутай»: «Победили сыновья наложниц а сыновья законных жен победят и подавно». Смысл ее состоял в том, что если уж 5-я дивизия, не считавшаяся в «Кидо Бугай» образцовой, все же победила, то более искусные бойцы и подавно возобладают. Вот только была ли одержана победа в Коралловом море — об этом задумывались немногие.
Госпожа удача начинала благотворить другим фаворитам. Шифровки императорского флота стали поддаваться криптоаналитикам из разведки Тихоокеанского флота США. Каждый, кому когда-либо доводилось читать сообщения разведки, знает, сколько нестыковок, а то и прямых противоречий законам природы они зачастую содержат. Счастливое совпадение состояло в том, что начальник подразделения разведки Джозеф Рочфорт «отделил зерна от плевел», а адмирал Честер Нимиц проявил немалое мужество, приняв на основании его разведданных решение защищать Мидуэй всеми своими боеспособными на тот момент авианосцами — «Энтерпрайзом», «Хорнетом» и даже поврежденным «Йорктауном». В охранение эти трех однотипных кораблей были выделены семь тяжелых крейсеров и один легкий, а также 15 эсминцев.
Позаботились американцы и о самообороне Мидуэя, но атолл был невелик, поэтому на его аэродроме разместилось чуть более сотни боевых самолетов. Таких, чьи характеристики позволяли соперничать с грозным противником, было еще меньше: 17 четырехмоторных В-17, четыре двухмоторных В-26 и шесть новейших торпедоносцев «Эвенджер». Патрульная авиация была представлена двухмоторными «Каталинами» (30 машин).
Этими силами американцы планировали отразить от Мидуэя не только «Кидо Бутай» под командованием вице-адмирала Нагумо Тьюити (авианосцы «Акаги», «Кага», «Сорю» и «Хирю» с 260 самолетами, два линкора, два тяжелых и один легкий крейсера, 12 эсминцев), но и ведомые главкомом адмиралом Ямамото Исуроку главные силы в составе легкого авианосца «Хосе» (9494 т, 26 самолетов), семи линкоров, трех легких крейсеров, 22 эсминцев и двух гидроавианосцев. Для проведения десантной операции предназначалось соединение вице-адмирала Кондо Нобутаке (два линкора, восемь тяжелых и два легких крейсера, 21 эсминец 35 транспортов и вспомогательных судов).
Доверие адмирала Нимица разведчики оправдали еще до того, как разорвались первые бомбы. Так, японцы планировали расположить засады подводных лодок на вероятных маршрутах американских сил: Пирл-Харбор — Мидуэй и Пирл-Харбор — Алеутские острова. Нимиц заранее вывел свои корабли в операционные районы, не понеся потерь. Задумано японцами было и проведение разведки Пирл-Харбора гидросамолетами с дозаправкой их с подводной лодки. Как бы случайно в точке рандеву (у рифов Френч-Фригейт) встала на якорь американская плавбаза гидроавиации, и дозаправка не состоялась. Японцы так и не узнали о том, что все авианосцы противника покинули главную базу.