войны высокого звания Героя Советского Союза стали военные летчики М.П.Жуков, С.И.Здоровцев, П.Т.Харитонов. На третий день войны южнее Кишинева заместитель командира эскадрильи 146-го истребительного авиационного полка старший лейтенант К.П. Оборин впервые в истории Великой Отечественной войны совершил ночной таран самолета противника с благополучным исходом для советского летчика.
В короткие сроки командованию ВВС Красной Армии удалось организовать борьбу за стратегическое господство в воздухе. В первые дни войны по инициативе командующего ВВС Северного фронта генерал-лейтенанта А.А.Новикова 37*
ВВС Северного фронта, Краснознаменного Балтийского и Северного флотов нанесли массированный авиационный удар по аэродромам авиачастей 1 – го и 5-го воздушных флотов Германии и финской авиации. Это заставило германское командование пересмотреть намеченные планы бомбардировки Ленинграда.Первые успехи советской авиации имели в этот период исключительно важное значение. Было доказано, что фронтовая авиация, несмотря на большие потери в первые дни войны, сохранила свою боеспособность и в состоянии решать крупные задачи. С этого времени воздушная операция заняла достойное место в оперативном искусстве Военно-воздушных сил и стала одной из основных форм их применения.
Одновременно в начале войны было осуществлено стратегическое применение советской авиации, выразившееся в серии удачных налетов дальней бомбардировочной авиации на важнейшие объекты врага в глубоком тылу. 8 августа 1941 года авиацией Краснознаменного Балтийского флота был нанесен первый воздушный удар по столице фашистской Германии – Берлину. Несмотря на то, что действия ВВС в целом по объектам противника носили ограниченный характер, они имели важное военно-политическое значение, развеяв миф немецко-фашистской пропаганды о полном уничтожении советской авиации.
Организация надежной противовоздушной обороны Москвы, Ленинграда и других крупных центров страны сорвала планы немецко-фашистского командования нанесения массированных воздушных ударов по крупнейшим городам и военным объектам СССР. В результате совместных действий 1-го корпуса противовоздушной обороны и 6-го авиационного корпуса ПВО был успешно отражен первый массированный налет немецко-фашистской авиации (220 самолет) на Москву в ночь с 21 на 22 июля 1941 года. В результате к городу сумели прорваться около 7-8 самолетов противника. 38*
В сентябре 1941 года согласованными действиями истребительной авиации и зенитной артиллерии ПВО Ленинграда и Балтийского флота был сорван план военного командования Германии нанести массированный удар по укрепленным объектам и кораблям флота СССР в Финском заливе путем проведения трехдневной воздушной операции своих военно-воздушных сил.Попытка уничтожить корабли Балтийского флота в апреле 1942 года в ходе воздушной операции ВВС Германии под кодовым названием "Айсштосс" также не принесла противнику успеха.
В целях повышения эффективности боевого применения Военно-воздушных сил 29 июня 1941 года учреждается должность командующего ВВС Красной Армии – заместителя Наркома обороны по авиации. На эту должность был назначен генерал-лейтенант авиации П.Ф.Жигарев 39*
, а с 11 апреля 1942 года – генерал-лейтенант авиации А.А.Новиков. В непосредственное подчинение командующему ВВС передавались Главное управление и штаб ВВС. С этого времени Ставка Верховного Главнокомандования стала осуществлять свое руководство авиацией через вновь созданный центральный аппарат ВВС.Боевой опыт первых месяцев войны наглядно показал, что существующая организационная структура авиационных соединений и частей является громоздкой и не обеспечивает оперативное управление ими. Весной 1942 года командующий ВВС (генерал-лейтенант авиации А.А.Новиков) представил в Ставку Верховного Главнокомандования предложения о новой организационной структуре фронтовой авиации. Рассматривалось создание крупных авиационных оперативных объединений (воздушных армий), обеспечивающих массирование авиации фронта на главных направлениях действий войск, централизацию управления и эффективность ударов авиационных сил.