Больше всего на времени подготовки МиГ-27 сказывалась длительная проверка систем под током, занимавшая полчаса перед вылетом, и большое количество проверок со специальной контрольной аппаратурой, которая придавалась "в россыпи" и ее приходилось носить от самолета к самолету. Особенно требовательной была инерциальная курсовертикаль ИКВ-1, без которой невозможна была работа ПрНК. Чтобы выпустить самолет, требовалось выставить ИКВ-1 в рабочее состояние перед самым полетом, раскручивая гироскопы, и сразу после этого запустить двигатель. Если цикл подготовки срывался или запуск откладывался, нужно было 15 минут ждать полной остановки гироскопов ИКВ, а затем повторять выставку. Капризная система оценивалась слабым местом самолета, "в значительной мере регламентируя боеготовность частей, вооруженных МиГ-27".
Целый ворох претензий вызвало состояние дел по вооружению – много рекламаций предъявлялось по отказам держателей, неисправностям цепей управления и арматуры, но, особенно, ущербным оставался вопрос снаряжения самолета боеприпасами. Сами держатели имели несовершенную конструкцию и не отвечали требованиям унификации – разные типы бомб, блоков и пусковых устройств требовали "индивидуального подхода" с перестановкой упоров и подготовкой замков. Тележки-податчики для боеприпасов были крайне неудобны в работе, тяжелы и ненадежны. Для ракет, блоков и бомб разных калибров служили свои комплекты ложементов, переставлявшихся под каждый вариант загрузки с подгонкой и откручиванием дюжины болтов, причем свои ложементы предназначались под разные места подвески. Громоздкие "тачанки" с гидроподъемником толком не удавалось подкатить под самолет (мешало шасси), из- за чего тросы лебедок шли косо, грозя срывом бомбы.
Сама комплектация средствами обслуживания, мягко говоря, уступала требованиям – боевой полк получал тележки для бомб из расчета одна на десять самолетов (что, как отмечалось, "не позволяет одновременно снабжать боеприпасами даже два рядом стоящих самолета"). Оружейникам приходилось довольствоваться дедовскими методами – таскать тележки с бомбами и вручную цеплять их на держатели, впрягаясь втроем- впятером. При подвеске варианта шести "пятисоток" подготовка эскадрильи МиГ-27 для вылета по тревоге занимала 3 часа 15 минут. Для комплексной проверки бортового оборудования в полку своими силами разработали и изготовили образцы тележек с контейнерами СЛИК (спецлаборатория инструментального контроля), на которых группировалась КПА разных групп обслуживания. Соорудили и универсальную тележку для вооружения, но проблемы это не решило – самоделки так и остались единичными. Впоследствии появились заводские универсальные тележки-подъемники, более практичные. Однако в конце концов варианты максимальной загрузки, для которой требовалось оборудовать держателем и центральную подфюзеляжную точку, не прижились – слишком долго и неудобно приходилось снаряжать такой "ежик".
К эксплуатационным недостаткам по самолету относились, прежде всего, слабая унификация, требовавшая специального инструмента, и затрудненный доступ ко многим агрегатам. Так, чтобы добраться к топливному фильтру, шарниру крыла или узлам навески щитков, приходилось тратить в 10-15 раз больше времени, чем на саму работу. Для зарядки гидроаккумулятора требовалось снять люк, на котором крепился правый хвостовой бомбовый держатель, отвернув 30 винтов четырех разных типов. Крепеж люков по планеру осуществлялся винтами, замками и болтами 40 разных типоразмеров, не имевших маркировки; их легко было перепутать, после чего в одних местах слишком короткие винты не обеспечивали силовое крепление, а в других – слишком длинные винты выходили внутрь отсеков, грозя смять агрегаты и порвать жгуты.
С отработкой боевого применения выявились новые проблемы конструкции. Они не ограничивались дефектами собственно вооружения – то и дело после стрельб и пусков ракет самолеты привозили отказы и поломки, особенно по вине мощной пушки, пятитонную отдачу которой полностью не могли погасить демпферы крепления.