В постоянной боеготовности предполагалось поддерживать лишь 36 из 60 оставленных на вооружении ВВС США В-1В. 24 самолета получили статус учебно-тренировочных или задействовались в различных испытательных программах. Стратегическая авиация США, таким образом, сократилась до 36 боеготовых В-1В, 16 (из 21) В-2 и 44 (из 76) В-52Н. Получилось не намного больше, чем у переживавшей не лучший в своей истории период Дальней Авиации России.
Благие намерения в ад не привели, однако положение с боеготовностью, по крайней мере, улучшили отнюдь не радикально: если в 2001 г. боеготовность парка В-1В составила 71%, то после реорганизации в 2002 г. она осталась на том же уровне. В 2003 г. боеготовность возросла до 79%, впервые превысив боеготовность В-52 (77%).
Сама реорганизация вызвала неоднозначные отклики в высших властных кругах США. Многие члены конгресса, включая трех из четырех членов комитета по обороне, требовали вернуть все снятые с вооружения В-1В в строй. Было даже внесено предложение о выделении в бюджете на 2004 финансовый год средств на возвращение в строевые части ВВС 23 из 32 снятых с вооружение «В-One». Внесший такое предложение конгрессмен считал достаточным выделение всего-то 20,3 млн. долл. Однако более тщательное просчитывание «цены вопроса» дало совсем иные цифры – от 1,1 до 2 миллиардов долларов, правда, с учетом эксплуатационных расходов но «дополнительные» самолеты на срок до 2010 г. включительно.
Помимо финансовой «цены» вопроса возникли проблемы технического плана. На январь 2004 г. лишь семь из 17 находившихся в Дэвис- Монтане В-1В считались пригодными к полетам. Таким образом, более-менее просто можно было вернуть в ВВС всего семь-восемь машин, которые реально можно было бы использовать только для тренировок экипажей и испытаний бортовых систем (или же в качестве резервных «на черный день»). Тем не менее, сторонники пересмотра решения о реорганизации парка отстаивали число «23». Верхи приняли соответствующее решение с точностью «до наоборот»: в феврале 2005 г. министерство обороны США приняло решение о расформировании дислоцированной но авиабазе Дайес 13-й бомбардировочной эскадрильи. Четыре самолета 13-й эскадрильи передавались в 28-ю бомбардировочную эскадрилью для использования в качестве учебных, три оставшихся – выводились в резерв с дислокацией на авиабазе Дайес.
Предполагалось, что самолеты В-1В останутся на вооружении ВВС США до 2025 г., то есть их снимут с вооружения раньше более древних В-52! Срок эксплуатации В-1В определяется ресурсом крыла, определенном в 15 200 летных часов. В среднем ежегодный налет В-1В составляет 420 ч, таким образом к 2029 г, ресурс по крылу будет «выбит» у всего парка. В 2010 г. появилось довольно противоречивая информация о перспективах В-1В. С одной стороны, сообщалось о принятии Пентагоном решения о продлении срока службы В-1В до 2040 г., а с другой стороны, министр обороны Роберт Гейтс в свете сокращения военных расходов и приоритетности финансирования беспилотных авиационных программ не исключил снятия с вооружения В-1В в самом ближайшем будущем.
Вывод в 2002 г. из эксплуатации значительного количества бомбардировщиков В-1В стимулировал менеджеров фирмы Боинг на поиск возможных покупателей этих самолетов в третьих странах. В октябре 2002 г. представители фирмы вели интенсивные переговоры о возможной продаже В-1В в Австралию и Великобританию, однако заинтересованные стороны не сошлись в цене.
Катастрофа второго В-1А заставила ВВС и фирму Рокуэлл провести глубокую трехэтапную модернизацию системы управления полетом (главным подрядчиком донной модернизации являлась фирма Сперри). Целью модернизации являлось не только повышение безопасности полетов, но также увеличение радиуса действия за счет расширения диапазона допустимых углов атаки. На первом этапе S1S1 (Stall Inhibitor System No. 1 – система предупреждения о сваливании № 1) изменению подверглось программное обеспечение, после чего сравнение реального угла атаки с предельно допустимым стало выполнять несколько раз в секунду; в случае если угол атаки достиг 80% от угла атаки, на котором начинается сваливание, в систему управления полетом выдавался сигнал, блокирующий управляющее воздействие РУС на дальнейшее повышение угло атаки. Если угол атаки все-таки достигал значения 95% от критического, то блокировалась сама ручка. Испытания SIS1 были завершены в марте 1988 г. С марта по июнь 1988 г. доработку под SIS1 выполнили на 17 В-1В. Остальные 88 В-1В с марта 1988 г. по июнь 1990 г. прошли доработку под установку системы SIS2 с более радикально измененным ПО и подсистемой повышения устойчивости SEF, значительно улучшившим устойчивость самолета в полете. В комплект SIS2 входили дополнительные более точные датчики угло атаки, за счет чего удалось расширить диапазон эксплуатационных углов атаки (SIS1 диапазон допустимых углов атаки не расширяла). На 17 В-1В системы SIS1 заменили на SIS2 в ноябре 1988 – январе 1992 гг.