Несмотря на длительный опыт эксплуатации самолетов F-111, способных выполнять полет в режиме огибания рельефа местности, на начальном этапе эксплуатации В-1В отмечались сложности с выполнение таких режимов. Согласно заложенному с систему алгоритму, бомбардировщик невысокие возвышенности «перепрыгивал», а серьезные высоты и горы обходил. РЛС в режиме следования рельефу местности просматривала зону на 16 км, чего иногда оказывалось недостаточно при выполнении маневра по курсу в гористой местности – новая гора возникала неожиданно и система не успевала среагировать должным образом. Проблему удалось решить, повысив дальность обнаружения препятствий при выполнении самолетом виражо (обходного маневра). Тем не менее, система следования рельефу местности оставалась уязвимым местом «В-One» на протяжении многих лет: малый ресурс, частые отказы. Самопроверка системы проводилась 16 раз в секунду – на начальном этапе эксплуатации каждая такая проверка выявляла порядка 500 ложных команд или сигналов! Нередкими были случаи, когда из-за ложных команд системы следования рельефу местности самолет переводился в резкий набор высоты с перегрузкой 2,4д в среднем каждые три минуты, в то время кок ВВС требовали при полете над любой местностью, чтобы время между переводами в набор высоты с резким возрастанием перегрузки было не менее 15 минут. Сома система и ее ПО интенсивно дорабатывались, однако, испытания весной 1988 г. новых версий радикального улучшения в работе системы следования рельефу местности не выявили. Лишь в 1989 г. появилась версия блок 8.1, удовлетворившая требования ВВС. Доработка режима картографирования позволила экипажу изменять полетное задание непосредственно в воздухе.
Бортовой комплекс обороны самолета В-1В иначе как скандальным долгое время не называли. БКО рассчитывали на подавление исключительно советской системой ПВО, то есть – самой современной и самой сложной. В теории БКО в составе станций подсистем ALQ- 161А и ASQ-184 был способен идентифицировать и подавить любую советскую РЛС, разработки 60- 70-х годов, о также бортовые РЛС перехватчиков и «радийные» головки самонаведения ракет воздух-воздух. А вот против РЛС образца 80-х годов БКО оказался бессилен.
БКО постоянно дорабатывали и модернизировали, меняли комплектацию подсистем – в результате в 1986 г. не нашлось и двух В-1В, БКО которых были бы идентичными. В 1986 – 1987 г.г. ВВС приняли трехэтапную программу совершенствования БКО, которую планировалось завершить к 1992 г. На первом этапе, Mod 0, комплексы всех самолетов приводились к единому стандарту. На этапе Mod 1 БКО получил программное обеспечение версии блок 4.0, обеспечивающее работу как в автоматическом, так и в ручном режиме, и повысившее достоверность идентификации «угрозы». Испытания Mod 1 проводились в марте – июне 1988 г. и показали, что доработанный БКО способен одновременно идентифицировать и ставить помехи десяти объектам. Испытания Mod 2 были запланированы но 1988 – 1989 г.г., установка на самолеты – на 1992 г., однако в 1988 г. работы по данному варианту комплекса свернули в пользу «промежуточной» доработки Mod 1.
До заданных на этапе разработке параметров БКО самолета В-1В довести не удалось, но в начале 90-х годов БКО в задуманном изначально виде просто потерял актуальность в связи с исчезновением с карты мира СССР. Американцам честно сказали – серьезной угрозы со стороны ПВО для В-1В больше нет.