Проблемы с БРЭО, в общем-то, были ожидаемы и не удивительны – нечто подобное случалось (и случается) с любым от души начиненным электроникой аэропланом. Иное дело «механика». В-1В долгое время оставался «чемпионом» ВВС США среди боевых самолетов по количеству протечек топлива из баков. Сильнее текли только заправщики КС-135 и транспортные С-141. На пике протечек стоянки «стратегов» приходилось отмывать от керосина чуть ли не ежедневно. Течь интегральных баков объяснялась использованием в конструкции самолетов металлов с разными коэффициентами теплового расширения и неудовлетворительной герметизацией заклепочных швов (общая длинна заклепочных швов составляет 8 км, использовано 292 500 заклепок). Особенно интенсивно текли крыльевые баки самолетов II, III и IV серий, протечки топлива также отмечались и в фюзеляжных баках. Для выполнения полетов на некоторых самолетах «дырявые» баки выключали из общего контура топливной системы, но иногда из-за протечек керосина самолеты просто оставались на земле. На В-1В №№ 2, 3, 4 и 5 испытывались различные способы герметизации заклепок, лучшим признали прокладки на основе углеродного компаунда. Такие прокладки стали ставиться на все серийные самолеты, начиная с 46-го, после чего протечки топлива практически прекратились. В регламент технического обслуживания ввели специальные проверки на герметичность баков, однако «спасали» они не всегда.
26 мая 1989 г. проверка но герметичность В-1В (83-0066) на авиабазе Тинкер прошла успешно, но технический расчет не снял заглушки, герметизирующие баки в ходе выполнения проверки. В результате после закачки 24 т керосина произошел разрыв топливного бака No 2, образовалась дыра размером 2,4 х 2,4 м в обшивке верхней части фюзеляжа, были повреждены пять шпангоутов. Ремонт бомбардировщика занял шесть месяцев.
Неоднократно отмечались случаи обрыва электропроводки в ходе установки крыла в положение максимальной стреловидности. Из-за неправильной работы механизма изменения стреловидности на предстартовой проверке у В-1В (84-0051) левая консоль не остановилась при достижении минимального угла стреловидности и пробила топливный бак № 2.
Из-за частых отказов компрессоров двигателей F101 фирме Дженерал Электрик пришлось разработать для компрессоров новые лопатки и изменить их крепление. Для компрессоров первой ступени ввели обязательный предполетный внешний осмотр, более тщательный осмотр производился через каждые 25 часов наработки. Противообледенительная система воздухозаборников работала неудовлетворительно, заставить ее работать «как следует» удалось только в конце 90-х годов.
Один из лучших инженеров ВВС США Ивонна Де Лоурирс отмечал, что больше всего проблем у технического состава было именно с двигателями, которые в начале эксплуатации в среднем надежно работали не более 9 часов.
Нарекания вызывала прочность планера. Первые трещины в конструкции были отмечены после выполнения интенсивных полетов с высокими скоростями на малых высотах. Трещины лонжеронов крыла обнаружили но 38 самолетах, налетавших более 700 ч. В местах трещин установили накладки из легкого сплава, но в июле 1991 г. на 16 бомбардировщиках нашли новые трещины, которые спровоцировали отверстия под болты прочностных накладок, установленных ранее. Взамен металлических фирма Рокуэлл разработала боро-эпоксидные накладки, которые установили на всех 96 «летных» В-1В; накладки крепились клеем.
Трещины находили также в узлах крепления приводов уборки/ выпуска основных опор шасси, которые пришлось перепроектировать с заменой титана на сталь. Из-за усталостной потери прочности узлов крепления в полетах произошло несколько случаев отрыва генераторов вихрей. Из-за трещин в остеклении кабины в 90-е годы пришлось разрабатывать новое остекление.
Достаточно надежной считается система катапультирования. За всю историю В-1В только один член экипажа погиб из-за неисправности катапультного кресла.
Из-за неудачной конструкции замка минимум трижды в полете срывало аварийные люки штурманской кабины.
По окончанию Холодной войны была реализована программа модернизации CMUP (Conventional Mission Upgrade Program), целью которой являлось превращение В- 1В из, прежде всего, носителя ядерного оружия в эффективную платформу применения авиационных средств поражения с неядерной боевой частью. Одно время целесообразность поддержания в пригодном к полетам состоянии затратных и не очень надежных в эксплуатации самолетов «В-One» самым серьезным образом подвергалась сомнению. Однако, В-1В с точки зрения массы боевой нагрузки превосходил любой другой самолет американских ВВС, данный фактор перевесил все остальные. Простые расчеты показывали – в трех фюзеляжных отсеках и на шести внешних узлах подвески самолет способен нести 84 бомбы Мк 82 калибра 227 кг.