Согласно утверждению представителей японской авиакомпании ANA топливная эффективность нового самолета оказалась на 20 % лучше, чем у Боинг 767, а на дальних маршрутах между Японией и Франкфуртом — даже на 21 %. Готовность к вылету в течение первых 2,5 месяцев эксплуатации составила 96,5 % при интенсивности два полета в день продолжительностью 80–90 мин. Авиакомпания также провела опрос более 800 пассажиров, летавших на самолете Боинг 787, согласно которому ожидания пассажиров на высокий комфорт полета оправдались у 90 % опрошенных. 90 % пассажиров отметили высокое качество кондиционирования воздуха, а 80 % — его нормальную влажность, 40 % пассажиров отметили высоту потолка салона, 90 % положительно высказались за иллюминаторы большого размера. 25 % опрошенных отметили, что они бы в дальнейшем сделали все возможное для того, чтобы вновь слетать на самолете Боинг 787.
13 ноября 2011 г. компания «Боинг» получила первый самолет Боинг 787, прошедший предпродажную доработку на базе «Лекленд» в Сан-Антонио, на что потребовалось 8 месяцев. Самолет был предназначен для японской авиакомпании JAL.
Отправка на доработку уже выпущенных самолетов — хоть и редкая, но встречающаяся в практике авиастроителей схема производства, позволяющая не останавливать основную сборочную линию. Хотя, конечно, это указывает на то, что самолет еще «сырой». Доработка проводилась согласно так называемому «гибкому» плану компании «Боинг», и предусматривала замену систем и узлов, не удовлетворяющих первоначальным спецификациям или не прошедших сертификацию. Так, на самолете авиакомпании JAL проводилась доработка системы кондиционирования бортовых систем. Дорабатывалась также система управления, закрылки, флапероны и рули, переделывалась электропроводка самолета.
Очередные доработки потребовались и из-за обнаружения расслоения композиционной обшивки хвостовой секции фюзеляжа из-за неправильной установки стрингеров. Пришлось проводить инспекцию и доработку 50 самолетов и готовых фюзеляжных секций.
Первый серьезный инцидент с самолетом Боинг 787 случился 9 ноября 2010 г., когда из-за короткого замыкания серьезно пострадал от огня второй опытный самолет ZA002, который позже пришлось списать.
Первый инцидент во время эксплуатации Боинга 787 произошел с первым серийным самолетом через неделю после начала регулярных полетов — 6 ноября 2011 г., когда во время захода на посадку не полностью выпустились основные стойки шасси. По команде с земли шасси были довыпущены на втором заходе с помощью резервной гидравлической системы. Причиной отказа оказался гидравлический клапан, вскоре замененный.
21 июля 2012 г. авиакомпания ANA была вынуждена прекратить полеты пяти из 11 имеющихся на тот момент Боинг 787-8 из-за проблем с редуктором двигателей Роллс-Ройс «Трент» 1000. Ресурсные наземные испытания, которые проводила компания «Роллс-Ройс», выявили коррозийное разрушение зубьев редуктора, которые могли привести к его полному отказу. Компания была вынуждена изменить технологический процесс изготовления деталей редуктора, а также провести обследование выпущенных двигателей. Следы коррозии были обнаружены на ряде двигателей, что потребовало приостановку полетов. Два из пяти самолетов Боинг 787-8 удалось оперативно отремонтировать в течение суток, работа на оставшихся заняла несколько дней.
А уже 28 июля произошел инцидент с двигателем Дженерал-Электрик GEnx-1B — во время его гонки на самолете Боинг 787-8 на аэродроме в Чарльстоне из сопла вылетел обломок лопатки турбины, который поджег траву на аэродроме. Пожар продолжался целый час. В результате корпорации «Дженерал Электрик» пришлось провести дополнительную проверку двигателей, так как наиболее вероятной причиной аварии первоначально посчитали неправильную сборку турбины низкого давления.
12 сентября 2012 г. американское бюро безопасности на транспорте (NTSB) потребовало временно прекратить эксплуатацию самолетов Боинг 787 с двигателями корпорации «Дженерал Электрик» до устранения выявленных проблем. Анализ поврежденной лопатки показал, что поломка была вызвана не усталостными разрушениями, как предполагали, а коррозией гальванической пары во влажной среде в присутствии водорода. Сам факт коррозии выявился ультразвуковым обследованием двигателя 15 августа, но до следующего инцидента с разрушением лопатки турбины не оглашался публично. Шесть недель спустя после аварии самолета Боинг 787-8, во время взлета Боинга 747-8 с двигателями того же типа GEnx (налетавшего 1200 ч) на скорости 80 км/ч, произошло резкое падение тяги одного двигателя. Экипаж был вынужден прервать взлет, а обследование показало значительные повреждения турбины низкого давления. В результате корпорация «Дженерал Электрик» была вынуждена сменить технологию нанесения защитного покрытия на лопатки турбины, заменить состав смазки среднего вала двигателя и провести ультразвуковое обследование всех выпущенных двигателей.