Запуск двигателя производился от аэродромной пусковой тележки, на которой устанавливался аккумулятор, пусковая панель и стартер. Последний соединялся с ВК-1 с помощью трансмиссии, состоящей из двух частей: внутренней и наружной. Внутренняя часть находилась на самолете. Она была соединена с двигателем и оканчивалась шлицевой муфтой вращавшейся в подшипнике, закрепленном на левом борту фюзеляжа под хвостовой частью крыла. Наружная часть соединялась со стартером и заканчивалась накидной гайкой. Перед запуском двигателя наружная часть соединялась с муфтой внутренней и закреплялась накидной гайкой.
Топливо общим объемом 1015 л разместили в двух фюзеляжных баках. Передний бак емкостью 595 л (из них 100 л в расходном отсеке) располагался непосредственно за кабиной пилота, а задний бак емкостью 420 л находился в хвостовой части и огибал реактивную трубу двигателя. Заправка баков осуществлялась через индивидуальные заливные горловины. Подачу топлива к двигателю обеспечивали две подкачивающие бустерпомпы. Для бесперебойной подачи керосина при отрицательных перегрузках и кратковременных полетах на спине в расходном отсеке установили клапан перевернутого полета.
Самолет оснастили системой пожаротушения углекислым газом состоящей из трехлитрового баллона с пиропатроном, кольцевого коллектора на двигателе, трубопровода и четырех термоизвещателей, отрегулированных на температуру 120° .
Вооружение Як-50 состояло из двух 23-мм пушек НР-23 с боезапасом по 80 патронов. Пушки находились под полом кабины пилота и крепились к балкам головной части фюзеляжа. Патронные ящики расположили за кабиной пилота на наклонном шпангоуте №6. Закладка боекомплекта в ящики производилась через люки в бортах фюзеляжа. Каждая пушка имела индивидуальную кнопку управления стрельбой, расположенную на РУС. Верхняя кнопка предназначалась для левой пушки, а кнопка под гашеткой – для правой. При стрельбе звенья и гильзы выбрасывались наружу. Управление стрельбой электрическое, перезарядка электропневматическая.
Автоматический стрелковый прицел АСП-ЗН устанавливался на качающемся кронштейне, который позволял фиксировать его в переднем или в заднем положении. Переднее положение являлось походным и могло использоваться для учебных стрельб в горизонтальном полете или при полетах с небольшими перегрузками. В заднем положении прицел находился достаточно близко к глазам летчика, что позволяло ему вести воздушный бой с резкими маневрами при застопоренных плечевых ремнях. При отклонении прицела из одного крайнего положения в другое направление оптической оси не менялось. Кронштейн допускал регулировку наводки прицела в горизонтальной и вертикальной плоскостях.
Для обеспечения контроля результатов боевых и учебных стрельб в нижней части перегородки носового кока устанавливался фотопулемет С-13. Его сигнальная лампа находилась на приборной доске у правого борта. Управление фотопулеметом осуществлялось от обеих кнопок ведения огня.
Комплект радиолокационной станции «Коршун» размещался в головной части фюзеляжа. В соответствии с требованиями НИИ-17 амплидин и отметчик РЛС разместили в гермокабине. Экран отметчика был выведен на приборную доску. В состав радиооборудования также входили связная радиостанция РСИУ-3 и радиополукомпас РПКО-ЮМ. Штыревая антенна радиостанции типа АСШ находилась на фюзеляже между шпангоутами №11 и №12. Между этими же шпангоутами, но только снизу по оси симметрии самолета, расположили рамку РМД радиополукомпаса. Антенну РПКО-ЮМ протянули от антенны радиостанции к верхней части киля.
Источниками электроэнергии являлись бортовой аккумулятор и генератор, находившийся на двигателе. Питание РЛС также обеспечивал мотор-альтернатор МА-1500К. Для освещения взлетно-посадочной полосы на рулежке, при взлете и посадке самолет оснастили выдвижной фарой, которую расположили на крышке левого переднего люка пушки.
Кислородное оборудование включало негерметическую маску КМ-10, кислородный прибор, редуктор и два шаровых баллона емкостью по 2 л. Кислородный прибор и редуктор установили на правом пульте, а баллоны разместили под полом кабины пилота.