В 1997-1998 гг. эти самолеты прошли восстановительный ремонт в Беларуси, но уже в процессе ремонта стало ясно, что сделка не состоится (Россия тогда отказала Перу в сервисном обслуживании купленных где попало и у кого попало МиГ-29 и Су-25, в т.ч. и экс-белорусских машин этих типов). Поскольку смысла в ремонте молдавских МиГов при таком раскладе больше не было, на него были отпущены весьма небольшие суммы и он вряд-ли был капитальным. Так, судя по имеющейся отрывочной информации, совершенно необходимая в данном случае полная замена БРЭО и двигателей не производилась. Все ограничилось ремонтом, из-за чего боеспособность молдавских МиГов даже после этих мероприятий оценивалась весьма невысоко. В 1998 г. отремонтированные МиГ-29 все те же белорусские пилоты перегнали обратно в Молдову. В 1998-2003 г. отдельные МиГ-29 из этой "молдавской шестерки" еще выполняли редкие тренировочные полеты, но к 2004-2005 гг. все они прочно и, похоже окончательно, "встали на прикол". С этого момента эти самолеты неизменно демонстрируются в наземной статической экспозиции во время различных выставок и прочих торжественных мероприятий, проводимых ВВС Молдовы, но в воздух они более не поднимаются.
К этому времени ВВС и армия Молдовы формально перешли на натовскую организацию. Соответственно, 23 декабря 1999 г. была образована объединенная "Авиабаза ВВС Молдовы Дечебал" (в 2000-2004 гг. командиром авиабазы был полковник С.К. Чебан, а в 2004- 2010 гг. - полковник С.Д. Небурак), куда кроме шести МиГ-29 вошла вертолетная эскадрилья из шести Ми-8Т. Кроме того, в Кишиневе находился международный аэропорт и учебный центр ВВС Молдовы, где базировались два Ан-72, один Ан-26, два Ан-2, два-три Ми-8Т (в санитарном или VIP-исполнении)и единственный Як-181.
К 2010 гг. в Молдове были окончательно выведены из состава местной авиации и списаны Ту-134, Ан-24, Ми- 2, PZL-104 и часть Ми-8 и Як-18Т. При этом Ан-26, оба Ан-72 и 4-5 Ми-8Т ВВС Молдовы постоянно привлекались к транспортным перевозкам в интересах контингентов НАТО на Балканах и в Афганистане, а также к различным совместным учениям.
Кадровая ситуация в ВВС Молдовы со временем тоже не улучшилась. Местный "учебный центр" может готовить только пилотов легкомоторной авиации (там используются Ан-2 и Як-18Т, реактивных УТС вроде L-39 в этой стране нет) или вертолетчиков для Ми-8, но при этом процесс постоянно тормозится отсутствием мало-мальски опытных инструкторов, запчастей и дороговизной топлива. Попыток готовить новых пилотов для МиГ-29 за границей (например, в Румынии) ВВС Молдовы, похоже, даже не предпринимали (т.к. это требует немалых средств, хотя, к примеру, деньги на подготовку в Латвии армейского младшего офицерского состава с 2008 г. в военном бюджете Молдовы как-то изыскивают ), к тому же румыны еще в начале 2000-х гг. вывели все МиГ-29 из состава своих ВВС - сначала их законсервировали, а потом и вовсе утилизировали. До 80% выпускников военноучебных заведений Молдовы (это касается не только авиаторов) сразу после выпуска уходят в отставку, поскольку не видят никаких перспектив в военной службе.
Вмешивается в кадровую ситуацию и политика (как известно, в Молдове чередуются правительства "великорумынских евроатлантистов" и выходцев из бывшей компартии) - до 2000 г. из армии, ВВС и даже МВД Молдовы "вычистили" всех бывших советских офицеров, а после 2000 г. в рамках сокращений начали массово увольнять уже офицеров, имеющих образование по западным стандартам.
Из-за участия в блоковых мероприятиях НАТО, к 2011-2012 гг. количество исправной техники в ВВС Молдовы резко сократилось (в летном состоянии остались часть Ан-2, Як-18Т и два-три Ми-8, остальная техника требовала капремонта или вообще подлежала списанию), что закономерно вызвало новый всплеск "коммерческих инициатив".
Так, в 2010 г. на продажу были выставлены оба, практически вылетавших ресурс, молдавских Ан-72 (оба выпущены в 1988 г., б/н ER-72992 и ER-72993). За один из них была объявлена цена в 950 тыс. долл., а за второй - всего 600 тысяч! Но даже при такой низкой цене покупателей не нашлось - самолеты по сей день остаются в Кишиневе и их пытаются реализовать по принципу "антиаукциона" (т.е. прося заплатить хоть сколько-нибудь!), но пока тщетно.