Действия оставшихся под контролем 14-й армии 36-я ОВЭ и 5-й ОДРАЭ в ходе приднестровского конфликта носили ограниченный характер. Вертолеты Ми-8 и Ми-24 вылетали на разведку и патрулирование, высаживали разведгруппы, доставляли грузы и эвакуировали раненых. Фоторазведчики Ан-ЗОБ 5-й ОДРАЭ выполнили некоторое количество вылетов на фоторазведку, при этом 13 марта 1992 г. самолет командира эскадрильи подполковника В.И. Жерегеля был поврежден огнем из стрелкового оружия и с одним остановившимся двигателем сел на а. Тирасполь. Были мысли приспособить Ан-ЗОБ и для бомбометания, но от претворения этих планов в жизнь отказались - хотя у Молдовы практически не было средств ПВО кроме малокалиберной ЗА, оставался риск перехвата со стороны как МиГов-29 бывшего 86-го ГИАП, так и ВВС Румынии. Да и осуществить подобную переделку силами местной ТЭЧ оказалось нереально. После окончания приднестровского конфликта, в феврале-марте 1993 г. 5-ю ОДРАЭ вывели в Воронеж. Аналогично поступили и с 36-й ОВЭ, большинство вертолетов которой, в т.ч. все Ми-24, переправили в Россию (частично переброска осуществлялась самолетами ВТА) или передали армии ПМР. По состоянию на конец 2012 г. в Тирасполе дислоцировалась лишь подчиненная командованию ОГРП российская авиационная комендатура, вся техника которой (5 Ми-8Т) числилась находящейся на хранении. В составе ВВС вооруженных сил ПМР по состоянию на 2013 г. числилось 15 летательных аппаратов, в т.ч. шесть вертолетов Ми-8Т, два Ми-2, один Ан-26 (видимо бывший самолет из 5-й ОДРАЭ), не менее двух Ан-2 и два Як-18Т, базирующихся в том же Тирасполе (при этом Ми-2 и Ан-26 числились на хранении).
Ну а для ВВС Молдовы окончание боевых действий лишь усугубило ряд поистине фатальных проблем предыдущего периода. Содержать доставшийся от СССР авиапарк новообразованное государство оказалось не в состоянии. По-прежнему не хватало летчиков и техников. Для подготовки новых кадров, поддержания в строю авиатехники (т.е. ремонта) и закупки топлива хотя бы для тренировочных полетов, требовались немалые средства, которых в молдавском военном бюджете не было.
Количество имеющихся в наличии МиГ-29 сразу же было признано избыточным. Поэтому уже в 1992 г. начался поиск покупателей на "двадцать девятые" бывшего 86-го ГИАП. Это было очень своеобразное время, когда страны Восточной Европы и вновь образованные на постсоветском пространстве "державы" СНГ бойко торговали направо и налево оставшимися от СССР арсеналами. Оружие и боевая техника продавались по демпинговым ценам чуть ли не по весу, и конкуренция в этой сфере тогда была достаточно высока. Тем не менее, в начале 1993 г. к молдавским МиГ-29 проявил интерес Южный Йемен, на территории которого шла гражданская война. Посредниками в продаже выступала некая фирма Phoenix Air и какие-то "официальные лица" из Туркменистана. Сумма сделки осталась неизвестной, но установлено,что за один МиГ-29 южно-йеменская сторона была готова заплатить порядка 4-6 млн. долл. Всего предполагалось продать не менее 10 самолетов. К продаже в первой партии были подготовлены три МиГ-29 "9-13" и один МиГ-29УБ "9-51" б/н 60 (видимо все числившиеся в тот момент в летном состоянии самолеты этого типа ВВС Молдовы). Все предназначенные к продаже самолеты были перекрашены в зелено-голубые цвета с нанесением на четырех из них опознавательных знаков ВВС Южного Йемена. Однако довести до реального летного состояния, похоже, удалось только один МиГ-29 и один МиГ-29УБ, которые и были доставлены транспортными самолетами в Йемен в мае-июне 1993 г. 30 июня эти Миги совершили первый боевой вылет, а уже 5 июля 1993 г. оба самолета были захвачены войсками Северного Йемена в аэропорту Ал-Райан (район Мукаллы). Впоследствии ВВС уже единого Йемена продолжали проявлять некоторый интерес к молдавским МиГ-29, но плохое техническое состояние самолетов заставило их отказаться от дальнейших закупок и уже перекрашенные в цвета ВВС Южного Йемена МиГ-29 так и остались в ВВС Молдовы.