Японцы в борьбе за Алеуты использовали значительные силы подводного флота. В 1942-43 гт. у островов и берегов Аляски побывало 35 субмарин, причем некоторые совершили по несколько походов. Помимо того, на Кыску было доставлено 5 сверхмалых подлодок Кроме действий против кораблей противника и ведения разведки, императорские подводники с мая 1943 г. занимались транспортным обеспечением гарнизонов островов. Наученные горьким опытом битвы за Атлантику, американцы хорошо осознавали, сколь серьезную опасность представляют вражеские субмарины, и приложили максимум усилий для борьбы с ними. Задачи ПЛО решали не только авиаподразделения флота СШД но и их канадские коллеги, а также бомбардировщики 11-й ВА
Первую атаку японской подлодки у Алеутов провел экипаж л-та Л Дейвиса 10 июня 1942 г., когда его «Каталина» патрулировала южнее о. Танача. На обнаруженную субмарину были незамедлительно сброшены все имевшиеся на борту бомбы, и авиаторы посчитали, что уничтожили врага. Однако японцы этого не подтвердили.
Через месяц действительного успеха добились канадцы из 8-й эскадрильи. 9 июля экипаж «Болингброка», который возглавлял флайт-сержант Томас, нанес повреждения подводной лодке, обнаруженной у берегов Аляски. Затем ее добили вызванные на подмогу американские корабли. Так погибла Ро-32.
Настоящую охоту на «стальную рыбу» устроили американцы 31 августа, после того как проникнувшая в бухту Назан (о. Атка) Ро-61 торпедировала плавбазу «Кэско» и умудрилась незамеченной выскользнуть в море. Широкий поиск принес свои плоды: экипаж л-та СКоулмена из 42-й эскадрильи засек всплывшую в Беринговом море лодку. «Каталина» пошла в атаку. Противник был обстрелян из пулеметов, а затем на него полетели две 227-кг ФАБ и столько же глубинных бомб. В это время к месту событий подоспела находившаяся неподалеку «Каталина» л-та КЭмма из VP-43, и сброшенные с ее борта бомбы разорвались вблизи начавшей срочное погружение субмарины. На поверхности появилось большое масляное пятно, а вскоре вынырнула и сама беглянка. Точку в ее уничтожении поставил вызванный по радио эсминец «Рейд».
Японцы организовали на Кыске базу подводных лодок, однако смогли создать лишь примитивные, плохо замаскированные укрытия, которые не защищали корабли от налетов американской авиации. Поэтому при объявлении воздушной тревоги подводники старались побыстрее залечь на дно. 28 сентября (по другим данным – 4 ноября) во время такого срочного погружения сильно ударилась о грунт и получила серьезные повреждения Ро-65. Когда вражеские самолеты улетели, она смогла всплыть, но справиться с поступлением воды экипажу не удалось, и через полтора часа субмарина затонула.
Летчики 11-й ВА были причастны к уничтожению еще одной лодки. 14 июля 1943 г. они разбомбили И-7, которая выбросилась на мель после боя с эсминцем «Монэгхэн».
В целом действия авиации стали важным фактором, способствовавшим срыву амбициозных планов адмиралов микадо по организации подводной войны в данном регионе. Хотя японцы и заявили о потоплении 9 кораблей и судов, в действительности им удалось уничтожить лишь один американский транспорт и повредить еще несколько плавединиц.
Приближался новый, 1943 г., которому суждено было стать решающим в борьбе за Алеутские острова. Американцы продолжали наращивать силы в регионе и пользовались самыми незначительными улучшениями погоды для нанесения авиаударов по вражеским гарнизонам. Одним из таких дней небесного «просветления» стало 30 декабря 1942 г., когда состоялся алеутский дебют «Митчеллов»: командир 77-й эскадрильи м-р ДжЛикард повел в рейд на Кыску пятерку B-25D, которую прикрывали четырнадцать «Лайтнингов». Как и положено, первый блин вышел комом. Два бомбардировщика вернулись на базу вскоре после взлета из-за технических причин. В неприятельском порту были обнаружены два транспорта, но поразить их не удалось, причем у первого ведомого Пикарда из-за отказа бомбосбрасывателей часть боевой нагрузки осталась на борту, и ему пришлось возвращаться домой с опасной ношей. От второго ведомого военная удача и вовсе отвернулась – над целью его сбили зенитчики. Истребительный эскорт также не избежал потерь. Внезапно появившиеся «Руфи» сбили два «Лайтнинга». На следующий день 77-я эскадрилья повторила налет на Кыску и снова не добилась успеха. В тот раз на свою базу вернулись все бомбардировщики, хотя без потерь не обошлось. В одном из экипажей погиб кормовой стрелок, а в другом получили ранения оба летчика, причем у одного были прострелены руки, а у второго ноги.