Выпуск «МиГов» постоянно рос. На середину июня НКАП должен был поставлять в войска ежесуточно 48 самолетов всех типов, в том числе: 15 МиГ-3, 10 ЛаГГ-3 и 4 Як-1. Такая расстановка приоритетов отвечала пожеланиям заказчика. Предполагалось, что ход будущей воздушной войне зададут бомбардировщики, которые будут действовать с больших высот, и там МиГ-3 покажет свои лучшие качества. Испытания в НИИ ВВС немецких самолетов Не 111Н, Do 215 и Ju 88А показали, что МиГ-3 способен их настичь и атаковать на любой высоте не только при заблаговременном оповещении и перехвате на встречных курсах, но и взлетая уже по видимой с аэродрома цели, когда ему приходилось ее догонять.
А вот огневая мощь для борьбы с бомбардировщиками была явно недостаточной. Командование ВВС требовало усилить вооружение МиГ-3 и обеспечить применение в ночное время. 5 марта 1941 г. на Госиспытания был представлен МиГ-3 с двумя облегченными пулеметами УБ-12,7. Но испытаний он не выдержал, и Микояну было поручено продолжать работу по установке на истребитель пушек. Не соответствовало требованиям времени и оборудование МиГ-3. Несмотря на многочисленные решения, они выпускались без радиополукомпасов, многие вовсе не имели радио. В некоторых полках экипажи самовольно снимали радиостанции, мотивируя плохой слышимостью, хотя они их даже не-проверяли.
Завод № 1 наращивал темп производства. Так, если в марте 1941 г. сдали 481 машину, то в июне 1289, почти втрое перекрыв план. В основном «МиГи» поступали на вооружение истребительных авиаполков западных военных округов. Однако и некоторые авиачасти, дислоцированные на востоке СССР, тоже получили их. Например, в Забайкальском ВО переучивание на новую технику начал 34-й ИАП, базировавшийся в Чите.
Освоение самолета строевыми летчиками шло непросто. В «предвоенном поколении» МиГ-3 оказался самым строгим в пилотировании и самым ненадежным. Это тормозило освоение машины, которая была куда сложнее своих предшественников и в наземной эксплуатации. К тому же «наученные» недавними репрессиями многие строевые начальники перестраховывались, стараясь избежать лишних проблем. Так, в апреле 1941 г. первые «МиГи» поступили в 20-ю САД, но более месяца обучение летчиков дивизии на них не проводилось. Командир соединения Осипенко мотивировал это аварийностью, и только когда к нему направили летчика-испытателя НИИ ВВС П.М. Стефановского, начал переучивание своих пилотов.
Но и поспешность при освоении МиГ-3 ни к чему хорошему не вела. Например, в 31-м ИАП Прибалтийского ОВО на 22 июня 1941 г. из 52-х полученных МиГ-3 в ремонте находились 24 и большинство – из-за аварий и поломок. Особенно трудно давался МиГ-3 тем, кто ранее летал только на идеально устойчивом И-153.
Промышленность оперативно реагировала на замечания военных. Буквально каждый день какие-то доработки внедрялись в серию без снижения темпов выпуска. Но такие изменения, как установка предкрылка и вооружения в крыле, изменение площадей стабилизатора и руля высоты, требовали большого времени на переделку оснастки и других технологических приспособлений. А времени уже не оставалось – близился роковой рассвет 22 июня 1941 года…
Летом 1941 г. в приграничных округах новых боевых самолетов было немногим более 20%. Самым массовым из них стал истребитель Микояна и Гуревича, что видно из приведенной таблицы.