Постепенно набралось много изменений, которые требовалось внести в конструкцию самолета. Чтобы не дезорганизовать производство, решили внедрить все доработки со 101-й серийной машины. Они оказались столь существенны, что улучшенный самолет признали новым типом, присвоив обозначение МиГ-3. Он успешно завершил Госиспытания 27 февраля 1941 г. Выпуск МиГ-1 прекратили, но для ускорения внедрения МиГ-3 решили сохранить «прямой» серийный счет, на котором были основаны заказ материалов, комплектующих и планирование всех работ.
10 апреля КО постановил увеличить выпуск МиГ-3 на заводе № 1: в мае надо было сдать 310 штук, в июне – 340, в июле – 400, в августе – 450, в сентябре – 500, а в целом за 1941 г. – 4295! Для выполнения этой громадной программы на выпуск агрегатов для 1-го завода планировали перевести киевский завод № 43, сняв с него задание полной сборки самолетов. Производством агрегатов для «МиГов» загрузили и два бывших ремзавода: гражданский 89-й в Москве и рязанский 168-й наркомата обороны. Хотя вскоре 89-й завод был передан КБ В.Г. Ермолаева, серийное производство МиГ-3 набирало темп.
Так чем же отличался МиГ-3 от МиГ-1? Охлаждение мотора улучшил новый пластинчатый радиатор ОП-ЗЮ. Для выполнения требований по дальности под кабиной установили еще один внутренний бак на 250 л бензина (его запас вырос с 263 до 466 кг), был увеличен и запас масла. Для повышения устойчивости мотораму удлинили на 100 мм, а поперечное V консолей увеличили с 5 до 6°. Крышку фонаря кабины оставили сдвижной, а заднее стекло сделали большим. Прицел и бомбовое вооружение унифицировали с другими новыми самолетами: вместо прицела ПАН-23 или ППН-1 поставили ПБП-1а, ввели механический бомбосбрасыватель АСИ-140 и замки Д-3-40 для подвески бомб калибром от 8 до 100 кг большинства типов. Кроме химприборов ВАП-6М, были внедрены зажигательные ЗАП-6. Хотя приказом НКАП от 14.02.1941 г. установку РО-82 на МиГ-1 отменили, но в производстве 8 узлов для «эрэсов» и вся их электрика оставили, что потом пригодилось. Некоторые МиГ-1 не имели протектора и наддува инертным газом баков и 8-мм бронеспинки, «тройки» же комплектовались этим на 100%.
Внимание к технологии и организации производства положительно сказалось и на темпах выпуска, и на цене машины. Среди новых истребителей МиГ-3 оказался самым недорогим, при этом обладал самым мощным мотором и был наиболее материалоемким, в т.ч. и по дефицитным сплавам. «Пулеметный» ЛаГГ-3 обходился стране в 196500 руб., он же с пушкой ПТБ-23 стоил уже 350000. Истребитель Яковлева завод №301 отгружал за 325000 руб., а 292-й завод – за 208000 (без тары). Цена комплектного МиГ-3 на май 1941 г. была утверждена в сумме 158000 руб.
Первую серию МиГ-3 заложили 15 декабря 1940 г., и к концу года были готовы 11 машин. Екатов облетал головную и остался ею доволен. 27 января 1941 г. летчики-испытатели НИИ ВВС Кочетков и Прошаков под руководством ведущего инженера Воеводина начали Госиспытания МиГ-3 №№ 2107 и 2115.
Взлетная масса по сравнению с эталонным И-200 увеличилась с 3099 до 3355 кг, и на набор высоты 5000 м самолет тратил теперь 6,5 мин, а 8000 м – до 10,28 мин. На вираж на 4000 м уходило 25-26 с, а на 7400 м – 32-33 с, что по-прежнему было лучше, чем у других истребителей на таких высотах. Разбег ухудшился с 238 до 347 м, пробег пострадал незначительно. Несколько улучшилась скорость: у земли с 486 до 495 км/ч, а на высоте – с 636 до 640 км/ч, причем граница высотности поднялась еще на 200 м и достигла 7800 м. Удалось увеличить дальность полета до 820 км, что было лучше, чем у других советских истребителей, «Спитфайра» и «Мессершмитта» (при невырабатываемом остатке в 6,5% внутренней заправки). Однако в Акте по результатам Госиспытаний было отмечено, что «…полученная дальность на 143-180 километров менее заданной. Необходимо обязать НКАП обеспечить на самолете МиГ-3 дальность 1000 км». И эту задачу удалось решить. В апреле летчики Баулин и Сахранов на «пятиточечных» МиГ-3 (с пулеметами БК) показали нужную техническую дальность – самолет № 2592 пролетел 1100 км, а № 2597 – 970 км, что было в допуске.