Отступая, ВВС РККА теряли один аэродром за другим. Истребители часто базировались далеко от линии фронта, а если находилась площадка в нужном месте, она оказывалась слишком маленькой. Первая проблема решилась просто: на самолеты вновь начали ставить оборудование для подвесных баков. А вот улучшить ВПХ оказалось сложнее. Уменьшение редукции мотора увеличило скорость, но разбег на форсаже и с отклоненными на 10° щитками вырос с 320 м до 390 м, а взлетная дистанция (до высоты 25 м) – с 980 м до 1200 м. ЦАГИ в августе 1941 г. предложил совместить на МиГ-3 концевые предкрылки с закрылками Фаулера или же отклонять обычный щиток на больший угол, а для исключения срыва погранслоя установить предкрылок по всему размаху. Рассматривались и другие решения по улучшению ВПХ, в том числе и экзотические сбрасываемые «взлетные» законцовки, увеличивавшие размах крыла. Однако до практического воплощения этих вариантов дело не дошло. Заказчик наконец-то обратил внимание на появление у противника нового Bf 109F и стал требовать восстановить летные качества серийных «МиГов». Прежде всего, следовало усилить вооружение и улучшить характеристики на малых высотах – высотные качества на Восточном фронте оказались не нужными.
1 августа 1941 г. на испытания поступил МиГ-3 № 3539, оснащенный мотором АМ-38 с воздушным винтом АВ-5Л110А. При той же массе, что и АМ-35А он имел боевую мощность 1500 л.с. у земли и столько же на высоте 1650 м. Летчики Степанчонок, Станкевич, Кочетков, Кубышкин, Попельник, Шиянов и Юмашев сделали на нем 26 полетов общей продолжительностью 11 ч 15 мин. В жару мотор постоянно перегревался, но скорость и скороподъемность на малых высотах улучшились. 12 августа акт по испытаниям был утвержден, и завод № 1 начал ставить такие двигатели на серийные «МиГи». Эти самолеты получили усиленное вооружение – две синхронные пушки ШВАК-20 (СП-20), для размещения которых в капоте сделали выштамповки. Большинство их поставили в 6-й ИАК ПВО.
Но еще в июле вышло решение о выпуске на заводе № 1 штурмовиков Ил-2 вместо МиГ-3, выпуск которых предстояло полностью перенести в Куйбышев. В Москве производство «МиГов», в основном оснащенных двигателями АМ-35А, постепенно сворачивали. В сентябре предстояло сдать 420 истребителей, в октябре – 250, в ноябре – 150 и в декабре 100.
На Волге первые полсотни микояновских истребителей следовало сдать в IV квартале 1941 г., а в 1942 г. уже построить 1750 экземпляров.
В октябре на площадку 122-го завода было решено эвакуировать завод № 1 и ряд других предприятий НКАП. В конце концов все они влились в состав 1 -го завода. Организовать производство на новом месте удалось быстро, однако развернуть там широкомасштабный выпуск МиГ-3 было не суждено. Война требовала все большего количества штурмовиков, и 26 ноября 1941 г. Шахурин издал приказ № 1152сс: «В целях обеспечения быстрейшего освоения и максимального выпуска самолетов Ил-2 на заводе 1 приказываю: 1. Директору завода 1 Третьякову немедленно прекратить задел по самолету МиГ-3 по всем цехам, выпустив самолеты МиГ-3 только имеющиеся в сборочном цехе.
2. Директору завода 1 принять все меры к быстрейшему максимальному выпуску самолетов Ил-2. Станочный парк всех цехов направить немедленно на изготовление деталей самолета Ил-2».
Но производство МиГ-3 продолжалось и далее, пока 23 декабря не поступила правительственная телеграмма: «Вы подвели нашу страну и нашу Красную Армию. Вы не изволите до сих пор выпускать ИЛ-2. Самолеты ИЛ-2 нужны нашей Красной Армии теперь как воздух, как хлеб.
Шенкман 2* дает по одному ИЛ-2 в день, а Третьяков дает МИГ-3 по одному, по две штуки. Это насмешка над страной, над Красной Армией. Нам нужны не МИГа ИЛ-2.
Если 18 завод думает отбрехнуться от страны, давая по одному ИЛ-2 в день, то жестоко ошибается и понесет за это кару. Прошу Вас не выводить правительство из терпения и требую, чтобы выпускали побольше ИЛов. Предупреждаю последний раз.
№ И 153 Сталин»
Последние 12 серийных МиГ-3 завод № 1 сдал в январе 1942 г. а всего выпустил 3102 истребителя этого типа. Микоян добился выхода постановления ГКО, а 16 марта 1942 г. и приказа НКАП оС организации в Москве нового завода N9 155. Туда перевели ремонт «МиГов», ранее выполняемый на заводе № 30. Там же ис вывезенных из Куйбышева агрегатов собрали 75 МиГ-3, последний из которых покинул предприятие в апреле 1942 г.