Вариант «Мираж» IIIS был выбран для производства по лицензии швейцарской фирмой Flug- und Fahrzeugwerke Altenrhein AG (FFA) для ВВС Швейцарии. Эти самолеты были оснащены ТРД «Атар» 09СЗ, которые строила по лицензии фирма Sulzer AG.
Исходя из требований ВВС Швейцарии, истребитель претерпел ряд изменений. Для того чтобы он помещался в подземные укрытия, носовой конус сделали поворотным. Для эксплуатации с коротких горных аэродромов в Альпах усилили шасси, а также оснастили их более мощными тормозами. Усилили и конструкцию самолета в целом. В корневой части крыла сделали четыре узла для подъема истребителя при помощи крана. В нижней части фюзеляжа установили замки для подвески стартовых пороховых ускорителей.
Радиолокатор «Сирано» и ракеты класса «воздух-воздух» R.511 были заменены американской системой управления огнем Hughes TARAN 18 и ракетами НМ-55, представлявшими собой экспортный вариант американской AIM-26B Falcon с полуактивной радиолокационной системой наведения. Лицензионное производство НМ-55 было налажено в Швеции, а швейцарский заказ составил 225 ракет. Швейцарский «Мираж» получился более чем наполовину дороже исходного варианта. Это привело к уменьшению заказа с 80 до 56 самолетов.
Испытания первого «Миража» для Швейцарии начались в 1962 г. Машина получила обозначение «Мираж» IIICS и представляла собой обычный IIIC № 96, оснащенный системой TARAN 18. Самолет нес опознавательные знаки ВВС Швейцарии и регистрационный номер J-2201. Испытательные пуски ракет «Фолкон» прошли во Франции и в США на полигоне «Уайт Сендс».
Первые 34 машины, построенные на заводе FFA, поступили на вооружение 16-й и 17-й эскадрилей ВВС Швейцарии в Пайерне. Перевооружение закончилось в марте 1968 г.
Кроме истребителей, швейцарские ВВС получили 18 самолетов-разведчиков «Мираж» IIIRS. Как и в предыдущем случае, первый самолет был французского производства «Мираж» IIIR, а остальные построила фирма FFA. ВВС Швейцарии также получили 4 спарки: две «Мираж» IIIBS и две «Мираж» IIIDS.
В 1985 г. 30 самолетов «Мираж» IIIS прошли капитальный ремонт и модернизацию по программе ISMA (Improved Swiss Mirage Aircraft). На них установили переднее горизонтальное оперение, по типу израильских «Кфиров»„которое улучшило взлетно-посадочные характеристики и маневренность. Модернизировали оборудование, в частности, в хвостовой части закрепили американские кассеты с ИК-ловушками AN/ALE-40. Обновленным самолетам присвоили обозначение «Мираж» IIIS С.70. В 1999 г. «Миражи» IIIS сняли с вооружения и заменили на многоцелевые истребители F/A- 18 Hornet. «Спарки» и разведчики эксплуатировались в Швейцарии до 2003 г.
Двухместный учебно-боевой вариант «Мираж» IIIВ разрабатывался параллельно с перехватчиком. Вторую кабину для летчика-инструктора разместили в отсеке для радиооборудования, а для улучшения обзора с места инструктора пол его кабины подняли на 0,2 м. Радиолокатор с самолета пришлось снять и все радиооборудование переставить в носовой отсек. Чтобы не «дырявить» гермокабину и не увеличивать вес лишними герморазъемами, всю необходимую электропроводку заключили в два кабель-канала и пустили по бокам фюзеляжа снизу. В сравнение с одноместным истребителем длина фюзеляжа спарки увеличилась на 0,6 м. Вместо прицела CSF-95 на «спарку» поставили упрощенный CSF-295.
Первый образец «Миража» IIIB-01 поднял в воздух Рене Биганд (Rene Bigand) 20 октября 1959 г. 12 февраля машина впервые взлетела с двумя летчиками Жераром Мюсели (Gerard Muselli) и Марселем Тиксадо (Marcel Tixador).
Серийный самолет взлетел 19 июля 1962 г. Всего было построено 77 «Миражей» III В в различных модификациях.
Первые пять машин «Мираж» IIIB-1 предназначались для проведения различных исследований в Центре летных испытаний Бретиньи-сюр-Орж. Следующие 28 единиц «Миража» IIIB поступили в боевые эскадрильи ВВС Франции, по 2–3 самолета в каждую.
Один «Мираж» IIIB (борт 225) был модифицирован в летающую лабораторию для исследований по программе сверхзвукового лайнера Concord. В кабине установили рулевые колонки от «Конкорда» и специальные загрузочные механизмы, чтобы создать летчикам иллюзию управления большим самолетом. В таком виде машина использовалась для приобретения гражданскими летчиками-испытателями навыков полета на сверхзвуковых самолетах. Затем его под обозначением «Мираж» IIIB-SV (SV — сокращение от Stabilite Variable — переменная устойчивость) использовали для летных испытаний систем автоматического управления истребителей Mirage 2000 и Rafale.