В ходе испытаний передняя входная дверь по левому борту была доработана – на ней снаружи установили гидроцилиндр для открывания в случае аварийного покидания самолета. То же самое позже сделали на некоторых других экземплярах Як-42, проходивших испытания.
Согласно отчету, на испытаниях была получена истинная крейсерская скорость 775 км/ч на высоте 8090 м. Была достигнута высота 8750 м. Контрольные полеты на дальность выполнялись по маршруту Москва (Шереметьево)-Симферополь (высота полета 8400 м) и Симферополь- Москва (высота полета 7800 м). Взлетно- посадочные характеристики самолета, определенные на бетонированной ВПП и приведенные к стандартным условиям и штилю, были такими: длина разбега при взлетной массе 42000 кг – 496 м, при взлетной массе 43600 кг – 540 м. Длина пробега при посадочной массе 36000 кг – 552 м. С учетом полученных результатов летных испытаний расчетная дальность полета самолета с полной коммерческой нагрузкой 8500 кг (100 пассажиров + 1000 кг багажа) составляла 925 км, а с максимальным запасом топлива при коммерческой нагрузке 2480 кг – 2300 км.
Был сделан вывод, что Як-42 по технико-экономической эффективности превосходит Ил-18 и Ту-134, эксплуатированные на ближних магистральных линиях. В Заключении по итогам заводских испытаний указано, что первый опытный Як-42М «может быть предъявлен на совместные Государственные испытания после устранения замечаний по перечню Л/г 7". Однако эту машину на Госиспытания так и не передали. Согласно другим материалам ОКБ, недобор скорости оказался большим, чем указано выше, и было решено дождаться постройки второго опытного экземпляра со стреловидным крылом.
По инициативе Яковлева, ссылавшегося на «крайне ограниченные производственные мощности ОКБ", в постройке последующих опытных экземпляров Як-42 активно задействовали серийные заводы. Еще 6 февраля 1974 г. было принято решение о подготовке серийного производства нового лайнера на авиазаводе в Смоленске (СмАЗ). В конце 1974 г. чертежи Як-42 начали поступать на это предприятие. Яковлев своим приказом командировал в Смоленск группу специалистов ОКБ. Ответственным представителем Генерального конструктора на авиазаводе стал О.А. Члиянц.
Испытания Як-42 еще не завершились, когда 6 апреля 1976 г. был издан приказ № 140 МАП об организации серийного производства лайнера сразу на двух авиазаводах: Смоленском и Саратовском (САЗ). При этом СмАЗ определялся головным по производству Як-42. На Саратовском авиазаводе в то время сворачивалось производство Як-40 и мощности высвобождались. Чтобы ускорить там выпуск самолетов, Смоленский завод стал поставлять ему крылья и делал это в дальнейшем на протяжении всего периода серийного производства Як-42.
Первые машины, выпущенные этими двумя заводами, были по существу опытными. Главный конструктор ОКБ А.Г. Рахимбаев позже писал: «Опытные самолеты для испытаний были получены от двух заводов, что позволило одновременно проводить различные виды испытаний: по оценке летных характеристик, замеру прочностных параметров, отработке пилотажно-навигационного оборудования, по выполнению программ оценки систем при имитации отказов».
Второй опытный Як-42 (борт СССР- 1975, в документах – Як-42-02 или просто 42-02, в публикациях встречается обозначение Як-42-75) был построен совместно двумя заводами. Фюзеляж с хвостовым оперением сделали на ММЗ «Скорость». Стреловидное крыло изготовили на СмАЗ, и 25 октября 1975 г. отправили в Москву, где состыковали с фюзеляжем. Потом самолет расстыковали, перевезли в ЛИИ, где вновь собрали.
Первый полет борта СССР-1975 состоялся 26 декабря 1975 г. Кроме крыла со стреловидностью 25° по линии четвертей хорд, он отличался от СССР-1974 также количеством окон (19 вместо 17), расположением аварийных выходов и салоном на 120 кресел. Заводские испытания этого самолета закончились в июне 1976 г., а 29 июня он был передан на Государственные совместные испытания.
Третьим опытным экземпляром Як-42 стал борт СССР-1976 (сер. № 01-001), который в документах проходит как Як-42-03, или просто 42-03. Это был первый Як-42, полностью построенный на СмАЗ. Внешне он был практически идентичен экземпляру СССР-1975. Его первый полет состоялся 27 октября 1976 г., а 25 ноября он перелетел в Москву для продолжения испытаний. В апреле 1977 г. этот самолет выполнил первый дальний перелет по маршруту Москва-Свердловск-Москва. Затем состоялся испытательный рейс из Москвы в Ленинград и обратно, в котором проверялось навигационное оборудование. В мае 1977 г. начались Госиспытания.