Во время «Битвы за Гамбург» очень эффективными оказались меры по «ослеплению» немецких РЛС, как наземного, так и воздушного базирования, что практически парализовало ПВО города. Для постановки помех использовалось «Окно», а для наведения на цель - радары H2S. На Гамбург было совершено четыре основных рейда, английские бомбардировщики выполнили 3095 боевых вылетов и сбросили около 9000 тонн бомб - в городе погибло свыше 50000 человек, была разрушена половина зданий и почти миллион жителей остался без крова. Англичане потеряли 87 самолетов, что составило 2,8% от числа участвующих самолетов, что было значительно ниже 6% потерь Бомбардировочного Командования во время предыдущих налетов на этот город.
«Окно» представляло собой алюминиевую фольгу, склеенную с черной бумажной подложкой, и нарезанную на полосы длиной 30 см и шириной 1,5 см. Блестящая сторона была покрыта ламповой сажей, чтобы облака фольги не сверкали в свете прожекторов, но продолжали отражать радиоволны. Первоначально фольга выбрасывалась через все подходящие отверстия в борту самолета, но за неделю «Ланкастеры» оснастили коробами в носовой части, снизу по правому борту, из которых «Окно» высыпалось по команде инженера или бомбардира.
В конце 1943 года Бомбардировочное Командование занималось глубокими рейдами на территорию противника, основная нагрузка в которых легла на «Ланкастеры» - считалось, что это единственный бомбардировщик способный нанести удары по целям при приемлемом уровне собственных потерь. Принятое ранее военными решение об оснащении английских бомбардировщиков пулеметами калибра 7,69-мм, ставило теперь «Ланкастеры» в невыгодное положение при встречах с вооруженными пушками ночными истребителями. Английское командование не знало, что немцы разработали аппаратуру способную наводить истребители по сигналам «Моники» и H2S. Кроме того, на немецкие самолеты стали устанавливать Schrage Music - стреляющие вверх пушки. Использование противником этих новинок привело к резкому росту потерь «Ланкастеров» в течение зимы и весны 1944 года, апофеозом стало 30 марта, когда при налете на Нюрнберг было сбито 96 из 795 участвовавших в нем самолетов. Когда Бомбардировочное Командование узнало о новых системах наведения истребителей Люфтваффе, «Монику» с самолетов демонтировали, а экипажи получили приказ включать аппаратуру H2S только по необходимости и на короткое время. К сожалению, тогда не удалось найти эффективных мер противодействия Schrage Music - нижние турели были сняты с большинства «Ланкастеров», начиная с LM522 это стало обычной практикой. Вместо нижней турели устанавливался обтекатель H2S. Тем не менее, была проведена модернизация существующих турелей и разработаны новые модели. На некоторых самолетах хвостовые турели FN20 получили аппаратуру автоматического наведения A.G.L.T. (automatic gun-laying), впервые опробованную в конце 1944 года 49-й эскадрильей. Несмотря на положительные результаты, в связи с трудностями военного времени, A.G.L.T. установили лишь на машинах нескольких подразделений - 101-й, 460-й и 630-й эскадрилий. На турелях с A.G.L.T. были установлены 7,69-мм пулеметы, а модернизированные турели FN82 несли пару 12,7-мм пулеметов. Турели Роуз-Райе, также вооруженные парой 12,7-мм пулеметов, были более просторными и, в отличие от FN20, позволяли стрелку держать свой парашют при себе, что значительно облегчало ему жизнь при вынужденном покидании машины. Носовые и верхние турели «Ланкастеров» не претерпели никаких изменений вплоть до окончания войны.
Высадка сил Союзников в оккупированной Западной Европе несколько изменила задачи Бомбардировочного Командования -вместо ночных налетов на Германию его самолетам пришлось наносить удары по немецким войскам во Франции при свете дня. По несколько «Ланкастеров» из каждой эскадрильи 5-й группы получили цветные обозначения на килях - они стали самолетами-лидерами для своих подразделений. Аналогичным образом поступили и в 61-й группе, но там все лидеровщики были сосредоточены в 460-й эскадрилье.