Преосвященный Кирилл начал со всей серьезностью входить в курс текущих дел. Одной из задач Духовной Миссии была помощь русским паломникам-поклонникам на Святой Земле. Владыка начинает знакомиться с бытом русских. Перед его взором открывается все то бедственное положение, в котором пребывают русские христиане. Это – полная беззащитность перед местными хозяевами. Но и удивительное мужество, смирение, безропотность, готовость терпеть любые невзгоды, лишь бы прикоснуться к святыням Палестины. В этом весь русский челсвек. Владыку Кирилла не на шутку возмутило такое положение вещей. Он принимается исправлять его и добивается многого.
В 1856-ом году создается русское Общество Пароходства и Торговли. Руководство Общества находится в столице Империи – Санкт-Петербурге. А главная портовая база – в Одессе. Учредителями Общества стали – флигель-адъютант, капитан 1-го ранга, А. М. Аракс и волжский пароходовладелец – Н.Н. Новосельский. Задача новосозданного Общества сводилась к тому,чтобы наладить свободное сообщение Российской Империи с Палестиной и способствовать паломническому движению к святым местам.
Одновременно с учреждением Общества Пароходства, в Иерусалиме открывается русское Консульство. В то же время в Петербурге создается "Палестинский Комитет". Его возглавляет родной брат Императора Александра Второго – Великий Князь Константин Николаевич. Этой организации поручено заниматься русскими вопросами в Палестине.
Русский консул становится представителем Общества Пароходства и Торговли. Общество начинает денежный сбор на построение в Иерусалиме богоугодных заведений. При этом отстраняется от участия в этом благом деле Духовная Миссия. Кроме того, в Петербург из Иерусалима потекли клеветнические доносы на Епископа Кирилла и его сотрудников. Дьявольская расчетливость, хитрость и коварство двигало бестрепетной рукой доносителей. Они хотели замарать грязью клеветы Преосвященного Кирилла, чтобы устранить, как виделось им, конкурента в коммерческих делах.
Что ж, метод не нов, но до ныне действенен. Клевещите, клевещите, что-нибудь да останется. Господь говорит в Нагорной проповеди: "Блаженны вы, когда будут поносить вас и гнать и всячески неправедно злословить за Меня. Радуйтесь и веселитесь, ибо велика ваша награда на небесах"… Преосвященный Кирилл не хотел бороться против представителей светской власти. Он мужественно терпел, молился, возложив свою печаль на Господа, продолжал совершать свое благое дело, столь ненавистное для сатаны и его слуг.
Владыка Кирилл продолжал укреплять дружеские отношения с Иерусалимской Патриархией, греческой иерархией. Преосвященный активно ведет миссионерскую работу в Сирии и Палестине среди арабов-униатов. Он проповедует о спасительной силе Православной Веры, ведущей в Царство Небесное. Проповедь Владыки приносит ощутимые плоды.
26-го ноября 1860 года, в Константинополе, в присутствии 4 Патриархов, совершен чин присоединения к Православию большого количества сирийцев, бывших в унии с католическим Римом. Было торжество на земле. Была радость на Небесах.
Прослышав о благих делах русской Духовной Миссии, к Епископу Кириллу обратилось несколько человек из племени айсоров. Это потомки сиро-халдейского народа. Предки айсоров исповедовали еретическое учение Патриарха Нестория. Несторий богохульно утверждал, что Пресвятая Дева родила не Богочеловека Иисуса Христа, а просто человека. И называть надобно Деву Марию не Богородицей, а Христородицей. Святые отцы осудили ересь Нестория на Третьем Вселенском соборе. Но остались последователи этой ереси. Среди них и айсоры. Вот они и обратились за помощью к Епископу Кириллу.
Владыка доброжелательно принял представителей айсоров. Беседовал с ними. Обещал помощь. И слово сдержал. Он заинтересовал Русскую Православную Церковь делом спасения айсоров, пребывавших в лапах лукавого. Разве сатана мог оставить такое без последствий? Конечно же, нет… Но, благодаря помощи Епископа Кирилла, почти через тридцать пять лет, в 1898-ом году, в Петербурге айсоров присоединили к Православной Церкви…
Владыка Кирилл, исполняя поручение супруги Царя Александра Второго Императрицы Марии Александровны, на ее средства, начал в Иерусалиме построение госпиталя для русских паломников.
В мае 1859 года в Иерусалим приезжает глава Палестинского Комитета Великий Князь Константин Николаевич вместе со своей супругой Великой Княгиней Марией Иосифовной. Он встречается с Владыкой Кириллом, с другими официальными лицами. Константин Николаевич видит, что Преосвященный пользуется авторитетом у греческой иерархии, европейских консулов, турецкой администрации, местного населения. Он внешне доволен. Куплен большой участок земли вне стен Иерусалима – на Мейдамской площади. Планируется начало построек – храм в честь Пресвятой Троицы, здание Миссии, приют для паломников.