И все-таки, Владыка Кирилл – глава Русской Духовной Миссии, мешал сановникам, облеченным государственной властью. От него требовалось подчинение, а не самостоятельность. Опять же – коммерческий интерес… И хотя, по возвращении в Петербург, Великий Князь представил Епископа Кирилла к награждению драгоценной панагией и орденом Анны Первой степени, но Владыка чувствует, что он неугоден, что тучи собираются у него над головой, дьявол строит козни, возбуждает против него бездуховных людей и от всего этого болело сердце у него.
Новый консул пишет в Петербург донос, клевещет на Владыку Кирилла, сообщая о его аморальном образе жизни, и просит, чтобы вместо Епископа прислали в Иерусалим простого архимандрита, известного своей добродетельной жизнью.
Донос уходит в Петербург. Ему верят. Император Александр огорчен. Синод решает перевести Епископа Кирилла в монастырь Казанской Епархии. Государь утверждает решение Синода. И Владыка, растерянный, оскорбленный, потрясенный до глубины души, с горечью в душе прощается с Иерусалимом, возвращается в Россию и поселяется в Казанском Спасском монастыре. Клеветники и дьявол торжествовали… Владыка Кирилл, испытав страшные удары, не смог перенести клеветы, своего изгнания из Иерусалима. Он заболел и 10-го феврале 1866 года умер… Упокой, Господи, Епископа Мелитопольского Кирилла (Наумова) в селениях праведных, прости ему все согрешения, вольные или невольные и даруй Владыке Царство Небесное. Сказано Господом в Нагорной проповеди: "Блаженны изгнанные за правду, ибо их есть Царство Небесное".
Русскую Духовную Миссию возглавил архимандрит Леонид (Кавелин), в прошлом гвардейский офицер, монах, воспитанник Оптиной пустыни. Он пробыл на своем посту около года. С отцом Леонидом повторилась та же печальная история, что и с Владыкой Кириллом. Клевета, доносы, восстание братии против своего начальника. И вот, отец Леонид уезжает в Константинополь – настоятелем посольской церкви. А на его место приезжает архимандрит Антонин, чтобы разобраться в случившихся нестроениях.
Середина сентября. Одно из лучших времен года в Иерусалиме. Жара спадает. Начинают созревать фрукты. По ночам в черно-угoльном небе горят, переливаются россыпи лучистых звезд. И невольно на ум приходит мысль, что такое же небо, такие же звезды светились над Иерусалимом, когда где-нибудь на Елеоне, присев на траву или на камень, подняв голову к небосводу, молился Богу Отцу Господь Иисус Христос. Почти две тысячи лет минуло с той поры, а чувствуется здесь, на Святой Земле, что это было как будто бы вчера…
Поселившись в Святом Граде, отец Антонин, любознательный и опытный путешественник-исследователь, крупный ученый, добросердечный и контактный человек, начинает знакомиться с новым миром, наполненным различными верованиями, с разнообразным бытом местных жителей. Перед ним лежал древний город, камни которого дышат историей, могут рассказать о многом тому, кто захочет прикоснуться к ним, чтобы смахнуть пыль забвения и узнать и услышать сказания прошедших веков.
Но пока, отложив на потом исследовательскую работу, отец Антонин по необходимости начинает заниматься рутинной работой, выяснять обстоятельства, по которым отец Леонид не нашел взаимопонимания ни с русскими, ни с греками.
Дни потянулись за днями. Отец Антонин, мудрый, тактичный, благовоспитанный человек, осторожно, стараясь не досадить никому, распутывал клубок противоречий, хитросплетений, личных амбиций, накрученный, наверченный людьми, научаемыми нечистой, дьявольской силой.
Прошло два месяца с начала расследования, начатого отцом Антонином. Он понял, конечно же ничуть не осуждая, что бывший начальник Миссии допустил несколько ошибок в отношениях с подчиненными, а также с Иерусалимским Патриархом Кириллом Вторым и греческим духовенством. Уяснив для себя суть конфликта, отец Антонин 18-го декабря 1865 года пишет и отправляет в Синод свое послание о неустройствах в Духовной Миссии.
Отправив свою депешу в Петербург, отец Антонин успокаивается. Следствие закончено. Он никого не осудил. Он – временно исполняющий обязанности начальника Духовной Миссии. Сколько времени продлится его назначение – неизвестно. Поэтому нужно пользоваться тем, что Господь привел тебя в Святой Град и поселил здесь на жительство.
Отец Антонин понимал, что пребывать во вражде с людьми, живущими в Иерусалиме, Патриархом Кириллом, с греческим священством – немыслимо. Ибо – даже худой мир лучше доброй ссоры. Он, обладая миролюбивым серлцем, начал выстраивать добрососедские отношения со Святейшим Патриархом, со Святогробским братством. Владение в совершенстве греческим языком, высокая культурность, знание множества исторических, археологических, актов текущей жизни, неподкупная честность, сильно помогали отцу Антонину в его трудах, покоряя души человеческие.