В конце декабря 1941 г. Сталин вызвал к себе Пономаренко. Состоялась двухчасовая беседа по вопросам развития и руководства партизанским движением. Верховного Главнокомандующего заинтересовали предложения, высказанные в составленной Пономаренко записке «К вопросу о постановке диверсионной работы». В ней на основе уже полученного опыта партизанской борьбы доказывалась необходимость организации массовых и широких диверсий на коммуникациях противника. Более того, в записке первого секретаря ЦК КП(б)Б предлагалось перейти от использования одиночек или небольших групп «диверсантов-классиков» к планомерной массовой диверсионной работе, решительно искоренить кустарщину и разобщенность, наблюдаемую в организации этого дела, широкомасштабно использовать охотно оказываемую партизанам помощь населения [11, с. 72].
Вопрос о создании централизованного руководства партизанским движением, который ставился всеми центральными комитетами и обкомами партии оккупированных областей и республик, а также некоторыми военными советами фронтов, Сталин считал правильным и своевременным. ЦК ВКП(б) пришел к определенным выводам. Пономаренко было предложено ознакомиться с материалами Главного управления формирований НКО (Главупроформ), которое по поручению ЦК партии разрабатывало вопросы партизанского движения, и высказать по ним свое мнение.
Материалы Е. А. Щаденко состояли из проекта приказа наркома обороны СССР, постановления ГКО «О создании партизанских армий» и сопроводительной записки, которые были направлены в Политбюро ЦК ВКП(б) 7 декабря 1941 г.
Предложения Главупроформа были нереалистичными и противоречили обстановке, задачам развития народного партизанского движения в тылу врага и тактике борьбы партизан. С такой оценкой Пономаренко возвратился в кабинет Сталина. Он сказал председателю ГКО и Верховному Главнокомандующему, что в предложениях Щаденко речь идет не об организации народного партизанского движения, а о формированиях армий, которые следует ввести на оккупированные территории для партизанских действий.
Сталин заметил, что ЦК ВКП(б) отклонил эти предложения, как нереальные, не соответствующие обстановке и задачам организации народной борьбы в тылу врага, и управление при Главном управлении формирований НКО на этом закончило свою деятельность. После этого Сталин предложил Пономаренко немедленно приступить к организации Центрального штаба партизанского движения при Ставке Верховного Главнокомандующего и возглавить его.
В декабре 1941 г. и в начале января 1942 г. работа по созданию Центрального и республиканских штабов партизанского движения развернулась полным ходом. Но вдруг 26 января 1942 г. по решению ГКО эта работа была приостановлена. Как выяснилось впоследствии, руководство НКВД СССР, оказавшее сопротивление созданию штабов партизанского движения и имевшее влияние на некоторых членов ГКО, подало Сталину записку, в которой доказывало нецелесообразность создания ЦШПД. Это мотивировалось тем, что якобы стихийные, разрозненные партизанские выступления населения не могут быть охвачены руководством, да и вряд ли в нем нуждаются. Высказывалось сомнение, что партизанские диверсии могут дать оперативный эффект. Подчеркивалось, что подобные операции под силу только квалифицированным диверсантам, для подготовки и руководства которыми специальный штаб не нужен. Одновременно обострились отношения П. К. Пономаренко с наркомом НКВД СССР, членом Государственного комитета обороны Л. П. Берия, который критиковал его деятельность по созданию Центрального штаба партизанского движения.
В организации вооруженной борьбы и взаимодействия партизанских отрядов с соединениями и частями Красной Армии большая заслуга принадлежала оперативным группам армий и ЦК КП(б)Б. Например, оперативная группа 4-й ударной армии под командованием батальонного комиссара С. Г. Соколова распространяла свое организаторское и политическое влияние до Освейских лесов, Лепеля и Богушевска.
В условиях отсутствия Центрального штаба партизанского движения и Белорусского штаба партизанского движения для руководства партизанским движением и антифашистским партийным подпольем решением ЦК КП(б)Б от 20 марта 1942 г. были созданы Северо-Западная оперативная группа ЦК Компартии Беларуси во главе с секретарем ЦК КП(б)Б Г. Б. Эйдиновым и Западная оперативная группа ЦК КП(б)Б во главе с секретарем ЦК Компартии Беларуси И. И. Рыжиковым.
Особо значительную роль в руководстве партийным подпольем, партизанскими отрядами и бригадами на большей части восточной Беларуси сыграла Северо-Западная оперативная группа, которая в некотором роде выполняла функции Белорусского штаба партизанского движения, созданного позже на базе именно этой группы.
Основными задачами группы были налаживание связей с подпольем и партизанскими формированиями, которые действовали в Витебской и северных районах Минской и Могилевской областей, оказание им помощи, сбор и обработка разведывательной информации о вражеском тыле.