Но несмотря на столь определенные заявления, правовая основа «атаманства» Семенова долго не получала завершенного оформления и, в силу постоянно менявшихся военно-политических условий, отличалась дробностью и противоречивостью. А это способствовало правонарушениям. Несмотря на наличие при штабе ОМО юридического, судебно-административного инспекторского, финансового, политического отделов, ввиду недостатка профессиональных кадров и явного преобладания «военного диктата», практически отсутствовало соблюдение чинами отряда элементарных правовых норм не только во внутренней дисциплине, но и в служебной субординации[939]
.Этим отчасти объясняется натянутость в отношениях между Семеновым и начальником штаба Российских войск в полосе отчуждения КВЖД вице-адмиралом Колчаком при вполне законных требованиях последнего добиться полного подчинения ОМО указаниям единого командования. Именно эти разногласия были отражены впоследствии атаманом в его «протесте» против прихода к власти Верховного Правителя (телеграмма от 23 ноября 1918 г.), несмотря на то, что 19 ноября находившийся в Омске представитель войска полковник Лапшаков подписал вместе с остальными делегатами казачьих войск Востока России заявление о поддержке Колчака. Но Семенов был иного мнения: «Адмирал Колчак… всячески старался противодействовать успеху моего отряда, и благодаря ему отряд остался без обмундирования и припасов». Помимо заявлений в защиту сибирских казачьих офицеров, арестовавших членов Уфимской Директории, настойчивого указания на необходимость выбора на пост Правителя кого-либо из «Деникина, Хорвата или Дутова», Семенов заявлял и о готовности ввести особый территориальный статус контролируемого им района: «Если в течение 24 часов… я не получу ответа…, я временно, впредь до создания на Западе для всех приемлемой власти, объявляю автономию Восточной Сибири… Никаких личных целей в этом случае я не преследую, и как только будет передана власть одному из указанных кандидатов (но не Колчаку
Подобные заявления из Читы, явно «сепаратистского характера», не могли, конечно, остаться без внимания со стороны Российского правительства, всячески стремившегося к утверждению своего общегосударственного суверенитета. В Читу из Омска был командирован генерал-майор В. И. Волков с полномочиями генерал-губернатора Забайкальской и Амурской областей, с непосредственным подчинением Верховному Правителю. Следовало «привести в повиновение всех неповинующихся Верховной власти, действуя по законам военного времени». В Омске оказалось также немало материалов, отражавших весьма сложную ситуацию в «соблюдении законности и правопорядка» в Забайкалье и указывавших на систематическое «самоуправство» как самого атамана, так и особенно его подчиненных.
В итоге, 6 февраля 1919 г. циркулярным распоряжением по Министерству юстиции (№ 9) была сформирована «Чрезвычайная следственная комиссия для расследования сообщений, донесений и жалоб на противозаконные и неправильные по службе действия бывшего командира 5-го Приамурского корпуса полковника Семенова и подчиненных ему военных и гражданских чинов», возглавляемая известным сибирским ученым и общественным деятелем генерал-лейтенантом Г. Е. Катанаевым, в составе генерал-лейтенанта В.В. фон Нотбека, товарища прокурора Иркутской судебной палаты С. И. Киселева и члена палаты Д. И. Миляшкевича (заменен А. А. Балуевым), и. о. военного судьи Иркутского военно-окружного суда полковника Н. И. Рудькова. В работе Комиссии должны были принять участие представители британской и французской военных миссий[941]
. Встретившись с Катанаевым, Семенов потребовал «своей реабилитации», однако глава Комиссии указал на необходимость подчинения Колчаку и содействия расследованию. Этой же точки зрения («примирение двух патриотов» – Колчака и Семенова – ради столь важного в начале 1919 г. «признания адмирала «в ближайшем будущем Всероссийским законным Правителем») придерживались и представители японского командования в крае.