Дальнейшие события в Москве происходили уже без участия Бориса Морозова; его прямое влияние на дела завершилось, и речь шла только о спасении жизни царского придворного. Помогли царю справиться с бунтом другие бояре — Никита Иванович Романов и князь Яков Куденетович Черкасский — наследник богатства и власти князя Ивана Борисовича Черкасского. Оба они были отодвинуты в тень Морозовым, но сохранили свое влияние и пользовались поддержкой «мира», видевшего в них гарантов другого, более справедливого образа власти, чем это получилось у морозовских ставленников. В два-три года те разорили страну, и их действия привели к открытому выступлению в Москве и других городах. Был принят путь «совета» с представителями «Земли», потребовавшими исправления дел в царстве. И хотя сразу попытались забыть, что знаменитое Соборное уложение 1649 года было принято по требованию «мира», в преамбуле первого полного кодекса законов осталось главное требование: «чтобы Московского государьства всяких чинов людем от большаго и до меньшаго чину суд и росправа была во всяких делех всем ровна». Такая норма была прямо противоположна порядку диктата «сильных людей», который стремился установить боярин Борис Иванович Морозов и которому воспротивились восставшие в Москве в 1648 году.
Морозову пришлось уехать из Москвы. В августе 1648 года царь Алексей Михайлович обращался с просьбой беречь своего воспитателя к властям Кирилло-Белозерского монастыря, традиционного места ссылки и пострига знати в Русском государстве. Но те, кто думал, что с влиянием Морозова на дела навсегда покончено, ошибались. В собственноручном (!) письме царя Алексея Михайловича монастырским властям видна необычайная забота об охране жизни «ближнего человека». Всё это говорит о том, что царь Алексей Михайлович постепенно приходил в себя и снова действовал как самодержец, которому все должны повиноваться.
Положение человека, удаленного из столицы по вынужденному царскому распоряжению, не устраивало бывшего главу правительства. Морозов стремился скорее вернуться ко двору. Поводом стало радостное событие — рождение в семье царя Алексея Михайловича и царицы Марии Ильиничны наследника царевича Дмитрия в октябре 1648 года. Между прочим, племянника самого боярина Бориса Ивановича Морозова.
Такое скорое возвращение Морозова в еще не успокоившуюся Москву перессорило между собой боярское окружение царя. Никто еще не забыл о недавних обещаниях царя Алексея Михайловича. Бояре Романов и князь Черкасский, успокоившие возмущение восставших в Москве людей, не соглашались снова быть в фактическом подчинении у Морозова. Поэтому боярину Морозову снова указали его «место», когда он попытался опять появиться рядом с царем во время любимого им Крещенского крестного хода 6 января 1649 года. Для Морозова этот день был памятен еще и тем, что ровно за пятнадцать лет до этого он был пожалован чином боярина. Толпа снова пришла в движение, и боярина Морозова опять пришлось спасать. Он остался в Москве, но стало очевидно, что любое публичное его появление рядом с царем станет поводом для ссор и волнений.
И всё же боярину Морозову удалось вернуть прежнее влияние на дела, хотя и путем определенных уступок «общественному мнению» (при всей условности этого термина применительно к событиям середины XVII века в России). Борис Иванович остался рядом с царем, но снова ушел в тень. Номинально управление главными приказами было передано царскому тестю (и тестю самого боярина Морозова) боярину Илье Даниловичу Милославскому. Фактически отношения царя с «ближним» боярином Борисом Ивановичем Морозовым только укрепились. Но советы Морозова оставались тайными для большинства, и, вероятно, необычное положение царского советника повлияло на создание несуществовавшей раньше системы правления.
«Тайный советник»
Избавиться от Морозова не удалось. Осталась «морозовщина» — насаждавшийся первым боярином режим власти, направленной на извлечение прибыли. Люди боярина Бориса Ивановича Морозова могли смениться в приказах, но перемены затронули лишь самых одиозных судей и дьяков, пострадавших от погромов толпы летом 1648 года. Уже год спустя осужденные царем Алексеем Михайловичем на казнь, а по сути на расправу толпе, думные люди были «реабилитированы». Посмертно им были возвращены чины, а на помин души отосланы большие вклады. Что же говорить о тех, кто пережил «гиль» и «мятеж» в Москве, но остался на своих местах в приказах, куда эти люди попадали чаще всего с ведома боярина Морозова! К народному «мнению» боярин Борис Иванович, скорее всего, был равнодушен и не считал его сколько-нибудь серьезной преградой главному — влиянию на царя, которое он полностью сохранил. Если не укрепил после общих пережитых волнений.