Тем временем изгнанная с украинской земли шляхта со всех сторон потянулась в свои имения. Нередко отдельные шляхтичи объединялись в вооруженные отряды и силой занимали поместья. Более богатые шляхтичи прибывали во главе крупных отрядов, нанятых в Польше и за границей. Однако украинское крестьянство, поголовно объявившее себя казаками, и слышать не хотело о восстановлении крепостнических порядков. Охваченная чувством мести к участникам восстания и стремясь силой вернуть старые порядки, шляхта вступила на путь зверской расправы с украинским населением. Так, например, магнат Корецкий, вернувшись в «свои маетности» с сильным отрядом собственного войска, дикими казнями стал вымещать свою злобу на крестьянах. Естественным ответом на возвращение шляхты был бурный протест крестьянства. В имениях Корецкого началось восстание, результатом которого было изгнание магната с его отрядом наемных карателей. Крестьянские восстания начались и в других частях Украины. На Брацлавщине во главе восставших стал полковник казацкого войска Данила Нечай.
Готовясь к новым битвам с панской Польшей, Богдан Хмельницкий провел ряд важных организационных мероприятий военного, административного и финансового характера. Он разделил казацкую территорию на 16 полков, каждый из которых представлял собой военную и в то же время административно-территориальную единицу. Центром полка являлся обычно город или местечко. Во главе полка стоял полковник с подчиненной ему полковой старшиной (судья, обозный, писарь и пр.). Полк делился на несколько сотен, во главе которых стояли сотники с соответствующей сотенной старшиной. В сотню входили казацкие «громады» — общины со своими атаманами. Во главе этой военно-административной организации стояли генеральная старшина и гетман. Хотя в городах продолжали действовать органы старой администрации — ратуши и т. д., они фактически были подчинены вновь созданной военной администрации.
Все это время Богдан Хмельницкий не прекращал связи с Москвой. В ноябре 1649 года, принимая в Чигирине русских послов Неронова и Богданова, Хмельницкий заявил, что независимо от того, победят ли казаки Польшу или потерпят поражение, они будут просить царя о принятии Украины под власть России.
Мечтая о восстановлении своего господства на украинских землях, польские правящие круги не теряли надежды втянуть Богдана Хмельницкого в войну с Турцией и Крымским ханством. Весной 1650 года в Чигирин прибыл католический священник Альберто Вимина. Вимина, который действовал от имени Венеции, должен был осуществить коварный план, разработанный Ватиканом и польским правительством. Однако попытка Вимины склонить Хмельницкого к выступлению против Турции кончилась полным провалом. Гетман дал понять, что действительные планы врагов украинского народа для него ясны.
Но если панская Польша толкала Богдана Хмельницкого на войну против Турции и крымского хана, то последний настаивал на совместном походе против России. Зная о стремлении украинского народа воссоединить Украину с Россией, Ислам-Гирей пытался любой ценой помещать этому.
К середине 1650 года, после смерти канцлера Оссолинского, возглавлявшего королевскую группировку, в Польше взяла верх группировка магнатов. Магнаты Восточной Украины в лице И. Вишневецкого и вернувшегося из татарского плена Н. Потоцкого, стремясь вернуть потерянные на Украине владения, требовали немедленной и решительной расправы с восставшим украинским народом. Потоцкий, например, заявил, что с казаками нужно воевать до тех пор, пока земля не покраснеет от их крови. По требованию магнатов сейм дал согласие на набор 54-тысячного войска, а также на созыв посполитого рушенья. В Польше началась лихорадочная военная подготовка. Активизировала свою деятельность и польская дипломатия.
В таких сложных условиях Русское государство оказало новую серьезную помощь украинскому народу. Прибывшее в Варшаву русское посольство во главе с Пушкиным предъявило в июне 1650 года польско-шляхетскому правительству ультиматум. За преднамеренное искажение польскими властями царского титула и за оскорбления по адресу царя в польской печати Пушкин потребовал возвращения Смоленска и других городов, захваченных Польшей в начале XVII века, а также выплаты 500 тысяч червонных злотых. В случае отказа Польши от выполнения этих ультимативных требований русское правительство угрожало Польше войной. Было совершенно ясно, что нормальные политические отношения с Польшей в Москве связывают с борьбой украинского народа за свое освобождение. Такой шаг, предпринятый русским правительством, был воспринят украинским народом с большим удовлетворением, ибо угроза со стороны Русского государства, как и раньше, заставляла Польшу держать наготове значительные военные силы, которые могли быть брошены против Украины.