Здоровье Полины было источником большого недоумения для ее друзей и родственников. Когда бы какое-либо событие ни потребовало административных усилий с ее стороны, она принималась говорить тихим голосом и болезненно улыбаться, как подлинный инвалид, и оставалась в стороне, пока все не решалось само собой. Будучи всегда самой любимой из сестер, она проявляла минимум ревности, и даже женщины отдавали ей должное за привлекательность и терпеливый характер. Тот образ жизни, который вела Полина, мог бы погубить ее, если бы ее здоровье было таким слабым, как она пыталась представить. Однажды Полина и Каролина участвовали в специальном представлении, в котором им отводились ведущие роли в музыкальной комедии: Каролине — несговорчивой любовницы, а Полине — крестьянской невесты. Этот спектакль, который повторялся на протяжении нескольких недель, вызвал в Париже сенсацию. Но в артистическом отношении он не был успешным, так как Полина не могла петь, а актерские способности Каролины опозорили бы даже провинциальную драматическую труппу. Мадам Жюно заявляет, что пение Полины было настолько беззвучным, что его едва можно было расслышать, а Каролина выступала как полная дурочка благодаря притворным нежностям, которые капризно срывались с ее губ, никогда не предназначавшихся для произнесения мелодичных звуков. Даже если сделать скидку на то обстоятельство, что генерал Жюно играл роль обожателя Каролины и был безнадежно в нее влюблен, вряд ли можно сомневаться, что у девиц Бонапарт отсутствовал сценический талант, хотя за пределами сцены их представления иногда действительно достигали весьма высокого уровня. Элизу убедили признать свои ограниченные данные как актрисы и посвятить себя более скромным ролям. Во время консульских дней она и Люсьен выступали в любительских спектаклях, и в одном случае Элиза играла трагическую роль перед публикой, включавшей ее брата. Бурьен сообщает, что Наполеон так от души хохотал, что по щекам у него потекли слезы. Наполеон не был доброжелательным критиком, и после того как опустился занавес, он поведал своей сестре, какое удовольствие доставила ему «ее пародия».
После своего повышения Элиза смогла дать простор талантам, которыми она обладала, и управляла своим княжеством Лукка-Пьомбино настолько искусно, что Наполеон публично поздравил ее. В 1809 году он добавил к ее владениям Тоскану, но муж Элизы, стушевавшийся Фелис, играл весьма малую роль в ее суверенном правлении. Когда она заняла свое положение в Италии, Наполеон дал ясно понять, что подарок носит вассальный характер. В императорском декрете провозглашалось, что любые дети — преемники Элизы будут вступать во владение княжеством по указанию императора и не должны заключать брак без его согласия. Фелис поэтому являлся всего лишь мужем королевы, и ему было приказано при всех государственных процессиях следовать в нескольких шагах позади нее. Ему также были отведены специальные апартаменты в дальнем конце дворца, и, даже получив титул князя, он вынужден был давать своему шурину подобострастную клятву верности. Такое перераспределение ролей в доме Баччиоки, однако, не разрушило этот брак. Возможно, что уступчивость Фелиса предотвратила развод, и Элиза родила ему сына и дочь. В соответствии с императорским эдиктом дочь была крещена как «Наполеон».
Предоставив своему мужу исключительно пассивную роль, Элиза посвятила себя задаче реорганизации своих территорий и в этом деле проявила немалую энергию и рассудительность. Она санкционировала общественные работы, стимулировала сельское хозяйство, покровительствовала искусству и составила реестр квот призывников, которые приходились на всех, кто осуществлял правление под властью Наполеона.
Когда к ее владениям была добавлена Тоскана, она очистила страну от разбойников. В этом отношении Элиза была более энергична, чем ее брат Жозеф в Неаполе, так как среди многих писем, которые Жозеф получал от брата приблизительно в это время, содержалось одно с приказом успокоить местных грабителей.