Среди официальных свидетелей религиозной церемонии был Эжен Богарне. Жозефина упрашивала его не допускать, чтобы ее развод помешал его блестящей и незапятнанной карьере. Он также женился на принцессе и проявлял большие способности в качестве вице-короля Италии. Эжен остро ощущал унижение своей матери, но, будучи куда более разумным, чем все Бонапарты, вместе взятые, он следовал ее совету, и ни тогда, ни в последующие годы его преданность Наполеону не подвергалась сомнениям. Но должно быть, он ощущал некоторое негодование, когда видел, как его отчим надевал кольцо на облаченный в перчатку палец Марии Луизы. Возможно, что ему припоминался при этом случай, когда он в качестве адъютанта генерала Бонапарта служил сопровождающим при повозке, в которой по улицам Каира разъезжала любовница Наполеона мадам Фуре.
Когда церемония закончилась, гостям было предоставлено мало свободного времени для сплетен, так как свадебное выражение лица императора внезапно омрачилось, и придворные увидели по его нахмуренным бровям, что кто-то или что-то испортило ему день. Они в тревоге наблюдали за ним и вздохнули с облегчением, когда шторм обрушился на итальянских кардиналов, вызванных в Париж на свадьбу. Их было вызвано двадцать семь человек, но отозвались лишь четырнадцать, и Наполеон потребовал узнать, что случилось с остальными тринадцатью, известными с тех пор как «черные кардиналы». Ему сообщили, что их отсутствие объясняется недовольством Папы по поводу недавнего развода и его дезавуированием Ватиканом. И когда этот акт ханжеского неповиновения был разъяснен Наполеону, у него вскипела бешеная ярость. С большим трудом удалось его уговорить не бросать всех отсутствовавших в тюрьму, а ведь он даже вел речь о возможности их расстрела. Но когда гнев императора подутих, он довольствовался тем, что лишил оказавших ему пассивное сопротивление священнослужителей их почетных должностей и доходов, запретив им доступ в Париж и повелев им под страхом сурового наказания никогда не носить в будущем кардинальские одеяния.
С каждым годом разрыв Наполеона с Церковью становился все шире. К концу 1808 года он послал войска в Рим в надежде запугать его святейшество и принудить его к более тесному союзу между Церковью и государством. Но Пия VII было нелегко устрашить даже тогда, когда папское государство было аннексировано и присоединено к королевству Италии. В 1809 году Папа оказался государственным узником в Савоне. Враги Франции представлялись шокированными, но, по существу, многие из них были довольны таким оборотом событий. Одно дело было противостоять человеку, который восстановил устоявшуюся во Франции религию, человеку, который командовал самой мобильной и хорошо обученной армией всех времен, и другое — выступать в оппозиции, когда главный противник прежнего порядка мог быть назван «Антихристом», и отклики такого рода пропаганды вскоре почувствовал король Жозеф, барахтавшийся в католической Испании.
Возобновившаяся ссора с Папой имела серьезные последствия и в другом плане. Со времени окончательного разрыва Наполеона с Люсьеном семейный повстанец спокойно жил в Риме как частное лицо, по крайней мере пользуясь покровительством святого отца и проводя время в занятиях литературой и искусством. После ареста Папы и вторжения наполеоновских войск в святой город положение Люсьена стало невыносимым. Для французов не осталось секретом, что Люсьен, преисполненный благодарности Пию VII за предоставленный ему приют, уплатил свои долги, поощряя сопротивление Папы требованиям Наполеона. Когда его святейшество силой был препровожден во Францию, могло бы произойти кровопролитие, если бы не быстрота этого похищения, осуществленного генералом Радетом, французским губернатором города. В условиях, когда его патрон оказался под замком в Савоне, Люсьен счел за лучшее перебраться в Тукулум, где он заинтересовался археологией. Генерал Миоллис, который заменил Радета в качестве коменданта, не был столь тактичен, как его предшественник, и держал Люсьена под таким пристальным наблюдением, что повстанец задумал выехать вместе с семьей за пределы досягаемости своего брата. Такого места не оказалось в континентальной Европе, поэтому Люсьен решил эмигрировать в Америку и обратился в местную полицию за необходимыми паспортами. К немалому своему удивлению, он получил их, и после обращения к Мюрату, королю Неаполя, Люсьену был разрешен переезд на американском корабле, который должен был выйти из порта Чивитавеккья.