С внешней стороны, управление пресвитеров придавало ей вид церковного деспотизма, но на деле нигде церковное устройство не отличалось таким демократизмом, как в Шотландии. Под влиянием этого народные массы пришли к осознанию своей силы, что и сказалось в изменении характера шотландской истории со времени окончательного утверждения пресвитерианства. Последнее призвало народ к участию не только в церковной, но и в политической жизни, и церковь все более давала почувствовать свою власть знати и королю. Когда в 1577 году союз соперников положил конец регентству Мортона, постоянной целью борьбы партий, раздиравшей Шотландию, стала опека над молодым королем Яковом VI и пользование от его имени королевской властью. Затем, достигнув совершеннолетия, Яков I нашел достаточно сил, чтобы свергнуть иго лордов и стать повелителем крупных фамилий, так долго страшивших корону. Но он меньше, чем когда-либо, был полным властителем своего королевства. В бурях Реформации на первый план выдвинулась новая сила, и этой силой был шотландский народ, явившийся в образе шотландской церкви. Мелвиль, крупнейший из преемников Нокса, требовал для церкви независимости от государства, и Яков VI не мог ему отказать; в то же время король безуспешно боролся против того влияния, которое оказывало на гражданское правление общественное мнение, выражавшееся в Общем собрании церкви. В критическую эпоху Армады у короля были связаны руки навязанным ему союзом с Англией.
В отношениях с короной демократическая смелость кальвинизма соединялась с духовным высокомерием представителей пресвитерианства. Мелвиль при всем Совете схватил Якова I за рукав и назвал его «глупым слугой Бога». «В Шотландии, говорил он ему, есть два короля и два королевства: есть король Иисус Христос и его королевство — церковь; в этом королевстве Яков VI является подданным; здесь он не король и не повелитель, а член». Вступив на английский престол, Яков I с горечью вспоминал тон и слова великого проповедника. «Шотландское пресвитерианство, — заметил он много лет спустя на Гемптонкортском совещании, — так же плохо мирится с монархией, как дьявол — с Богом! Без епископа нет и короля!» Но Шотландия не хотела епископов. Среди наиболее ревностных шотландцев епископат отождествлялся с отвергнутым ими старым католицизмом. Впоследствии, явившись на заседание английского Совета, Мелвиль взял архиепископа Кентерберийского за рукава его стихаря и, размахивая ими, по своему обыкновению, назвал их римскими тряпками, печатью «зверя». Ввиду этого в 1592 году епископство было формально уничтожено, и пресвитерианская система была признана законной формой церковного устройства Шотландии. Управление церковью было поручено Общему собранию с подчиненными ему собраниями областей, пресвитерств и приходов, подчинявшими своей дисциплине всех членов общины. Все, что Яков I смог спасти, — это право присутствовать на Общем собрании и определять время и место его ежегодного созыва. Но едва он вступил на английский престол, как стал пользоваться своим новым положением для разрушения созданного устройства.
Несмотря на принятие им закона, устанавливавшего ежегодный созыв Общего собрания, он пять лет рядом отсрочек мешал ему собираться. Протесты духовенства строго преследовались. Когда девятнадцать священников организовали Собрание, их как изменников изгнали из королевства. Смелейшие из оставшихся вождей были вместе с Мелвилем вызваны для совещания к королю насчет планов преобразования Общего собрания. Они отказались пожертвовать свободой церкви и были заключены в тюрьму; а когда Мелвиль написал эпиграмму на английские обряды причащения, это послужило основанием для привлечения его к суду английским Тайным советом. Его посадили в Тауэр и выпустили после нескольких лет заключения только для того, чтобы отправить в изгнание. Так духовенство Шотландии лишилось своих вождей; ему грозили тюрьмами и изгнанием; знать покинула его; народ также плохо поддерживал церковников, и они уступили давлению короны. Епископам было позволено председательствовать в собраниях духовенства, и шотландская церковь, наконец, формально признала епископский сан. Свобода проповеди была ограничена. Общее собрание привели в покорность. Священники и старейшины лишились права отлучать виновных без согласия епископов. Суд Высокой комиссии навязал церкви верховенство короны. Но Яков I довольствовался этим как подтверждением своей королевской власти. Его цель была, скорее, политической, чем религиозной, и, обеспечивая себе при посредничестве епископов надзор за церковью, он думал вернуть себе ту власть над королевством, какую Реформация отняла у королей Шотландии.
В начале царствования Карл I следовал политике своего отца. Достиг он немногого, кроме возврата части церковных земель захватившими их лордами. Но скоро дала себя почувствовать энергия Лода.