Практически все детство будущий Рудольф II провел при дворе своего дяди (брата матери) — короля Испании Филиппа II. Оттуда он вынес приверженность католической вере, знание этикета, мрачные стороны инквизиции. Довелось ему наблюдать и сожжение еретиков — аутодафе. Он не пользовался популярностью в Вене, поэтому покинул ее, переехав в Прагу. Он жил там с 1583 года, сделав ее главным городом Священной Римской империи. В Прагу стали стекаться купцы, строители, аристократы, предприниматели…
Славу Рудольфу II принесла его тяга к алхимии, мистике, астрологии, герметизму. В Праге поселились ученый Тихо Браге, алхимик, советник английской королевы Елизаветы I Джон Ди, Эдвард Келли, математик Иоганн Кеплер.
Монарх увлекался собиранием различных минералов и драгоценных камней; он создал огромную коллекцию «Кунсткамера». Итальянский писатель Рипеллино подробно описывает уникальную во всех смыслах коллекцию императора: «Среди многих специфических предметов, которые он собрал, железный стул, удерживавший всякого, кто на него садился, словно путами; музыкальные часы с позолоченной крышкой, украшенные изображением скачущих по лесу оленей; орган, который сам по себе исполнял ричеркаты, мадригалы и канцоны, обетный медальон с иерусалимской землей, корни мандрагоры, напоминающие крошечных человечков — альраунов…»
К числу его любимых занятий относились и поиски философского камня. Алхимия была его излюбленной наукой. В его время жил и работал легендарный ученый и мистик раввин Лёв, который, по легенде, создал Голема.
Астроном Тихо Браге и математик Иоганн Кеплер благодаря императорской поддержке смогли заниматься наукой. Браге наблюдал за движением небесных тел, Кеплер обрабатывал и анализировал полученные данные. Они вывели законы движения планет и составили планетные таблицы, которые назвали Рудольфовы.
С годами император все больше уходил в свою частную жизнь, пренебрегая обязанностями монарха, что негативно сказывалось на государственных делах.
Воспользовавшись борьбой между Рудольфом II и Матвеем, его братом и наместником, которому Рудольф был вынужден в 1608 году уступить Австрию, Венгрию и Моравию, чешские сословия настояли на подтверждении своих политических и религиозных прав. Рудольф II подтвердил только политические права. Тогда разгорелся конфликт, и 9 июля 1609 года Рудольф II вынужден был подписать «Грамоту Величества», или «Маестат Рудольфа», согласно которой подтверждалась «Чешская конфессия» 1575 года: давалось право свободного отправления богослужения, разрешалось иметь и строить церкви, учреждать школы. Протестантам передавался Пражский университет. А также предоставлялась возможность избрать из своего сословия тридцать дефенсоров (защитников) для охраны прав.
Королевский маестат можно рассматривать как победу объединенных протестантских сил. Католики-паны вынуждены были пойти на уступки и подписать с протестантами договор о взаимной религиозной терпимости. Но данные уступки носили временный характер. На самом деле ни католики-паны, ни Габсбурги не собирались примириться с предоставлением протестантам религиозных прав, а также с легализацией «Общин чешских братьев».
В это время вновь обострилась борьба между Рудольфом II и его братом Матвеем, ставшим к тому времени королем Венгрии (1608) под именем Матьяша II. На семейном совете в Вене Габсбурги объявили Рудольфа сумасшедшим, и он был вынужден отречься от чешской короны. 23 мая 1611 года Матвей был коронован, получив имя Матиаш II, а Рудольфу положили денежное содержание, сохранив определенные привилегии. Он умер 20 января 1612 года, не оставив наследников, так как не был женат. Правда, имелись незаконнорожденные дети, но они не могли наследовать корону.
Рудольфа похоронили в пражском соборе Святого Вита. Он стал последним монархом, погребенным в Чехии.
Правление Матвея (Матиаша II) (1611–1617). Передача престола Фердинанду Штирийскому
После вступления Матвея на императорский престол Священной Римской империи под именем Матиаса на его политику существенное влияние оказывал кардинал Клезель, который надеялся добиться компромисса между католическими и протестантскими частями империи с целью усиления государства. Еще во время борьбы с Рудольфом Матвей был вынужден пойти на уступки протестантам в Австрии, Моравии и Венгрии, чтобы привлечь их на свою сторону.