Фердинанд II весьма хорошо отблагодарил тех, кто остался ему верен. Обогатились Лихтенштейны, Лобковицы, почестями был отмечен императорский полководец и политик Альбрехт Вальдштейн (Валленштейн).
В 1624 году чешские протестантские церкви отдали католическому духовенству. Те, кто не исповедовал католическую веру, лишались всех гражданских прав, права заниматься ремеслами и промыслами, проводить обряд венчания, хоронить умерших. За несоблюдение католических праздников, отказ посещения католических служб полагались денежные штрафы. Королевский указ 1627 года объявлял католицизм в Чехии единственной религией. Протестанты должны были перейти в католическую веру или покинуть страну. Многие отправились в эмиграцию. Среди навсегда покинувших родину были историк Павел Скала из Згорже, знаменитый педагог Ян Амос Коменский, великолепный художник-график Вацлав Голлар и многие другие деятели чешской культуры. Пражский университет с целью искоренения свободомыслия передали ордену иезуитов.
В Чехию переселялись из других стран дворяне-католики, которым выделялись земли эмигрантов. Так началось онемечивание дворянской элиты, чешский язык уходил из государственных органов. Все случившееся позволило продлить господство Габсбургов в Чехии еще на триста лет.
Пламя религиозной войны распространилось на всю Европу, и Чехия оказалась в ее эпицентре. К 1648 году, когда противоборствующие стороны заключили наконец мир, страна потеряла до трети населения, было опустошено или заброшено более ста городов, тысячи деревень и около трехсот замков. Не менее тяжелыми оказались последствия Тридцатилетней войны и связанных с ней конфликтов для Германии, Польши, Голландии…
Административная политика габсбургов
Габсбурги проводили политику объединения Чехии с Австрией в административном и финансовом плане. В 1627 году Фердинанд II (годы правления — 1619–1637) опубликовал земский статут. Чешское государство сохранилось, но королевской власти дали еще больше полномочий, а права сейма урезали. Большинство должностных лиц отныне назначались королем. Первым сословием в сейме стало духовенство. А государственным языком — немецкий. Так Габсбурги старались сделать Чехию частью Австрии, лишить страну национально-культурной самостоятельности.
В ходе Тридцатилетней войны Чехия была разорена. Страна обезлюдела. Из 3 миллионов населения в ней было теперь только 800 тысяч человек, сохранилась только треть сельских усадеб. Ремесло и торговля пришли в упадок. Сильным гонениям подвергалась культура. Чешский язык сохранялся в основном среди низших слоев. Чешская интеллигенция писала по-латыни. Печатать и распространять чешские книги было нельзя. Пражский университет находился в ведении иезуитов. Среди них нужно особо отметить иезуита Антония Кониаша. По его словам, он сжег 30 тысяч книг, из них не менее половины чешских. Он составил и издал список запрещенных книг «Ключ к еретическим заблуждениям», где объявил еретическими все чешские книги, которые вышли с 1414 по 1620 год, а также все чешские переводы Библии.
Положение крестьян
Одним из итогов произошедшей войны было разорение среднего и мелкого дворянского землевладения. Крупные землевладельцы обладали 60 % всех деревень. Когда Тридцатилетняя война закончилась, паны стали восстанавливать хозяйство путем захвата пустующих земель крестьян и увеличения запашки. В это время европейскому рынку требовалась сельскохозяйственная продукция, поэтому чешские паны, воспользовавшись благоприятной экономической ситуацией, стали поставщиками хлеба. Несмотря на то что сельское население уменьшилось, отработочная рента и оброк увеличились. Были увеличены и налоги, особенно военные сборы.