Примиренческой политике Матвея противостояли другие представители дома Габсбургов, в частности его брат эрцгерцог Максимилиан, который надеялся обеспечить переход престола к приверженцу католицизма эрцгерцогу Фердинанду Штирийскому, ставшему впоследствии императором Фердинандом II. По настоянию семьи бездетный Матвей короновал Фердинанда королем Чехии (1617) и Венгрии (1618).
Страна находилась в весьма трудном положении, так как в это время начался упадок торговли и ремесленной промышленности. В 1618 году протестанты подали жалобу императору, но его ответ не удовлетворил их. Протесты переросли в восстание. Протестанты выбросили из окна Пражского Града, где проходили переговоры, троих королевских советников. Королевским советникам, можно сказать, повезло, так как, несмотря на приличную высоту, они удачно приземлились на кучу мусора без тяжких повреждений.
Это событие, названное второй пражской дефенестрацией, привело к тому, что конфликт между чешскими сословиями и королем перешел к открытому противостоянию. Протестанты создали свое правительство, ввели налоги, стали набирать войско. Началось изгнание иезуитов и высшего духовенства, которое оказывало поддержку Габсбургам. Генеральный сейм Чешского королевства объявил себя законодательным органом и избрал на трон после смерти Матвея курфюрста Фридриха Пфальцского (1619–1620). Прозвищем Фридриха станет «зимний король», «король на одну зиму», так как до второй зимы его правление не дотянуло. Было набрано войско, которое вскоре выступило в поход на Вену. Чешские лидеры связались с трансильванским князем Габриэлем Бетленом, немецкими и голландскими протестантами. Конфликт начинал приобретать международный характер, но в то время еще было трудно предполагать, что он перерастет в Тридцатилетнюю войну, которая нанесет сильнейший удар по всей Центральной Европе.
Вскоре умер император Матвей, и Священную Римскую империю возглавил фанатичный и воинственный Фердинанд II. Отношения между Прагой и Веной все больше накалялись. Во главе волнений стояли чешские дворяне, однако не имевшие опоры среди народных масс. Фридриху Пфальцскому не была оказана помощь со стороны тех союзников, на которых он рассчитывал. Тогда как его соперника Фердинанда Габсбурга поддержали польский король Сигизмунд III и седмиградский князь Габор. Последнему Фердинанд обещал Словакию.
Сформировались две противостоящие друг другу армии — объединенное войско императора и Католической лиги во главе с Максимилианом, курфюрстом Баварским, и чешское войско (командовал им князь Кристиан Ангальт-Бернбургский). В начале ноября 1620 года императорская армия появилась в окрестностях Праги, у Белой Горы.
Битва у Белой горы
Сражение у Белой Горы в окрестностях Праги, разыгравшееся 8 ноября 1620 года, стало одним из переломных моментов в истории Чехии. Фердинанд II собрал мощную армию, которая встала у Белой Горы в четырех километрах от Праги.
Силы сторон были примерно одинаковы: 23‑тысячная армия протестантов против 25‑тысячного войска католиков. Но войска протестантов были хуже обучены. Не помогло им и то, что они использовали для построения передовой для того времени нидерландский линейный боевой порядок. Католические войска выстроились в старом стиле массивными испанскими терциями, это давало преимущество в рукопашном бою. Небольшие отряды протестантов вступали в битву и быстро терпели поражение. Битва шла более двух часов. Дольше всех продержались отряды мораван под руководством князя Турна и Индржиха Шлика. Протестантская армия потеряла 5 тысяч убитыми, скрылась за стенами Праги и позднее капитулировала.
Как считают некоторые историки, проблема проигравших состояла не в самом поражении, а в том, что после этого как будто исчезла воля к сопротивлению. На самом деле, если взять чисто военный аспект, сопротивление могло продолжаться, имелись ресурсы, в руках протестантов находились крупные крепости. Но в их рядах не было единства, это и привело к капитуляции. Фридрих Пфальцский, командующий Кристиан I (князь Ангальт-Бернбурга) и граф Турн бежали за границу.
Победившая сторона спустя некоторое время начала кампанию репрессий. 21 июня 1621 года в Праге на Староместской площади казнили 27 предводителей восстания. Имения проигравших были конфискованы. В 1622 году была принята генеральная амнистия. В ней указывалось, что к определенной дате те, кто участвовал в восстании, должны добровольно сознаться в своей вине. В этом случае им сохранят жизнь. Но при этом конфискация их имущества все равно не отменялась. Это составило примерно две трети всех дворянских поместий в королевстве.