Притесняя мещанство, мелких феодалов, Фердинанд I старался заручиться поддержкой крупных землевладельцев. Для успешной борьбы с национально-религиозной оппозицией король пригласил в Чехию иезуитов. Сам Орден иезуитов был образован в 1534 году Игнатием из Лойолы. В Чехии иезуиты появились в 1556 году. Ордену было отданы остатки доминиканского монастыря начала ХIII века при небольшом костеле Св. Климента, поэтому позднее комплекс получил название — Клементинум.
Выбор иезуитов был обусловлен высоким уровнем их образования, хорошим знанием чешского языка и финансами, которыми те располагали. Главным среди иезуитов был генеральный викарий пражского архиепископства Дон Хуан Карамуэль и Лобковиц, испано-чешский теолог, математик, придерживающийся крайних воззрений. По его указанию началось усиление реакции. Карамуэль требовал, чтобы те, кто в течение трех дней не примет католическую веру, были изгнаны из Чешского королевства. Он призывал наказывать иноверцев любыми способами, включая заключение в тюрьму и повешение. Через некоторое время деятельность Карамуэля подверглась острой критике со стороны архиепископа Гарраха и Венского двора. Насильственные методы были запрещены.
Орден иезуитов первостепенную роль уделял образованию, у них существовала хорошо продуманная система обучения. Уже через два месяца после появления в Праге иезуиты открыли школьную кафедру, гимназию, где три года обучали грамматике и два года гуманитарным предметам. После гимназии послушники могли получить высшее образование, включающее трехлетний курс изучения философии, логики, физики, метафизики и четырехлетний курс теологии. Вскоре по Праге прошел слух, что студенты-иезуиты за три месяца обучения получают объем знаний, соответствующий двухлетней программе Карлова университета.
Если в Карловом университете учились студенты преимущественно из среды мещанской интеллигенции, то иезуиты воспитывали детей аристократов Германии, Италии, Франции и других стран. В 1622 году по приказу Фердинанда II Карлов университет был передан Ордену иезуитов, которые тем самым получили возможность контролировать систему высшего образования в Чехии (лишь спустя 150 лет, после изгнания иезуитов с территории Чехии, высшее образование снова перешло в сферу влияния государства). С середины XVI века иезуитами было налажено печатное дело, их типография держала пальму первенства по количеству и качеству книг, изданных в Чехии на протяжении двух столетий. Существовал театр, созданный иезуитами (он функционировал до 1773 года). С 1752 года в старейшей астрономической обсерватории Клементинума стали проводиться регулярные гидрометеорологические измерения, которые продолжаются до наших дней.
«Чешская конфессия»
Распространение протестантизма среди мещанства и сближение чашников с протестантами несколько укрепляло положение оппозиции. Чтобы отвлечь чашников от союза с протестантами, Фердинанд I добился от папы Пия IV разрешения на причащение под обоими видами. Это позволило папе сохранить власть над церковью чашников. Так был внесен раскол в лагерь протестантов.
Протестантская оппозиция была довольно разнообразна по социальному составу: сюда входили средние и мелкие землевладельцы, мещанство, крестьяне. В группировку протестантов‑лютеран входили люди, обладающие более высоким статусом. Однако борьба против Габсбургов объединила обе группы. В 1575 году лютеране и «чешские братья» выработали общее исповедание веры, так называемую Чешскую конфессию, и составили проект организации церковного управления. Они потребовали от короля его признания, и Максимилиан, ставший королем после Фердинанда I (1564–1576), согласился с этим.
Максимилиан II на словах гарантировал панам и рыцарям-лютеранам свободу богослужения. Но мещанам не было предоставлено отдельное самостоятельное управление, да и положение общин «чешских братьев» осталось без изменения.
Рудольф II. «Эксцентричный монарх» и его правление
Максимилиана II на троне сменил его сын Рудольф, при котором Прага достигла расцвета в науках и искусстве.
Рудольф II Габсбург (1552–1612) — император Священной Римской империи, король Чехии и Венгрии, эрцгерцог Австрии. Характеризуя его, биографы дают противоречивые оценки. Одни из них говорят о его уме и дальновидности, другие — о душевном расстройстве и депрессии, в которую он впадал время от времени. Наверное, истина находится где-то посередине, хотя к концу правления король был уже явно человеком с расстроенной психикой, что объяснимо, учитывая наследственность (его родители были двоюродными братом и сестрой).