После обсуждения оперативной информации, привезенной с Севера, Ксенофонтов передал Кедрову новое поручение Дзержинского — в ближайшие дни сформировать поезд ВЧК для поездки на Южный фронт, который являлся тогда главным. При этом Иван Ксенофонтович пошутил, что Михаилу Сергеевичу, видно, выпал жребий вести кочевую жизнь до конца гражданской войны.
— …А теперь скажу коротко о причинах этого решения, — Иван Ксенофонтович вновь стал серьезным. — Главная из них — острота и сложность оперативной обстановки. Для обеспечения нового похода Антанты на Советскую Россию белые бросили наряду с вооруженными полчищами все наличные тайные силы и средства. Интервенты и белогвардейцы активизировали деятельность своей агентуры в тылу Красной Армии. Есть Данные о том, что при участии резидента британской военной разведки готовится крупный вооруженный мятеж в Москве, Заговорщики из многочисленных подпольных организаций и групп намереваются с приближением войск Деникина начать вооруженное выступление в окрестностях столицы, рассчитывая отвлечь на себя силы московского гарнизона, а затем выступить в центре Москвы захватить Кремль, овладеть радиостанцией и телеграфом, чтобы разослать повсюду провокационную телеграмму о падении Советской власти и тем самым обеспечить белым армиям успех решения конечной задачи.
По последним данным из Петрограда, там возобновили действия по подготовке мятежа остатки «Национального центра» и иностранная агентура. ВЧК располагает сведениями о том, что белогвардейские заговоры подготавливаются в Киеве, Херсоне, Харькове, Орле, Пензе, Саратове и в ряде других городов. Агенты Антанты с помощью подпольных групп из белогвардейцев, эсеров, меньшевиков, анархистов, буржуазных националистов организуют вредительство и диверсии на транспорте. В последние дни был совершен ряд взрывов мостов, водокачек, крушений поездов. В тылу войск Южного фронта начали действовать вооруженные кулацкие банды, созданные с помощью эсеров, иностранной агентуры и украинских буржуазных националистов.
Для чекистских органов, — продолжал Иван Ксенофонтович, — начинаются особо горячие дни. Партийной директивой для нас является решение июльского пленума Центрального Комитета РКП (б). В этом решении и в письме «Все на борьбу с Деникиным!» определена стратегия действий Красной Армии по разгрому нового похода Антанты. ЦК призвал рабочий класс, всех трудящихся, воинов Красной Армии повысить бдительность и усилить борьбу с контрреволюционными элементами. Создавшаяся обстановка, генеральная линия партии на подчинение всей деятельности страны интересам разгрома белогвардейских армий Деникина требуют от ВЧК, ее Особого отдела сосредоточить все усилия на борьбе с тайными гнездами контрреволюции на этом участке фронта.
Учитывая все эти обстоятельства, коллегия ВЧК по согласованию с Политбюро ЦК приняла решение сформировать поезд ВЧК с бригадой опытных чекистов и в ближайшие дни отправить его на Южный фронт с двойной задачей. Во-первых, оказать помощь особому отделу Южного фронта, особым отделам армий и чрезвычайных комиссий прифронтовых губерний в сложных условиях отхода и маневренных действий войск. Во-вторых, необходимо организовать оперативную деятельность по очистке и укреплению тыла фронта. Поезд должен возглавит авторитетный руководитель. Выбор пал на вас. По решению ЦК вы, Михаил Сергеевич, наделяетесь чрезвычайными правами уполномоченного ЦК РКП (б) по Южному фронту и полномочного представителя ВЧК.
М.С. Кедров, внимательно выслушав И.К. Ксенофонтова, поблагодарил за доверие, уточнил, какие организационные вопросы по формированию поезда еще не решены, справился о сроках выезда.
Несколько дней, остававшихся до отъезда на Южный фронт, ушли на то, чтобы выяснить с помощью сотрудников Особого отдела ВЧК, как обстоят дела в особых отделах фронтов и армий, в частях и военных учреждениях Московского гарнизона; были уточнены и обобщены данные об оперативной обстановке на Южном фронте. Отдав необходимые указания, М.С. Кедров известил телеграммой своего заместителя И. П. Павлуновского, находившегося в Петрограде, о своем убытии во фронтовую поездку.
Первоначально поезд ВЧК отправился в Козлов, где находился штаб Южного фронта. Ознакомившись с обстановкой, с работой особого отдела фронта, Кедров потребовал активизировать всю работу фронтовых чекистов, особенно розыск вражеской агентуры. По его указанию из сотрудников поезда ВЧК были сформированы оперативные группы из двух-трех человек, которые вместе с местными чекистами прочесывали населенные пункты прифронтовой зоны, проводили проверку документов, Задерживали подозрительных лиц, помогали в наведении строгого порядка в тылу войск. В одной из таких групп действовал шестнадцатилетний сын Кедрова Бонифатий, ставший позднее известным философом, академиком, автором крупных научных трудов.