С помощью партийных и советских органов и прежде всего чрезвычайных комиссий на местах М.С. Кедров и сотрудники его комиссии проводили большое количество сложных и трудоемких лечебных и санитарно-профилактических мероприятий. Контроль за неукоснительным их осуществлением возлагался на созданный из сотрудников ЧК институт уполномоченных по санитарному делу и специальную разъездную санитарную комиссию.
Борьба с сыпняком оказалась не менее сложной и ответственной, нежели борьба с контрреволюцией. Рассказывая об этих днях, сын М.С. Кедрова, Б.М. Кедров, входивший в состав особой Всероссийской комиссии, в своих воспоминаниях писал: «Начали с Симбирска. Здесь организовали санитарный пункт, дезинфекцию, походную баню-поезд, прачечную и т. д. На станции был наблюдательный пункт для проверки всех отъезжающих в сторону Москвы, то есть на запад… За Симбирском следовали Уфа, потом Курган, Омск, Новониколаевск… Везде вдоль железнодорожного полотна в снегу валялись трупы колчаковских солдат. Госпитали были переполнены тифозными. Врачей и медперсонала не хватало, не хватало рук хоронить умерших. Мы работали день и ночь».
Принятыми мерами удалось к весне 1920 года ликвидировать очаги эпидемии и предотвратить распространение бедствия на центральные губернии Советской России. Опасная угроза отступила благодаря самоотверженности медицинских работников и чекистов во главе с М.С. Кедровым и организованной ими широкой помощи трудящихся.
В марте 1920 года член коллегии ВЧК М.С. Кедров снова в пути. Он направляется на Север в составе правительственной комиссии по расследованию злодеяний интервентов и белогвардейцев в освобожденных Красной Армией Архангельске, Мурманске и прилегающих районах. В течение нескольких месяцев кропотливой работы комиссия собрала обширные, юридически оформленные материалы о кровавых деяниях английских, французских и американских интервентов и их белогвардейских лакеев на советской земле. Эти материалы и в дальнейшем не раз широко использовались во внешнеполитических акциях Советского государства и антиимпериалистической пропаганде.
В 1921–1922 годах М.С. Кедров выполнял поручения Совета Труда и Обороны, а также ГПУ — ОГПУ на Южном Каспии, в Закавказье и на Нижней Волге. В полной мере используя предоставленные ему права уполномоченного СТО и полномочного представителя ГПУ — ОГПУ, он с небольшим аппаратом проделал значительную работу по восстановлению хозяйственной деятельности в этих районах и организации борьбы с контрреволюцией, усилившейся в экономической области с началом нэпа.
Кедров побывал в большинстве промысловых районов Южного Каспия участвовал в налаживании деятельности Южнокаспийского управления рыбных промыслов, предпринимал усилия для увеличения заготовки рыбы и доставки ее в промышленный центр и голодающее Поволжье. Вместе с С.М. Кировым, Н. Наримановым и начальником Азнефти А.П. Серебровским Михаил Сергеевич занимался возрождением нефтедобычи в Баку, организацией транспортировки нефти в центральные районы, а также для нужд торгового флота на Каспии и Нижней Волге.
По инициативе Михаила Сергеевича в Баку было создано бюро содействия нефтяной промышленности, транспорту и Красной Армии, сыгравшее заметную положительную роль в активизации работы местных советских и хозяйственных органов. Аналогичная общественная организация по содействию транспорту была образована Кедровым в Астрахани.
Как полномочный представитель и член коллегии ГПУ — ОГПУ Кедров проанализировал работу азербайджанских и грузинских чекистов, оказывал им помощь в борьбе с контрреволюционными элементами, особенно из местных националистов.
Знакомясь с работой Азербайджанской ЧК, председателем которой был Багиров, а его заместителем — Берия, Кедров обнаружил грубейшие нарушения революционной законности и произвол со стороны Берия. Принципиально оценив конкретные факты, Кедров сообщил о них специальным письмом на имя Ф.Э. Дзержинского В Москву. В письме указывалось, что Берия арестовывал и привлекал к уголовной ответственности невиновных людей по явно не проверенным, а иногда и сфальсифицированным материалам и в то же время необоснованно прекращал уголовные дела на лиц, в отношении которых имелись неопровержимые доказательства их враждебной деятельности против Советской власти. Михаил Сергеевич просил Ф.Э. Дзержинского рассмотреть вопрос об отстранении Берия от работы в чекистских органах как человека, не заслуживающего, по его мнению, политического доверия. По неизвестным причинам письмо не попало Ф.Э. Дзержинскому, и Берия остался на ответственной работе. Только в 1953 году, когда он был арестован, выявилось истинное лицо предателя и изменника Родины, который еще в 1919 году сотрудничал с контрреволюционным мусаватистским правительством Азербайджана в качестве секретного осведомителя его разведки, связанной с англо-турецкими оккупационными войсками, выполнял задания охранки меньшевистского правительства Грузии.