С повышенной требовательностью Михаил Сергеевич проанализировал работу особого отдела Южного фронта по охране секретов, контролю за военспецами в штабе фронта, на фронтовом узле связи, располагавшемся близ Козлова, за прибывавшим на фронт пополнением. Особое внимание чекистов он обращал на важность сохранения в тайне мероприятий командования по проведению пере' группировки войск и планов контрнаступления фронта
Из Козлова поезд ВЧК проследовал в Тамбов, который являлся важным железнодорожным узлом. Через него осуществлялись воинские перевозки для Южного фронта Здесь же располагалась фронтовая база материально-технического снабжения. Состояние железнодорожных коммуникаций, их охрана — эти вопросы прежде всего интересовали Кедрова в Тамбове. Кроме того, сотрудники поезда ВЧК участвовали в проверках документов у подозрительных лиц, охране коммуникаций и ликвидации мелких бандитских шаек из дезертиров и местных кулаков. Была подвергнута тщательной проверке работа особого отдела Тамбовской губчека.
Далее поезд ВЧК направился в Воронеж, затем в Курск и Орел. В каждом из этих городов военные чекисты оказывали максимальное содействие особым отделам армий, местным чрезвычайным комиссиям. В Воронеже, например, М.С. Кедров помог начальнику особого отдела 9-й армии организовать работу с поступавшим пополнением и контроль прифронтовой зоны. Эта помощь, эти мероприятия имели большое значение, так как на участке этой армии отсутствовал сплошной фронт и существовала угроза безнаказанного прорыва противника.
Как уполномоченный ЦК РКП (б) М.С. Кедров следил за ходом подготовки контрнаступления, вместе с членами реввоенсоветов фронта и армий участвовал в проведении разъяснительной работы в войсках, особенно среди нового пополнения, в выявлении «узких мест», в устранении недочетов в обеспечении войск. От Кедрова регулярно поступала ценная информация в ЦК РКП (б) и ВЧК о положении дел на Южном фронте.
Тем временем обстановка на фронтах гражданской войны продолжала усложняться. Военные действия приобрели крайне широкий масштаб. Страна находилась в кольце фронтов, общая протяженность которых достигла 8 тысяч километров. В.И. Ленин, выступая на пленуме ЦК РКП (б) в июле 1919 года, говорил о том, что наступил один из самых критических моментов социалистической революции, когда опасность грозит всем завоеваниям рабочих и крестьян. От имени ЦК он призвал партию перенести главные усилия на непосредственные задачи войны. «Советская республика осаждена врагом. Она должна, — подчеркивал Владимир Ильич, — быть
Четкие партийные директивы июльского пленума ЦЬ. РКП (б) предъявляли новые высокие требования к деятельности всего советского государственного аппарата, а органов ВЧК и ее Особого отдела в первую очередь. Было признано целесообразным назначить начальником Особого отдела ВЧК члена ЦК РКП (б), председателя ВЧК Ф.Э. Дзержинского. Решение ЦК о назначении состоялось 18 августа 1919 года. Совмещение постов председателя ВЧК и начальника Особого отдела ВЧК в самый напряженный период гражданской войны явилось важной политической и организационной мерой способствовавшей сосредоточению для контрразведывательной работы в интересах фронта и защиты армии и флота от подрывных действий противника всех сил и возможностей чекистских органов в центре и на местах, а также повышавшей авторитет особых отделов.
По возвращении с Южного фронта М.С. Кедров сделал обстоятельный доклад Ф.Э. Дзержинскому об обстановке на фронте и в прифронтовой полосе, о результатах работы группы Особого отдела ВЧК. А уже в сентябре 1919 года по указанию Ф.Э. Дзержинского член коллегии ВЧК М.С. Кедров выезжает на Западный фронт. Оказывая помощь прифронтовым чрезвычайным комиссиям, он организует борьбу с контрреволюционными элементами и шпионажем в Смоленске, Орше, Могилеве и Гомеле. В сложной обстановке, вызванной наступлением Деникина, группа Кедрова оказалась в Гомеле. Здесь Михаил Сергеевич вынужден был по собственной инициативе взяться за организацию обороны Гомельского укрепленного района, оказавшегося на слабо прикрытом войсками стыке Южного и Западного фронтов. Кедров некоторое время возглавлял этот укрепленный район и с помощью находившихся с ним сотрудников Особого отдела обеспечил восстановление нормальной работы железнодорожного узла, что способствовало доставке грузов с вооружением, боеприпасами и другими видами снабжения борющимся фронтам.
Очередная поездка М.С. Кедрова осенью 1919 года была связана вновь с Южным фронтом. Она была вызвана необходимостью наведения порядка во фронтовом тылу на территории Тамбовской губернии, откуда недавно был изгнан конный корпус белогвардейского генерала Мамонтова. Во время рейдирования белогвардейцев по нашим тылам им помогали в террористических акциях и бесчинствах местная буржуазия и кулаки. Нужно было выявить и привлечь к ответственности преступников.