К возвращению М.С. Кедрова из Тамбова ему было подготовлено новое очень сложное и ответственное поручение. Вот как вспоминал об этом Михаил Сергеевич!
«Канун Октябрьской годовщины. Торжественное заседание Моссовета… в Большом театре Феликс Эдмундович остановил меня:
— Вот хорошо, что приехали… Образована специальная комиссия по выработке положения об улучшении санитарного состояния республики. На днях должен выйти соответствующий декрет. Вот, познакомьтесь с материалами…
Феликс Эдмундович достал из портфеля несколько листков и передал их мне.
-..И скажите ваше мнение, а также согласны ли от ВЧК возглавить эту образуемую комиссию. Необходимо устроить день топлива, чтобы бани работали непрерывно, а также день санитарии, провести кампанию пошивки белья и пр. Полагаю, что эта работа по вашему духу.
Я поблагодарил Феликса Эдмундовича, взял материалы для ознакомления, но я был уже согласен…»
Постановлением Совета рабочей и крестьянской обороны от 8 ноября 1919 года при Народном комиссариате здравоохранения образовалась временно особая Всероссийская комиссия по улучшению санитарного состояния республики в составе пяти членов: из представителей Всероссийской чрезвычайной комиссии, Политического управления Реввоенсовета Республики, Всероссийского совета профессиональных союзов, женотдела ЦК РКП (б) и Народного комиссариата здравоохранения РСФСР, Председателем этой комиссии был назначен член коллегий ВЧК и Наркомвнутдела М.С. Кедров. В мандате, подписанном председателем ВЧК и народным комиссаром внутренних дея Ф.Э. Дзержинским 18 ноября 1919 года, была указано: «Кедров М.С. Командируется полномочным представителем ВЧК в район Заволжья и Западной Сибири с чрезвычайными полномочиями». Эти полномочия М. С, Кедрову были подтверждены постановлением Совета обороны и указаны в мандате, подписанном В.И. Лениным 30 января 1920 года, в котором говорилось, что М.С. Кедров является председателем Всероссийской комиссии по улучшению санитарного состояния республики и что распоряжения комиссии, касающиеся санитарных мероприятий и лечебного дела, являются обязательными для всех военных и гражданских органов.
Принимаемые партией и правительством чрезвычайные меры были вызваны новой опасностью, нависшей над Республикой Советов к концу 1919 года, — эпидемией тифа и других заразных болезней. Она возникла на Восточном фронте, где поспешно отступавшая колчаковская белогвардейщина оставляла в освобожденных городах и селах массу тифозных солдат. Вспышки эпидемий были зарегистрированы и в рядах Красной Армии. Они были вызваны тяжелыми условиями на фронте, недоеданием и недостатком медикаментов. Скученность и грязь на железных дорогах также способствовала быстрому распространению болезней. Сыпной тиф уносил больше человеческих жизней, чем война. Борьба с тифом и заразными болезнями становилась делом большой государственной важности. Указывая на эту новую опасность, В.И. Ленин в докладе на VII съезде Советов подчеркивал: «Товарищи, все внимание этому вопросу.
Все это хорошо сознавал Михаил Сергеевич, который, будучи врачом-эпидемиологом, имел немалый опыт борьбы с эпидемиями еще со времен первой мировой войны.
Энергичная целеустремленность Кедрова проявилась и при выполнении нового задания. Было выработано Положение об улучшении санитарного состояния в Советской Республике. Сформирован, укомплектован специалистами и снабжен необходимым оборудованием и медикаментами специальный поезд особой Всероссийской комиссии по улучшению санитарного состояния республики. Он спешно отправился на восток. 15 ноября 1919 года Ф.Э. Дзержинский и Н.А. Семашко подписали совместный приказ ВЧК и Наркомата здравоохранения «О мерах борьбы с разрухой в санитарном отношении», проект которого был подготовлен М.С. Кедровым. В приказе было сказано: «Ввиду широко развивающейся эпидемии сыпного тифа и других болезней одной из главных задач губчека… должна быть борьба с разрухой в санитарном отношении». Органы ЧК наделялись правом привлекать для проведения этой работы воинские части, население, транспорт и т. п.