В то время, как северное царство хунну слабло, южное процветало, чему в немалой степени способствовала торговля с Китаем. В 86 г. южные хунну напали на кочевья северного шаньюя Юлю (84–88) и нанесли ему большой урон. В 88 г. последовало новое нападение со стороны сяньби. Северные хунну были разбиты. Юлю попал в плен и был жестоко замучен – враги содрали с него кожу. Около 200 тыс. северных хунну бежали от врага на юг и отдались под власть южного шаньюя Сюаня (85–88). В 89 г. наследовавший ему двоюродный брат Туньтухэ (88–93), объединившись с китайцами, предпринял большой поход на север. Преемник Юлю (имя его неизвестно) был разбит у горы Яньжань и бежал. Около 200 тыс его подданных оказалось в плену. В 91 г. китайский наместник в Западном крае еще раз разбил шаньюя, который бежал и пропал без вести. Власть принял его брат Юйгучянь (91–93). В 93 г. китайцы заманили его к себе якобы для переговоров и убили. После этого множество северных хунну (китайские источники сообщают о 100 тыс. кибиток) бежало в Манчжурию и отдалось под власть сяньби. Северное царство хунну перестало существовать, но и после этого остатки северных хунну представляли из себя известную силу. Главенство среди них приобрел род Хуяней. Под его предводительством хунну откочевали далеко на запад в степи Барабы. Новая территория их расселения простиралась от озера Баркуль до Аральского моря. На короткое время им удалось установить свой контроль над Западным краем и отрезать Китай от Средней Азии. В 124 г. китайский полководец Бань Юн выступил против северных хунну и нанес им несколько поражений. В 126 г. была разгромлена ставка князя Хуяня.
Между тем положение южных хунну ухудшилось. Племена сяньби, приняв в себя большое количество северных хунну, сразу усилились и стали грозить всему Северному Китаю. Южные хунну не могли противостоять им, так как были ослаблены внутренней смутой. В 94 г. против шаньюя Аньго (93–94) выступил его двоюродный племянник Шигы (94–98). Аньго был убит. Около 200 тыс. хунну, не желая покоряться новому шаньюю, ушли на север. А война с сяньби, начавшаяся в 101 г., с каждым годом становилась все ожесточеннее. В 140 г. южные хунны подняли восстание против Китая, подавленное в 144 г. Хотя шаньюй Хюли (128–142) не принимал в нем участия, китайский наместник притеснениями довел его до самоубийства. На нем пресекся род потомков Модэ. На опустевший престол император Шунь-ди посадил своего фаворита, придворного Дуэлэчу (143–147), который был хунном только по происхождению. В 147 г. ему наследовал другой ставленник императора – Гюйгюйр (147–172), сделавшийся родоначальником новой династии хуннских шаньюев. При нем в 156 г. племена сяньби объединились под властью Таншихая. В короткий срок, с 155 до 166 гг. сяньби завоевали все монгольские степи, ранее принадлежавшие хунну. Северные хунну были изгнаны ими из Джунгарии за Тарбагатай. Часть их осталась в Семиречье и образовало здесь княжество Юебань. Другие ушли дальше на запад в Приуральские степи. Здесь следы хунну теряются. Видимо, они смешались с обитавшими на западной окраине Великой степи уграми и постепенно слились с ними. Спустя двести лет, в 350 г., именно из этих мест начинают свое победное шествие на запад хорошо известные в европейской истории гунны. Хотя и по языку, и по обычаям это был уже совсем другой народ, генетическая связь его с китайскими хунну признается многими современными историками.
Судьба южных хунну была во многом другой. Начиная со 158 г. сяньбийцы стали систематически опустошать Северный Китай. Многие южные хунну передались под их власть. Но в 181 г. Таншихай умер, и держава его немедленно распалась. Кратковременное сяньбийское господство было важно тем, что еще более сблизила хунну с китайцами. Их зависимость от империи многократно усилилась. Фактически, начиная с Дэулэчу, хуннские шаньюи были обычными ставленниками ханьского двора, скорее чиновниками, чем подлинными правителями. Китайское правительство так мало считалось с ними, что часто само подрывало их авторитет среди подданных. Так Гюйгюр был арестован и умер в тюрьме. Его сын Хучжэн (178–179) был казнен китайским чиновником, а его внук Юйфуло (179–188) бежал во время восстания в Лоян. Он был утвержден шаньюем, но не смел вернуться в свои владения. Сын Юйфуло, Хучуцуань (195–216), в 216 г. был арестован, после чего полномочия шаньюя были значительно урезаны, и реальная власть сосредоточилась в руках китайского наместника. К этому времени большая часть хунну уже приняло язык и обычаи китайцев.