До этого, в 1990-х гг. он успел побывать в составе шиитского «Исламского движения Нигерии», затем присоединился к суннитскому «Обществу обновления ислама» в штате Борно. Разочаровавшись в идейных программах обеих организаций, он пришел к выводу о необходимости создать свою собственную группу приверженцев, в основе объединения которой лежала идея возрождения ценностей ислама, его социально-политического потенциала. Опираясь на эти ценности, по его убеждению, можно было поднять исламскую цивилизацию в Африке, эффективно противопоставить ее западному влиянию. Примером для него тогда служил афганский «Талибан». Практически в первом же своем выступлении – захвате полицейского участка в городке Канамма – группировка Мухаммада Юсуфа вывесила полотнища с надписью на хауса «Афганистан», и с того времени название Нигерийский Талибан на несколько лет закрепилось за этой организацией. Но в целом серьезных столкновений с правоохранительными органами она избегала, пока в июле 2009 г. ее отряды не совершили скоординированное нападение сразу на несколько полицейских участков в четырех штатах северной части страны в ответ на арест приверженцев Мухаммада Юсуфа. Это был скоротечный мятеж, в ходе которого полиция захватила руководителя «Боко Харам», и практически на следующий день он, как утверждали полицейские, скончался.
Смерть Мухаммада Юсуфа дорого обошлась нигерийскому обществу и государству. Возглавивший эту группировку через непродолжительное время заместитель Юсуфа Абубакар Шекау взял курс на вооруженное противостояние органам власти, уничтожение приверженцев христианства и традиционных африканских культов. Под его руководством в 2016 г. находилось не менее 6 тыс. хорошо вооруженных боевиков, по другим сведениям, около 30 тыс. – серьезная сила. Отряды Абубакара в 2013 г. начали терроризировать жителей северных штатов, совершать взрывы в городах центральной части страны. Если в 2014 г. от рук боевиков «Боко Харам» погибло около 10 тыс. чел., то уже в начале 2015 г. головорезы этой организации только в городке Бага вблизи озера Чад уничтожили до 2-х тыс. не успевших скрыться мирных жителей.
Одним из ключевых событий, которое во многом изменило отношение мирового сообщества к боевикам «Боко Харам», стало похищение ими в апреле 2014 г. 276-ти школьниц в городке Чибок (штат Борно). Сразу удалось бежать лишь 57 девочкам, остальные же почти все и по сей день остаются в неволе, подвергаются избиениям, издевательствам и насилию. Вопреки исламским законам о заключении брака, запрещающим вступление в брак без согласия сторон, девочки по решению самого Абубакара Шекау были насильно выданы замуж или проданы в рабство.
В ответ на это преступление в мае 2014 г. президент Нигерии Гудлак Джонатан отдал приказ о начале широкомасштабного наступления против экстремистов. А в июне Совбез ООН и Европейский Союз признали «Боко Харам» террористической организацией и ввели в отношении группировки международные санкции. В Нигерии возник комитет освобождения пленниц, который обратился к правительству и международным организациям с просьбой оказать содействие в освобождении несовершеннолетних школьниц. Однако и два года спустя родители так и не увидели своих дочерей.
Армия «Боко Харам», судя по ее оснащению и размаху террористической деятельности, не испытывает финансовых трудностей. Деньги она получает от местных бизнесменов, чиновников, мусульман, имамов мечетей, которыми движут одновременно страх, религиозные ожидания и надежды получить дивиденды в случае возможного прихода к власти этой группировки. Присягнув в марте 2015 г. на верность «Исламскому государству», группировка объявила себя провинцией Исламского Государства, как прежде заявляла о своей близости с западноафриканским отделением «Аль-Каиды» – «Аль-Каида в исламском Магрибе» (АКИМ) (организация запрещена в РФ –
АКИМ – одна из основных террористических группировок в Магрибе. Она базируется в Алжире и совершает акции в сопредельных странах, особенно в Чаде, Нигере, Мали, Кот-д’Ивуаре. Основанная в 1997 г. бывшим командиром «Вооружённой исламской группы», она является одной из немногих групп этого рода, не подписавших мирный договор с правительством. Периодически ее обвиняют в связях с «Аль-Каидой», однако, кроме морального родства и переименования в «Аль-Каиду в исламском Магрибе», прямых доказательств сотрудничества пока не найдено, и способы деятельности «Салафитской группы проповеди и джихада» значительно отличается от идей и стратегии, осуществляемых «Аль-Каидой».
Один из влиятельнейших лидеров исламистского движения, Айман аз-Завахири, возглавивший «Аль-Каиду» после гибели Усамы бин Ладена, объявил, что «Салафитская группа проповеди и джихада» присоединилась к группировке «Аль-Каида»: «Пусть это будет костью в горле американских и французских крестоносцев и их союзников и посеет страх в сердцах французских предателей и сынов изменников».