Сформировавшийся Национально-патриотический фронт Либерии (НПФЛ) во главе с Ч. Тэйлором за короткое время сумел захватить под свой контроль до 90 % территории страны (середина 1990 г.). Сам Тэйлор успел получить экономическое образование в США, поработал в администрации Доу, участвовал в подготовке и осуществлении переворота в соседней Буркина-Фасо в 1987 г. В ходе хаотичной гражданской войны практиковались этнические чистки, пытки, рекрутирование в армии повстанцев детей от 12 лет, произошел фактический коллапс экономики и всех социальных институтов страны. Либерия все больше представляла собой угрозу не только окружающим странам, но всему западноафриканскому региону. Участники ЭКОВАС приняли решение во второй половине 1990 г. сформировать объединенные вооруженные силы для прекращения войны в Либерии (ЭКОМОГ), что получило впоследствии поддержку ООН. Это создало прецедент, когда региональная организация в противодействии конфликту опережала решения ООН. Действия ЭКОМОГ в значительной степени стабилизировали ситуацию в стране, но НПФЛ и возникшие новые повстанческие организации продолжали контролировать как значительные территории, так и важнейшие объекты добывающей промышленности. За годы гражданской войны по подсчетам ООН из страны для обеспечения воюющих сторон было незаконно экспортировано сырья на сотни миллионов долларов. По крайней мере четверть бойцов (т. н. «дети-солдаты») из противоборствующих вооруженных отрядов общей численностью более 60 тыс. чел. не достигала 14 лет. Фактически воевали не политические группировки, а банды вооруженной молодежи, возможности которых определял контроль над той или иной экономически перспективной территорией. Этнические основы конфликта не были забыты, но во второй половине 90-х гг. первоначальные враги соединялись во временные союзы, сельская глубинка воевала против городов, при этом почти все участники конфликта провозглашали главной целью восстановление государственности Либерии под своим главенством. Из двух с половиной миллионов человек населения страны беженцами в сопредельных государствах стало не менее одной пятой.
Усилиями контингента ЭКОМОГ и, прежде всего, подразделений из Нигерии удалось достичь временного перемирия, и в 1997 г. организованные при международном посредничестве выборы привели к власти лидера НПФЛ С. Тэйлора. Недовольство его противников и ужасающее экономическое положение, тем не менее, создали возможность для традиционного партнера и соседа Либерии, Гвинеи, под руководством Л. Конте оказать поддержку оппозиции и начать новую не столь масштабную, но не менее жестокую войну. Правительство Тэйлора активно вмешивалось и в начавшуюся в соседнем государстве Сьерра-Леоне гражданскую войну, тиражируя там все ужасы, пережитые либерийцами. В конечном счете, Ч. Тэйлор бежал в Нигерию, был там арестован и в 2006 г. выдан Международному трибуналу ООН в Гааге, который спустя шесть лет приговорил его к 50 годам тюремного заключения за преступления, совершенные в период войны в Либерии и соседней Сьерра-Леоне. Всего за годы гражданской войны в стране погибло не менее 250 тыс. чел.
Изгнание Тэйлора и проведение новых выборов под более жестким, чем в 1997 г., контролем привели к власти в 2006 г. выпускницу Гарвардского университета, сотрудницу Всемирного банка Элен Джонсон-Серлиф (59 % голосов), бывшую в свое время министром в правительствах Доу и Тэйлора и уже боровшуюся за президентское кресло на выборах 1997 г. Она стала первой в истории африканских стран женщиной – руководителем государства. В 2011 г. она вместе с йеменской правозащитницей и своей соотечественницей Л. Гбови была награждена Нобелевской премией мира. В ноябре 2011 г. Джонсон-Серлиф была переизбрана на второй президентский срок, получив во втором туре более 90 % голосов.