Колониальную гонку выиграла Франция. Одна из важнейших причин поражения Малагасийского Государства – разный уровень развития двух стран. Но это причина не единственная и не все объясняющая. Ведь удалось же отсталой Эфиопии сохранить политическую независимость в борьбе с Италией.
С начала девяностых годов XIX в. современные политические структуры, созданные волевым путем по образцу и подобию европейских, вступили в конфликт с традиционными экономическими, ментальными и бытовыми. Основная масса населения Мадагаскара была не готова к восприятию преобразований. Рост цен, массовое обнищание резко обострили борьбу народных масс против проводимой правительством внутренней политики. Сама правящая верхушка не была единой. Высший эшелон власти разделялся на множество группировок, отстаивавших свои интересы. Часть высших чиновников, тесно связанных с международной торговлей, с безразличием относилась к судьбе государства, полагая, что французы будут контролировать исключительно внешнюю политику государства.
Произошло разрушение традиционного массового сознания. Быстрое размывание устоев, непонимание и неприятие целей правящей верхушки, не способной донести до масс новые ценности, потеря жизненных ориентиров привели к пассивности значительную часть общества, включая рядовой состав армии. Произошел разрыв в историческом сознании малагасийцев. Они были готовы защищать традиционные ценности (как через несколько месяцев во время восстания), но не видели существенной разницы (включая внешний вид, манеры поведения, образ жизни) между правящей элитой и французскими завоевателями. Большинство населения не желало поддерживать ни одну из противоборствующих сторон. Хотя внешняя политика и дипломатия Малагасийского Государства сумела на длительный период времени отсрочить французскую агрессию, но противостоять великой державе, которую поддерживало мировое сообщество, малагасийцам было не под силу.
30 сентября 1895 г. французские войска заняли столицу Малагасийского государства – Антананариву. 1 октября договор, по которому устанавливался протекторат Франции, был ратифицирован королевой Ранава-луной III. 11 октября управление Мадагаскаром было изъято из ведения министерства иностранных дел и передано министерству колоний.
Закон от 16 апреля 1897 г. включил Мадагаскар в число колоний. Французскую администрацию на острове возглавил генеральный резидент. Он разделил весь остров на 13 провинций и два административных центра. В своем подчинении генеральный резидент имел полицейские силы, была создана милиция из местных жителей. Он мог также привлекать войска для поддержания и восстановления порядка. Была сохранена администрация из малагасийцев, подтвердивших свое желание сотрудничать с французами. На острове была введена французская судебная система, не распространявшаяся на тяжбы между малагасийцами. Также был создан финансовый аппарат и казначейство для обеспечения бесперебойной работы таможен.
Генеральный резидент вынудил королеву подписать 9 марта 1896 г. закон о свободе совести, подтвердивший обязательное начальное образование, и закон, предоставляющий право поселенцам приобретать, брать в концессию или бесплатно получать землю. 6 августа 1896 г. был опубликован закон об аннексии Мадагаскара. 27 сентября был издан указ об освобождении рабов. На следующий день генеральный резидент передал все полномочия Жозефу-Симону Галлиени, известному своими удачными действиями по умиротворению Индокитая. Он совместил две высшие должности на Мадагаскаре – генерал-губернатора и главнокомандующего войсками. Передача власти военной администрации имела под собой веские причины. На острове началось одно из крупнейших в Африке восстаний против установления колониального господства. Власти в метрополии расценили его как проявление слабости гражданской администрации.
Деятельность Галлиени началась еще до официального назначения. 22 сентября 1896 г. был создан Совет обороны колонии, 27 сентября было объявлено военное положение в центре острова. С первых шагов Галлиени взял курс на уничтожение политической, экономической и духовной культуры малагасийцев. Одним из первых его действий было упразднение административной системы независимого Малагасийского государства и создание военных территорий и округов, во главе которых стояли французские офицеры, которые обладали полнотой военной и административной власти. Каждый из округов делился на секторы, во главе которых также находились офицеры с аналогичными полномочиями.