В 1977 г. режим Траоре впервые столкнулся с массовыми антиправительственными выступлениями молодежи. Основной оппозиционной по отношению к нему силой выступил Национальный союз учащихся и студентов Мали (НСУСМ), который в знак протеста против введения конкурсных испытаний при приеме в высшие заведения организовал серию забастовок и протестных акций. Власти прибегли к репрессиям (закрытие учебных заведений в столице, введение чрезвычайного положения, массовые аресты). В июне 1978 г. они инициировали создание проправительственного Национального союза молодежи Мали, призванного лишить влияния НСУСМ.
На фоне студенческих волнений усилились разногласия в правящей верхушке. Ряд видных деятелей режима, участники переворота 1968 г., – министр обороны Киссима Дукара, министр внутренних дел Карим Дембеле, министр иностранных дел Шарль Самба Сиссоко и директор службы безопасности Тьекоро Багайоко, опасавшиеся ослабления влияния армии после намеченного на 1979 г. перехода к конституционному правлению, вступили в конфликт с Траоре. В ответ Траоре 28 февраля 1978 г. приказал арестовать «банду четырех» по обвинению в попытке организации государственного переворота. Вместе с ними репрессиям подверглись многие высшие офицеры армии и жандармерии. 4 мая президент сформировал новое правительство, в котором большинство постов заняли гражданские лица; сам он взял себе портфели министра обороны (до 1986 г.) и министра внутренних дел и безопасности (до 1979 г.). В октябре Дукара и Багайоко были приговорены к смертной казни (не была приведена в исполнение), остальные – к длительным срокам каторжных работ.
Разгром военной оппозиции позволил Траоре беспрепятственно «вернуться к конституционному правлению» и провести полностью контролируемые президентские и парламентские выборы. 19 июня 1979 г. он был избран президентом, получив 100 % голосов, а единственная партия ДСМН – 99,85 % и все 82 места в парламенте. В стране установился авторитарно-персоналистский режим.
Однако вскоре президенту пришлось столкнуться с новой волной протестов лицеистов и студентов, которые 26 ноября 1979 г. устроили общенациональную забастовку: тысячи протестующих в Бамако ворвались в министерство национального образования и взяли в заложники министра. Власти ответили новыми репрессиями, во время разгона демонстраций полиция применяла огнестрельное оружие, была даже сделана попытка призвать лицеистов и студентов на службу в армию (17 декабря). 17 марта 1980 г. в лагере парашютистов, не выдержав пыток, погиб студенческий лидер Абдул Карим Камара. Однако справиться с молодежными волнениями режиму не удалось и в конце июня ему пришлось пойти на уступки.
К началу 1980-х гг. власти столкнулись с серьезными финансово-экономическими проблемами. Непроизводительные расходы (в первую очередь на бюрократический аппарат) стали непосильным бременем для государственного бюджета. Мали оставалось аграрной страной (в 1990 г. промышленное производство обеспечивало лишь 8 % ВВП) и поэтому крайне тяжело перенесло сильнейшую засуху 1982–1985 гг. Внешний долг утроился за период 1981–1991 гг. и достиг 2,5 млрд долл. Темпы роста инфляции в первой половине 1980-х составляли обычно от 9 до 13 % в год (в 1980 г. – более 20 %). Режиму пришлось пойти на проведения ряда экономических реформ (либерализация рынка зерна, реформа системы государственных предприятий, стимулирование для частного предпринимательства, сокращение государственных расходов на образование и здравоохранение) и согласиться на реализацию в 1982–1984 гг. программы структурного оздоровления, рекомендованной МВФ и Всемирным банком. 26 марта 1982 г. был принят жесткий закон против казнокрадства. Траоре все больше ориентировался на Францию, которая оставалась главным торговым партнером Мали и увеличивала бюджетную и техническую помощь. 17 февраля 1984 г. страна вернулась в зону франка. В то же время режим продолжал получать значительную военно-техническую и экономическую помощь от СССР, который оказал содействие, в частности, в строительстве цементного завода и организации золотодобывающего производства в Калане на гвинейской границе.
После 1985 г. климатические условия улучшились. Благодаря либерализации цен и успешной реализации программ сельскохозяйственного развития в юго-западных областях страны властям удалось добиться роста с 1987 г. производства зерновых. Однако падение мировых цен на сырье во второй половине 1980-х гг. привело к сокращению государственных доходов, а «структурное оздоровление» хотя и улучшило макроэкономическую ситуацию, в то же время стало причиной падения уровня жизни значительной части населения.
Режим мог похвастаться только урегулированием пограничного конфликта с Буркина-Фасо. После шестидневной Рождественской войны (25–30 декабря 1985 г.) по решению Международного суда ООН 22 декабря 1986 г. Агашерская полоса была разделена: западная часть отошла к Мали, а восточная (область Бели) осталась за Буркина-Фасо.