После того как 99 % малийцев 12 января 1992 г. одобрили новую конституцию, в Мали установился режим Третьей республики; исполнительная власть передавалась президенту, избираемому на 5 лет, и правительству во главе с премьер-министром, законодательная – однопалатному Национальному собранию, также избираемому на 5-летний срок. В конце февраля – начале марта на первых с 1959 г. многопартийных выборах победу одержал АДМ, завоевавший 48,4 % голосов и абсолютное большинство мест в парламенте (76 из 129). Президентские выборы в апреле также выиграл его кандидат Альфа Умар Конаре, получивший в 1-м туре 45 %, а во 2-м 69 % голосов. Утверждение демократических институтов в Мали после десятилетий авторитарного правления многими стала рассматриваться как доказательство возможности успешного «демократического транзита» в африканских странах.
Новые власти взяли курс на децентрализацию страны. 11 февраля 1993 г. территориально-административным единицам (области – округа – городские и сельские коммуны) была предоставлена финансовая автономия; управление ими передавалось прямо или непрямо избираемым областным, окружным и коммунальным советам.
В сфере экономической политики Умар Конаре проводил политику экономической либерализации, укрепления рыночных механизмов и поощрения частной инициативы. В 1992–1995 гг. было осуществлено новое «структурное оздоровление», которое способствовало ускорению темпов экономического роста. Этому благоприятствовала и погода – «ахиллесова пята» малийской экономики: с 1993 г. достаточный уровень осадков позволял обеспечить ежегодное увеличение аграрного производства. В 1997–1998 гг. урожай хлопка достиг рекордного показателя в 500 тыс. тонн, и Мали стало главным его производителем в Черной Африке. В 2001 г. ежегодный рост ВВП достиг 11,9 %, хотя в 1990-е гг. его динамика отличалась крайней неустойчивостью (в 1992 и 2000 гг. ВВП снижался более чем на 3 %). Властям удавалось в целом обуздать инфляцию, несмотря на ее резкий скачок в 1994 г. из-за девальвации франка КФА 12 января 1994 г. на 50 %, которая больно ударила по уровню жизни населения. Доля промышленного производства в ВВП увеличилась к 2001 г. до 17 %. Однако ВВП на душу населения в 1990-е гг. снизился с 315 долл, в 1991 г. до 259,5 долл, в 2001 г. Были приняты меры по привлечению иностранных инвестиций, в том числе в горнодобывающую промышленность. Общие доходы от добычи полезных ископаемых в 1995–2007 гг. выросли в 30 раз, а их доля в бюджетных поступлениях с 1989 по 2007 гг. – более чем в 18 раз. С 1999 г. годов третьим продуктом малийского экспорта после хлопка и скота стало золото. Сокращение российской помощи было компенсировано увеличением помощи со стороны других стран, в том числе КНР и США.
В 1996 г. правительство приняло десятилетний план развития культуры и образования, благодаря реализации которого удалось к 2003 г. повысить уровень грамотности среди взрослого населения с 31 % в 1995 г. до 46,4 % в 2003 г.
Попытки властей в преддверии выборов 1997 г. изменить избирательное законодательство вызвало протесты оппозиции. Итоги 1-го тура парламентских выборов 13 апреля 1997 г. были аннулированы Конституционным судом из-за «серьезных нарушений». Президентские (11 мая 1997 г.) и повторные парламентские выборы (конец июля – начало августа) подверглись бойкоту со стороны оппозиции, что позволило Умару Конаре сохранить пост президента (почти 96 %), а АДМ завоевать 62,8 % голосов и 128 мест из 147 в парламенте.
С приближением президентских выборов 2002 г. в правящей партии развернулась борьба за преемство, которая привела к расколу АДМ и выходу из него Ибрагима Бубакара Кейты, премьер-министра в 1994–2000 гг., основавшего 30 июня 2001 г. Объединение ради Мали (ОМ). В феврале 2001 г. перед очередными выборами политические партии подписали Пакт «хорошего поведения», что открыло путь к нормализации политической ситуации; оппозиционные партии согласились участвовать в грядущих выборах. В Национальную избирательную комиссию вошли 5 представителей президентского большинства, 5 – оппозиции, 5 – гражданского общества. Во втором туре президентских выборов 12 мая 2002 г. кандидат АДМ, бывший министр финансов Сумаила Сиссе, потерпел поражение от Амаду Тумани Туре, организатора переворота 1991 г., получившего 64,35 % голосов. 8 июня Тумани Туре официально вступил в должность президента – первый случай мирной передачи власти в истории страны. Тумани Туре поддержала коалиция «Надежда-2002» во главе с ОМ, которая на парламентских выборах в июле 2002 г. завоевала относительное большинство мест в парламенте (66 из 147), тогда как Альянс за республику и демократию во главе с АДМ – 59. Назначенный премьер-министром Ахмед Мохамед Аг Хамани, бывший министр Траоре и дипломат, сформировал правительство из представителен основных политических сил; такой же «консенсусный» характер носило и сменившее его в апреле 2004 г. правительство Усмане Иссуфи Манга (до сентября 2007 г.).