29 апреля 2007 г. Тумани Туре был переизбран президентом в первом туре голосования, получив 71,2 % голосов. Однако оппозиционная коалиция Фронт за демократию и республику (ФДР) во главе с ОМ обвинила власти в фальсификациях и потребовала аннулировать результаты, хотя международные наблюдатели признали выборы свободными и честными. После того как 12 мая Конституционный суд подтвердил победу Тумани Туре, ФДР заявил, что подчиняется этому решению. На парламентских выборах в июле проправительственный Альянс за демократию и прогресс одержал полную победу, завоевав 113 мест из 147, тогда как ФДР – только 15.
В 2000-е гг. экономика страны продолжала оставаться уязвимой перед климатическими бедствиями. В 2003 г. Мали пережило очередную засуху, в 2004 г. – нашествие саранчи, погубившей 450 тыс. тонн зерновых. Внешний долг в 2002 г. достиг 2,8 млрд долл.; часть его (675 млн долл.) «Большая восьмерка» аннулировала в 2005 г. по инициативе Парижа. Из-за гражданской войны в Кот-д’Ивуаре Мали оказалось отрезанным от своего основного экспортного пути через Абиджан и было вынуждено переориентировать свои торговые потоки на Ломе и Акру. Роль Франции во внешнем товарообороте Мали уменьшилась (она осталась главным поставщиком товаров, но утратила роль главного экспортера); в то же время расширилась торговля с КНР, Индией, США, странами Персидского залива и Юго-Восточной Азии, Сенегалом и Мавританией: в 2013 г. 30,5 % малийского экспорта шло в Китай (1-е место), а 15,1 % – в Индию (2-е место). Резко возросла добыча золота (с 0,5 тонны в 1989 г. до 61,3 тонн в 2006 г.); с 2002 г. Мали стало третьим его производителем среди африканских стран. Доходы от экспорта золота позволили компенсировать потери от падения мировых цен на хлопок. В 2003 г. темпы экономического роста страны достигли 7,6 %; в целом в 2002–2010 гг. этот показатель не опускался ниже 4 % в год (за исключением 2004 г. – 2,3 %). ВВП на душу населения вырос с 267 долл, в 2002 г. до 627 долл, в 2012 г.
Многие проблемы страны решить не удалось. Хотя доля бедных снизилась с 55,6 % в 2000–2004 гг. до 43,6 % в 2005–2010 гг., она оставалась одной из самых высоких в Африке. Удельный вес промышленного сектора постепенно увеличивался (в 2013 г. он обеспечивал 24,4 % ВВП), однако сельское хозяйство продолжало играть ведущую (хотя и снижающуюся) роль в экономике (38,5 % ВВП). Мали являлось самым крупным получателем помощи от ЕС в Африке после Эфиопии. Кроме того, оно оставалось самой неграмотной страной Африки после Буркина-Фасо и Нигера, причем в 2003–2010 гг. доля грамотных даже уменьшилась (с 46,4 % в 2003 г. до 31,1 %); в 2012 г. 2/3 женщин не умели ни читать, ни писать.
В январе 2012 г. вспыхнуло новое восстание туарегов, которое возглавило Национальное движение освобождения Азавада[85]
(НДОА), вступившее в союз с исламистской группировкой Ансар-Дин. 21–22 марта группа военных сместила и арестовала Тумани Туре, обвинив его в некомпетентности и неумелом ведении войны с мятежниками; власть перешла к Национальному комитету восстановления демократии и государства (НКВДГ) во главе с капитаном Амаду Саного. Отряды повстанцев, воспользовавшись ситуацией, 30 марта -1 апреля захватили три крупнейших города северо-востока страны – Кидаль, Гао и Тимбукту. 5 апреля повстанцы заняли Дуэнцу и заявили о завершении кампании. 6 апреля НДОА провозгласило создание независимого государства Азавад. Под контролем НКВДГ остались только юго-западные области Мали.Ведущие политические силы страны и зарубежные государства не признали НКВДГ. 26 марта США прекратили экономическую помощь Мали. 2 апреля ЭКОВАС заморозило малийские авуары и ввело эмбарго на торговлю с Мали. 4 апреля СБ ООН осудил отстранение от власти «демократически избранного правительства». 6 апреля ЭКОВАС и НКВДГ достигли соглашения о восстановлении гражданского правления. 8 апреля Тумани Туре и Амаду Саного объявили об отставке. Но хотя 9 апреля Конституционный суд назначил временным президентом спикера парламента Дионкунда Траоре, а 17 апреля премьер-министром стал гражданский политик Шейх Модибо Диарра, в сформированном им 25 апреля правительстве путчисты получили ключевые портфели (министры обороны, внутренней безопасности и территориальной администрации).
Вскоре после провозглашения независимого Азавада вспыхнул конфликт НДОА с Ансар-Дин и другими исламистскими группировками, прибывшими сюда с территории Ливии. К середине июля исламисты вытеснили отряды НДОА из большей части Северо-Восточного Мали. В декабре НДОА вступила в переговоры с властями в Бамако, отказавшись от лозунга независимости и заменив его требованием автономии северо-восточных областей.