1 августа фронт проходил на широте Астрахани, а через три недели – уже по Главному Кавказскому хребту вдоль Черноморского побережья Кавказа. Угроза возникла сразу для всех оставшихся баз ЧФ от Темрюка до Поти, что создало большие проблемы. Советскому командованию не всегда удавалось правильно определить наиболее угрожаемое направление и сосредоточить на нем необходимые силы. Немецкий флот в силу своей слабости принял ограниченное участие в наступлении на Кавказ: вместе с саперами высадил десант на азовский берег Таманского полуострова, проводил набеговые действия торпедных катеров на наши коммуникации, начал установку береговых батарей от входа в Керченский пролив до Новороссийска.
Для более удобного восприятия оборона Таманского полуострова, Новороссийска и Туапсе описана последовательно. Но нужно иметь в виду, что многие из этих событий происходили одновременно.
9 августа после отхода Азовской флотилии в Темрюк была сформирована Темрюкская ВМБ. На следующий день Ставка приняла решение возложить оборону Таманского полуострова на береговые части флота, а войска 47-й армии вывести для обороны Новороссийска. Решением Военного совета Северо-Кавказского фронта С. Г. Горшков возглавил объединение АВФ, Керченской и Новороссийской баз. Требовалось оборонять полуостров до последней возможности, но не допуская окружения частей. После отвода армейских частей на Тамани остались пять батальонов морской пехоты, подвижный артдивизион, береговая артиллерия и ряд мелких подразделений. Эти небольшие силы должны были держать фронт на востоке (десятки километров) и оборонять побережье (почти 200 км).
11 августа начались бои на подступах к Темрюку. Оборона базы велась активно и сопровождалась удачными контратаками против наступавших румын. Однако обстановка под Новороссийском продолжала ухудшаться. Горшков предложил оставить Темрюк, высвободившиеся силы перебросить к Новороссийску, а для обороны Таманского полуострова оставить береговые батареи и один батальон морской пехоты. Ввиду бесперспективности дальнейшего удержания полуострова предлагалось батареи после полного расстрела боезапаса взорвать, а оставшиеся части эвакуировать. После создания 17 августа Новороссийского оборонительного района (НОР) Горшков стал заместителем командующего НОР по морской части, но его радикальные предложения в полной мере реализованы не были. Таманский полуостров оказался одним из секторов в составе НОР, морская пехота осталась на месте.
Ожесточенные бои за Темрюк продолжались до 23 августа. Все это время защитников базы поддерживали авиагруппа АВФ и корабли. Днем огонь велся с помощью трех корпостов или по наблюдаемым целям, ночью – по площадям. За время обороны монитор «Железняков» и азовские канлодки израсходовали 776 130-мм, 800 102-мм и 250 45-мм снарядов. Огонь вели также речные канлодки и другие корабли. От ударов авиации погибли три канлодки, один сторожевой корабль-тральщик и баржа. Несколько кораблей были повреждены артиллерией.
К 23 августа полевая артиллерия исчерпала боезапас, его подвоз был затруднен. В этот день командарм-47 приказал перебросить в Новороссийск один батальон, а Темрюк оставить. В ночь на 24 августа после приведения порта в негодность морская пехота отошла к Пересыпи, где узкий перешеек между морем и Ахтанизовским лиманом можно было оборонять небольшими силами. Оборона Темрюка выделялась на фоне длинной цепи неудач весны – лета 1942 г. Горшков, несколько преувеличивая масштабы и значимость событий, в отчете назвал город «второй Одессой».
В последующие дни под Новороссийск были переброшены большая часть морской пехоты, подвижный артдивизион и часть зенитной артиллерии. К началу сентября на Таманском полуострове остались два батальона морской пехоты, несколько мелких подразделений, береговая артиллерия (три 203-мм, восемь 152-мм, восемь 130-мм и четыре 75-мм орудия) и восемь зенитных батарей (восемь 85-мм и 20 76-мм орудий). Керченская ВМБ имела три торпедных катера, четыре малых охотника, такое же число катеров типа КМ, плавбатарею, 17 мобилизованных сейнеров и катеров. В Ахтанизовском лимане оставались две канлодки и 12 мелких катеров Азовской флотилии. 31 августа противник занял Анапу, отрезав полуостров от Большой земли. На Таманском полуострове осталось 3700 бойцов морской пехоты и артиллеристов, а также 2000 человек в ОВР, СНиС, тыловых службах и т. п. Два батальона держали фронт, одна рота находилась на косе Чушка и в Кордоне Ильича, один взвод – на косе Тузла. Оборону азовского берега, помимо береговых батарей и полей противопехотных мин, обеспечивал всего один взвод пехоты и несколько противотанковых орудий и минометов. Кораблей и катеров в Азовском море не осталось. Понятно, что такими силами отразить сколько-нибудь серьезный десант было заведомо невозможно. В такой обстановке немцы провели свою единственную на Черном море десантную операцию.