Поскольку противник проявлял активность не только на севере, но и в Керченском проливе, а также атаковал торпедными катерами наши сейнеры и баржи у южной части полуострова, у командования НОР сначала не было ясной картины происходящего. В район от мыса Железный Рог до Таманского залива вышли 13 торпедных катеров, т. е. удар был направлен в пустоту. Никого не обнаружив, катера приняли участие в эвакуации отошедших к берегу отрезанных подразделений. Попыток прорваться в Азовское море не было, да и вряд ли они хорошо закончились бы в светлое время вплотную к вражеским батареям.
На суше высадившаяся пехота противника начала расширять плацдарм. Взвод на окраине Кучугур и посты СНиС до рассвета оказывали врагу достойное сопротивление и несколько задержали его продвижение. Но с наступлением светлого времени противник стал быстро продвигаться во всех направлениях. Оказавшиеся на его пути береговые и зенитные батареи вели огонь прямой наводкой и после израсходования боезапаса взрывались личным составом, который пробирался к берегу. Катерами удалось вывезти до 300 человек. Оба батальона, державшие фронт против румын на востоке, начали отход, выделяя часть сил для сдерживания десанта. Находившиеся в Ахтанизовском лимане две канлодки были взорваны.
Днем 2 сентября продолжался шторм. У единственной вышедшей с подкреплениями БДБ оторвало аппарель, и она с трудом вернулась назад. Данная ситуация могла бы стать критической для десанта, если бы для борьбы с ним были хоть какие-то силы. Но сил не было, и потому полным ходом шла эвакуация с полуострова. Подавляющее превосходство немцев на суше было настолько очевидно, что командир немецкого 42-го армейского корпуса разрешил поберечь плавсредства и не посылать их в море до окончания шторма. 3–4 сентября на суше 46-я дивизия продолжала наступление при поддержке четырех французских трофейных танков R-35. 4 сентября пала Тамань. Суда, которым осадка не позволяла выйти из Таманского залива, были затоплены. К утру 5 сентября закончилась эвакуация с южного берега. Всего удалось вывезти 5404 человека с оружием, 112 раненых и 15 т боеприпасов. Береговая артиллерия за 1–5 сентября израсходовала 5318 снарядов. Керченская ВМБ потеряла девять мобилизованных катеров, два катера КМ и 11 мелких катеров (глиссеров, полуглиссеров и ЗИС). Эвакуации противодействовали немецкие торпедные катера, которые в ночи на 3 и на 5 сентября снова атаковали сейнеры и баржи у южного берега и потопили несколько мелких судов. Кроме того, по местам погрузки вела огонь немецкая дальнобойная 280-мм батарея вплоть до полного исчерпания боезапаса.
Румынские солдаты переправляются на Таманский полуостров. Сентябрь 1942 г.
В итоге противник получил кратчайший, хотя и требовавший привлечения усилий своих довольно скромных ВМС, путь для переброски войск и снабжения своих сил на Кавказе. Впрочем, вероятно, это случилось бы через несколько дней и без десанта. К счастью для нас, немцы добились этого на месяц позже, чем планировали, что положительно сказалось на ходе битвы за Кавказ.
Опыт, полученный противником в ходе операции «Блюхер II», трудно назвать однозначно положительным. Операция, не считая погоды, проходила в тепличных условиях. Не было противодействия на море, минной опасности, практически не было войск на берегу и резервов в глубине, слабо противодействовали артиллерия и авиация. Тем не менее высадка прошла беспорядочно и сильно затянулась. Саперные плавсредства в очередной раз продемонстрировали сомнительную годность к использованию на море. Безвозвратные потери составили один «Зибель», 36 штурмботов, вышли из строя и требовали серьезного ремонта три БДБ, два «Зибеля», десантный катер и 15 штурмботов. Большинство этих потерь стало результатом непогоды. Кроме того, один штурмбот погиб у Тузлы.
В связи с приближением противника к городу приказом командующего СКФ от 17 августа был создан Новороссийский оборонительный район (НОР) в составе 47-й армии (две стрелковые дивизии и две бригады), частей АВФ, Темрюкской, Керченской и Новороссийской ВМБ, а также сводной авиагруппы. Возглавил НОР командующий 47-й армией генерал-майор Г. П. Котов, его заместителем по морской части стал контр-адмирал С. Г. Горшков. Район от устья Кубани до Джубги (примерно 1000 км) обороняли около 15 тыс. человек при 26 танках. Береговая артиллерия базы (с учетом Анапского сектора, но без Тамани) насчитывала 61 орудие от 152-мм до 45-мм, 57 зенитных орудий, три 37-мм автомата, 38 прожекторных станций, установку РУС-2. В состав морской авиагруппы входили 112 самолетов. Перед Новороссийском строились три оборонительных рубежа, первый из которых проходил по берегу Кубани. Но ни один из них закончен не был.