В вопросе о светской власти пап Беллармин утверждал, что хотя папа и не имеет прямой власти над государями, подобной той, которую он имеет над епископами, но что ему принадлежит косвенное право сменять королей и объявлять гражданские законы недействительными, если того требуют заботы о спасении души христиан. Так же он заявлял, что теоретически и папа может быть еретиком, хотя в тот же момент, когда это случится, еретик перестанет быть папой. Эта смелая формулировка не понравилась деспотичному папе Сиксту V (1585—1590 годы), который считал, что она ограничивает священные полномочия понтифика. В результате, «Диспуты» Беллармина на короткое время попали в Индекс запрещённых книг. Эта книга были запрещена и в протестантских монархиях.
После смерти Сикста V Беллармин отомстил папе-диктатору, существенно исправив Сикстову редакцию Вульгаты (Беллармин внёс около 3 тысяч изменений). Окончательная редакция Беллармина 1592 года, под названием «сиксто-климентины» просуществовала в качестве официальной Католической Библии до середины XX века.
В 1597 году Беллармин пишет новый католический катехизис (краткое изложение доктрин веры) для детей из 96 вопросов, исправив предыдущее 600– страничное произведение такого рода 1556 года, призванное бороться с лютеранской ересью. Впоследствии этот катехизис был переведён на 62 языка и выдержал более 500 переизданий. В 1598 году он пишет более развёрнутый катехизис из 273 вопросов для взрослых и духовных лиц. В это же время он выступает главным обвинителем на процессе Джордано Бруно, казнённого 17 февраля 1600 года.